Введение
Белок Натрий/калий/кальций-обменник 5 (NCKX5), также известный как переносчик растворенных веществ семейства 24, член 5 (SLC24A5), – это белок, кодируемый геном SLC24A5 у человека, который оказывает значительное влияние на естественную вариабельность цвета кожи. Белок NCKX5 является членом семейства калий-зависимых натрий/кальций-обменников. Вариации в последовательности гена SLC24A5, в частности несинонимичный SNP, приводящий к замене аминокислоты в положении 111 в NCKX5 с аланина на треонин, связаны с различиями в пигментации кожи. Показано, что производный аллель гена SLC24A5 треонин или Ala111Thr (rs1426654) является основным фактором светлого тона кожи у европейцев по сравнению с жителями Африки к югу от Сахары и, по оценкам, составляет 25–40% средней разницы в тоне кожи между европейцами и западноафриканцами. Предполагается, что он возник около 19 000 лет назад и подвергался отбору у предков европейцев в течение последних 5000 лет, и в настоящее время он зафиксирован в современных европейских популяциях. Он был интродуцирован в народы койсан посредством миграции "обратно в Африку" около 2000 лет назад и частично отвечает за их отличающийся от большинства других африканских популяций тон кожи.
Sodium/potassium/calcium exchanger 5 (NCKX5), also known as solute carrier family 24 member 5 (SLC24A5), is a protein that in humans is encoded by the SLC24A5 gene that has a major influence on natural skin colour variation. The NCKX5 protein is a member of the potassium dependent sodium/calcium exchanger family. Sequence variation in the SLC24A5 gene, particularly a non synonymous SNP changing the amino acid at position 111 in NCKX5 from alanine to threonine, has been associated with differences in skin pigmentation. The SLC24A5 gene's derived threonine or Ala111Thr allele (rs1426654) has been shown to be a major factor in the light skin tone of Europeans compared to Sub Saharan Africans, and is believed to represent as much as 25–40% of the average skin tone difference between Europeans and West Africans. Possibly originating as long as 19,000 years ago, it has been the subject of selection in the ancestors of Europeans as recently as within the last 5,000 years, and is fixed in modern European populations. It was introduced into Khoisan people via "back to Africa" migration around 2,000 years ago is partly responsible for their differing skin tone to most other African populations.
Ген
Ген SLC24A5 у человека расположен на длинном (q) плече хромосомы 15 в позиции 21.1, от 46 200 461 до 46 221 881 пары оснований. Производный аллель треонина (Ala111Thr; также известный как A111T или Thr111) составлял от 98,7 до 100% аллелей в европейских выборках, в то время как предковый, или аллель аланина, был обнаружен в 93–100% образцов африканцев к югу от Сахары, восточных азиатов и коренных американцев. Данная вариация представляет собой SNP-полиморфизм rs1426654, который ранее был показан как второй по значимости среди 3011 зарегистрированных SNP, классифицированных как маркеры, информативные для определения происхождения. Это единственное изменение в гене SLC24A5 объясняет от 25 до 38% различий в индексе меланина кожи между людьми африканского и европейского происхождения. Более того, европейская мутация связана с крупнейшей областью пониженной генетической изменчивости в популяции CEU HapMap, что позволяет предположить, что мутация A111T могла подвергаться наиболее сильному отбору в популяциях людей европейского происхождения. Самый ранний известный образец аллеля треонина датируется 13 000 лет назад и был найден в пещере Сацурблия в Грузии. Аллель был широко распространен от Анатолии до Украины и Ирана в начале неолита. Этот аллель входит в состав системы ДНК-тестирования HIrisplex, используемой для оценки пигментации при проведении судебно-медицинских экспертиз.