Введение

Просмотрщик химических структур на Java с открытым исходным кодом
юридическая процедура

Jmol – это компьютерная программа для молекулярного моделирования химических структур в трех измерениях. Jmol создает трехмерное представление молекулы, которое можно использовать в качестве учебного пособия или для исследований, например, в химии и биохимии.

Программное обеспечение

Он написан на языке программирования Java, поэтому может работать в операционных системах Windows, macOS, Linux и Unix при установленной Java. Это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, распространяемое под лицензией GNU Lesser General Public License (LGPL) версии 2.0. Существует автономное приложение и комплект разработки программного обеспечения (SDK), который можно интегрировать в другие Java-приложения, такие как Bioclipse и Taverna. Популярной функцией является апплет, который можно встраивать в веб-страницы для отображения молекул различными способами. Например, молекулы могут отображаться в виде моделей с шарами и стержнями, моделей с пространственным заполнением, ленточных диаграмм и т. д. Jmol поддерживает широкий спектр форматов химических файлов, включая Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol) и Chemical Markup Language (CML). Также существует версия на чистом JavaScript (HTML5) – JSmol, которую можно использовать на компьютерах без установленной Java. Апплет Jmol, помимо прочего, предлагает альтернативу плагину Chime, разработка которого больше не ведется. Хотя Jmol обладает многими функциями, которых нет в Chime, он не претендует на полное воспроизведение всех функций Chime, в частности, режима Sculpt. Для работы Chime требуется установка плагина и Internet Explorer 6.0 или Firefox 2.0 на Microsoft Windows, либо Netscape Communicator 4.8 на Mac OS 9. Jmol требует установки Java и работает на широком спектре платформ. Например, Jmol полностью функционален в Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome и Safari.