BioGRID: Всеобъемлющая база данных биологических взаимодействий
BioGRID
BioGRID: база данных биологических взаимодействий (белок-белок, генетических и химических). Курируемые данные, модель организмов, поиск по публикациям.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Биологическая база данных
Biological database
Биологический общий репозиторий наборов данных о взаимодействиях (BioGRID) – это курируемая биологическая база данных, содержащая информацию о взаимодействиях белков, генетических взаимодействиях, химических взаимодействиях и посттрансляционных модификациях, созданная в 2003 году (первоначально известная как Общий репозиторий наборов данных о взаимодействиях (GRID), разработанный Майком Тайерсом, Бобби Джо Брайткрейц и Крисом Старком в исследовательском институте Lunenfeld Tanenbaum при больнице Mount Sinai). Она стремится предоставить всесторонний, курируемый ресурс для основных видов модельных организмов, устраняя избыточность для создания единой карты данных. Пользователи BioGRID могут искать интересующие их белки, химические вещества или публикации и получать аннотации, а также курируемые данные, представленные в первичной литературе и собранные в результате масштабных усилий по курированию. BioGRID размещается в Торонто, Онтарио (Канада) и Далласе, Техас (США) и сотрудничает с базой данных генома Saccharomyces, FlyBase, WormBase, PomBase и Альянсом ресурсов генома. BioGRID финансируется NIH и CIHR. BioGRID является членом-наблюдателем Международного консорциума молекулярного обмена (IMEx).
The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) is a curated biological database of protein protein interactions, genetic interactions, chemical interactions, and post translational modifications created in 2003 (originally referred to as simply the General Repository for Interaction Datasets (GRID) by Mike Tyers, Bobby Joe Breitkreutz, and Chris Stark at the Lunenfeld Tanenbaum Research Institute at Mount Sinai Hospital. It strives to provide a comprehensive curated resource for all major model organism species while attempting to remove redundancy to create a single mapping of data. Users of The BioGRID can search for their protein, chemical or publication of interest and retrieve annotation, as well as curated data as reported, by the primary literature and compiled by in house large scale curation efforts. The BioGRID is hosted in Toronto, Ontario, Canada and Dallas, Texas, United States and is partnered with the Saccharomyces Genome Database, FlyBase, WormBase, PomBase, and the Alliance of Genome Resources. The BioGRID is funded by the NIH and CIHR. BioGRID is an observer member of the International Molecular Exchange Consortium (IMEx).
История
BioGRID был первоначально опубликован и выпущен как Общий репозиторий наборов данных о взаимодействиях, чтобы включать курированные данные о посттрансляционных модификациях, данные о химических взаимодействиях и сложные взаимодействия между несколькими генами/белками. Более того, ежемесячно BioGRID продолжает расширять объем курированных данных, а также разрабатывать и выпускать новые инструменты, данные из комплексных проектов целенаправленной курации и проводить целенаправленный научный анализ.
The BioGRID was originally published and released as simply the General Repository for Interaction Datasets to incorporate curated post translational modification data, chemical interaction data, and complex multi gene/protein interactions. Moreover, on a monthly basis, the BioGRID continues to expand curated data and also develop and release new tools, data from comprehensive targeted curation projects, and perform targeted scientific analysis.
Регулирование генетических, белковых и химических взаимодействий
Биологический общий репозиторий наборов данных о взаимодействиях (BioGRID) – это база данных с открытым доступом, содержащая генетические и белковые взаимодействия, полученные из первичной биомедицинской литературы для всех основных видов модельных организмов и человека. По состоянию на 2020 год BioGRID содержал 1928 миллионов взаимодействий, извлеченных из 63 083 публикаций, представляющих 71 модельный организм. К началу 2021 года в нем уже было более 2,0 миллиона биологических взаимодействий, 29 023 химических белковых взаимодействий и 506 485 посттрансляционных модификаций, собранных из 75 988 публикаций для более чем 80 видов. Данные BioGRID свободно распространяются через партнерские базы данных модельных организмов и метабазы данных и могут быть непосредственно загружены в различных форматах. Курирование BioGRID координируется посредством системы управления взаимодействиями (IMS), которая облегчает компиляцию записей о взаимодействиях с использованием структурированных кодов доказательств, онтологий фенотипов и аннотаций генов. Архитектура BioGRID была улучшена для поддержки более широкого спектра типов взаимодействий и посттрансляционных модификаций, для представления более сложных взаимодействий между несколькими генами/белками, для учета клеточных фенотипов с помощью структурированных онтологий, для ускорения курирования с помощью полуавтоматизированных методов извлечения текста и для повышения контроля качества курирования. Благодаря всесторонним усилиям по курированию, BioGRID теперь включает практически полный набор взаимодействий, о которых сообщалось в первичной литературе на сегодняшний день для пивных дрожжей (Saccharomyces cerevisiae), резуховидки Таля (Arabidopsis thaliana) и шизосахаромицетов помбе (Schizosaccharomyces pombe).
The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) is an open access database that houses genetic and protein interactions curated from the primary biomedical literature for all major model organism species and humans. as of 2020, the BioGRID contains 1,928 million interactions as drawn from 63,083 publications that represent 71 model organisms. At the start of 2021 it already contained more than 2,0 million biological interactions, 29,023 chemical protein interactions, and 506,485 post translational modifications collectively curated from 75,988 publications for more than 80 species. BioGRID data are freely distributed through partner model organism databases and meta databases and are directly downloadable in a variety of formats. BioGRID curation is coordinated through an Interaction Management System (IMS) that facilitates the compilation interaction records through structured evidence codes, phenotype ontologies, and gene annotation. The BioGRID architecture has been improved in order to support a broader range of interaction and post translational modification types, to allow the representation of more complex multi gene/protein interactions, to account for cellular phenotypes through structured ontologies, to expedite curation through semi automated text mining approaches, and to enhance curation quality control. Through comprehensive curation efforts, BioGRID now includes a virtually complete set of interactions reported to date in the primary literature for budding yeast (Saccharomyces cerevisiae), thale cress (Arabidopsis thaliana), and fission yeast (Schizosaccharomyces pombe).
Тематические проекты
В связи с огромным объемом опубликованной научной литературы, содержащей информацию о генах, белках и химических взаимодействиях человека (Homo sapiens), BioGRID выбрал целенаправленный, проектный подход к курации данных о взаимодействиях человека, организуя их в управляемые коллекции наиболее значимых данных. Эти тематические проекты курации охватывают ключевые биологические процессы, связанные с заболеваниями, такие как модификация хроматина, аутофагия и убиквитин-протеасомная система, а также заболевания, представляющие интерес, включая глиобластому, анемию Фанкони и COVID-19. По состоянию на 2020 год усилия BioGRID в рамках тематических проектов курации позволили извлечь 424 631 взаимодействие, включающее 2 361 белок, из более чем 37 000 научных статей.
Due to the overwhelming size of published scientific literature containing human (Homo sapiens) gene, protein, and chemical interactions, BioGRID has taken a targeted, project based approach to curation of human interaction data in manageable collections of high impact data. These themed curation projects represent central biological processes with disease relevance such as chromatin modification, autophagy, and the ubiquitin proteasome system or diseases of interest including glioblastoma, Fanconi Anemia, and COVID 19. as of 2020, BioGRID themed curation project efforts have resulted in the extraction of 424,631 interactions involving 2,361 proteins from more than 37,000 scientific articles.
Курирование экранов CRISPR на всей территории генома
В настоящее время генетические скрининги на основе CRISPR описаны во множестве публикаций, устанавливающих связь между функцией генов и жизнеспособностью клеток, устойчивостью к химическим веществам и стрессу, а также другими фенотипами. Для повышения доступности данных CRISPR-скринингов и упрощения определения функций белков BioGRID разработала встроенный ресурс – Открытый репозиторий CRISPR-скринингов (ORCS) – для хранения и распространения тщательно отобранных, всеобъемлющих коллекций наборов данных CRISPR-скринингов с использованием Cas9 и других нуклеаз CRISPR. По состоянию на 2020 год BioGRID ORCS содержит более 1042 CRISPR-скрининга, полученных из 114 публикаций, охватывающих более 60 000 уникальных генов трех видов: человека (Homo sapiens), плодовой мушки (Drosophila melanogaster) и домашней мыши (Mus musculus) – в более чем 670 клеточных линиях и по 17 фенотипам.
CRISPR‐based genetic screens have now been reported in numerous publications that link gene function to cell viability, chemical and stress resistance, and other phenotypes. To increase the accessibility of CRISPR screen data and facilitate assignment of protein function, BioGRID has developed an embedded resource called the Open Repository of CRISPR Screens (ORCS) to house and distribute manually curated, comprehensive collections of CRISPR screen datasets using Cas9 and other CRISPR nucleases. as of 2020, BioGRID ORCS contains more than 1,042 CRISPR screens curated from 114 publications representing more than 60,000 unique genes across three species human (Homo sapiens), fruit fly (Drosophila melanogaster), and house mouse (Mus musculus) in over 670 cell lines and 17 phenotypes.