Кіріспе

Ашық кодты Java 3D химиялық құрылымдарды қарау құралы заңдық процедура.

Jmol – молекулалық құрылымдарды үш өлшемде модельдеуге арналған компьютерлік бағдарламалық қамтамасыз ету. Jmol молекуланың 3D бейнесін шығарады, оны оқыту құралы ретінде немесе химия және биохимия салаларындағы зерттеулерде пайдалануға болады.

Бағдарламалық жасақтама

Ол Java бағдарламалау тілінде жазылған, сондықтан Java орнатылған болса, Windows, macOS, Linux және Unix операциялық жүйелерінде жұмыс істей алады. Бұл GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0 нұсқасы бойынша шығарылған тегін және ашық кодты бағдарламалық қамтамасыз ету. Біріктірілген қосымша және бағдарламалық жасақтаманы әзірлеу жиынтығы (SDK) бар, оны басқа Java қосымшаларына, мысалы Bioclipse және Taverna-ға біріктіруге болады. Көпке танымал мүмкіндік – веб-беттерге молекулаларды әртүрлі тәсілдермен көрсетуге мүмкіндік беретін апплет. Мысалы, молекулаларды шар және таяқ моделі, кеңістікті толтыру моделі, ленталық диаграммалар және т.б. түрінде көрсетуге болады. Jmol кең ауқымдағы химиялық файл форматтарын қолдайды, соның ішінде Ақуыздық деректер банкі (pdb), Кристаллографиялық ақпарат файлы (cif), MDL Molfile (mol) және Химиялық таңбалау тілі (CML). Сондай-ақ, тек JavaScript (HTML5) нұсқасы, JSmol бар, оны Java жоқ компьютерлерде пайдалануға болады. Jmol апплеті, басқа мүмкіндіктермен қатар, енді дамытылмаған Chime плагиніне балама болып табылады. Jmol-да Chime-де жоқ көптеген мүмкіндіктер бар, бірақ ол Chime-дің барлық функцияларын, әсіресе Sculpt режимін қайта жасайтынын мәлімдемейді. Chime плагин орнатуды және Microsoft Windows-та Internet Explorer 6.0 немесе Firefox 2.0, ал Mac OS 9-да Netscape Communicator 4.8 орнатуды талап етеді. Jmol Java орнатуды талап етеді және әртүрлі платформаларда жұмыс істейді. Мысалы, Jmol Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome және Safari-де толыққанды жұмыс істейді.