Введение
PSORT - это биоинформатический инструмент, используемый для прогнозирования локализации белков в клетках. Он получает информацию о последовательности аминокислот и их таксоне происхождения (например, грам-отрицательные бактерии) в качестве входных данных. Затем он анализирует входную последовательность, применяя сохраненные правила для различных последовательностей признаков известных сигналов сортировки белков. Наконец, в нем сообщается о возможности локализации входного белка в каждом из потенциальных участков с дополнительной информацией. Исследователи, использующие этот инструмент, могут предсказать с некоторой степенью разумности, где в клетке протеин с наибольшей вероятностью локализуется. Это связано с тем, что белки локализуются клеточным механизмом, который распознает сигнальные пептидные последовательности (похожие на почтовый адрес) и перемещает белок в соответствующее местоположение. Сигнальный пептид часто отсекается после достижения пункта назначения. PSORT использует известные сигнальные пептидные последовательности для анализа и прогнозирования того, какая входная последовательность с наибольшей вероятностью вызовет локализацию. Локализация белка важна, потому что она поддерживает предполагаемую роль, которую может иметь белок. Например, следует ожидать, что ферменты каталазы (белки, которые преобразуют пероксид в воду и кислород) локализуются в пероксисоме, потому что это область высокой пероксидной активности. Анализ последовательности сигнальных пептидов и визуальной локализации экспрессией GFP дает убедительные доказательства этой роли. Программа была написана доктором Кентой Накай из Центра человеческого генома Института медицинских наук Токийского университета в Японии и доступна бесплатно для всех пользователей.