Темы

Структура белка

Protein Structure · 63 статей

  1. Альфа-спираль: структура и характеристики белковых последовательностей.

    Альфа-спираль в белках: структура, образование, свойства. Узнайте о наиболее распространенной вторичной структуре белка и водородных связях в ней.

    #657 · 11 мин чтения

  2. Бета-лист: структура, свойства и роль в патологиях белков.

    Бета-лист: структура белка, роль в формировании амилоидных фибрилл и болезней (Альцгеймер, амилоидоз). Основы, история открытия.

    #1067 · 11 мин чтения

  3. Тройная спираль коллагена: структура и стабилизация

    Тройная спираль коллагена: структура, аминокислотный состав (глицин, пролин, гидроксипролин) и роль в формировании фибрилл и волокон. Молекулярная биология.

    #1715 · 2 мин чтения

  4. Первичная структура белка: аминокислотная последовательность.

    Первичная структура белка: последовательность аминокислот. Синтез белков рибосомами и в лаборатории. Определение структуры из ДНК и секвенирования.

    #5899 · 4 мин чтения

  5. Вторичная структура белков: формы и характеристики геликсных элементов.

    Вторичная структура белков: альфа-спирали, бета-листы, бета-повороты. Формирование водородных связей и пространственная конформация полипептидной цепи.

    #6940 · 6 мин чтения

  6. Третичная структура белка: формирование, свойства и классификация.

    Третичная структура белка: трехмерная форма, определяемая взаимодействием аминокислотных боковых цепей. Ключевой фактор функционирования белка.

    #7484 · 5 мин чтения

  7. Международная база данных структурных данных биомолекул

    Протеиновый банк данных (PDB): международная база 3D-структур белков и нуклеиновых кислот. Свободный доступ, данные из кристаллографии, ЯМР и крио-ЭМ.

    #23720 · 4 мин чтения

  8. Глобулярные белки: структура, свойства и механизмы сворачивания.

    Глобулярные белки: шарообразные, водорастворимые протеины. Структура, свойства, типы и роль в биохимии. Узнайте больше о сферопротеинах!

    #24858 · 3 мин чтения

  9. Топология трансмембранных белков: методы предсказания и базы данных

    Топология трансмембранных белков: базы данных (Uniprot, TOPDB и др.) и методы предсказания расположения N/C-концев. Структура и функции белков.

    #51784 · 2 мин чтения

  10. Структурная геномика: высокопроизводительное определение структуры белков.

    Структурная геномика: определение 3D-структуры всех белков генома. Высокопроизводительные методы, моделирование, предсказание функций белков.

    #75218 · 7 мин чтения

  11. Предсказание структуры белка: методы и принципы

    Прогнозирование структуры белка: предсказание 3D-структуры по аминокислотной последовательности. Важно для медицины, биотехнологий и разработки лекарств. CASP, CAMEO3D.

    #75830 · 20 мин чтения

  12. Нативное состояние белков и нуклеиновых кислот

    Нативное состояние белка/нуклеиновой кислоты: правильная структура, функциональность и укладка для биохимической активности. Денатурация и уровни структуры.

    #78818 · 2 мин чтения

  13. Мотивы нуклеотидных и аминокислотных последовательностей

    Мотивы последовательностей в биологии: паттерны нуклеотидов/аминокислот, связанные с функцией макромолекул. Структурные и некодирующие мотивы ДНК и белков.

    #99430 · 3 мин чтения

  14. Прогнозирование структуры белка: вызовы и достижения CASP

    Прогнозирование структуры белков: CASP – всемирный эксперимент, оценивающий точность методов предсказания 3D-структуры по аминокислотной последовательности. Научный конкурс!

    #102447 · 2 мин чтения

  15. Структурное выравнивание в когнитивной науке и биоинформатике

    Структурный анализ в когнитивной науке: выявление сходства белков и РНК по 3D-структуре, даже при низкой схожести последовательностей. Эволюционные связи!

    #104577 · 7 мин чтения

  16. Структурная биоинформатика: анализ и предсказание 3D-структур биомакромолекул

    Структурная биоинформатика: анализ 3D-структуры белков, РНК, ДНК. Предсказание, сравнение, эволюция, связь структуры и функции. Методы анализа макромолекул.

    #104631 · 10 мин чтения

  17. Парадокс Левинталя: Быстрота свертывания белков и энергетический ландшафт

    Парадокс Левинтала: почему белки складываются так быстро? Исследование энергетических ландшафтов и конформаций в предсказании структуры белка.

    #119269 · 2 мин чтения

  18. Структурная классификация белковых доменов SCOPe

    SCOPe: база данных белковых структур. Классификация доменов, семейств и структур. Обновления UC Berkeley (2018). Информация для биологов и исследователей.

    #140792 · 5 мин чтения

  19. Спиральные мотивы в структуре белков

    Спирали-койлы: структурный мотив в белках, важный для взаимодействия между ними. Обнаружены в 5-10% белков, предсказание структуры возможно онлайн.

    #159551 · 8 мин чтения

  20. Top7: Искусственно разработанный белок с уникальными свойствами сворачивания.

    Top7: новый искусственный белок, разработанный учеными Вашингтонского университета. Создан с помощью компьютерного моделирования для заданной структуры и функции.

    #163788 · 1 мин чтения

  21. Трехмерная структура белковых молекул

    Структура белка: трехмерное расположение атомов в аминокислотной цепи. Полипептиды, пептидные связи, мономеры и полимеры – ключевые понятия.

    #165666 · 10 мин чтения

  22. Графическое представление консервации последовательностей: от логотипов последовательностей к консенсусным логотипам.

    Последовательные логотипы в биоинформатике: графическое представление консервации нуклеотидов/аминокислот. Анализ сайтов связывания белков и функциональных единиц.

    #175131 · 1 мин чтения

  23. Определение последовательности аминокислот в белках

    Определение последовательности аминокислот в белках: масс-спектрометрия и деградация Эдмана. Идентификация, характеристика модификаций, базы данных белков.

    #178145 · 12 мин чтения

  24. Бета-пептиды: структура, свойства и применение.

    Бета-пептиды: синтетические пептиды из β-аминокислот, перспективные в борьбе с устойчивостью к антибиотикам. Исследования начаты в 1996 г. Дитером Зеебахом.

    #184765 · 2 мин чтения

  25. Predictor@home: Прогнозирование структуры белка с помощью BOINC

    Predictor@home: распределённые вычисления для предсказания структуры белков с помощью BOINC. Участие в CASP, тестирование алгоритмов, альтернатива Folding@home.

    #186453 · 1 мин чтения

  26. Рациональный дизайн новых белковых молекул

    Рациональный дизайн белков: создание новых молекул с заданными функциями. De novo дизайн и перепроектирование белков для науки и биотехнологий.

    #231058 · 14 мин чтения

  27. Решетчатые белки: упрощенные модели для изучения свертывания белков.

    Латтисные белки: упрощенные модели для изучения сворачивания белков. Снижение вычислительной сложности, NP-полнота задачи, различные типы решеток.

    #231529 · 3 мин чтения

  28. Белково-белковые взаимодействия: основы и значение в биологических процессах.

    Взаимодействие белков (PPI): ключевая роль в клеточных процессах и причина болезней, таких как Альцгеймер и болезнь Крейтцфельдта-Якоба. Изучение интерактомки.

    #286246 · 15 мин чтения

  29. Надвторичные структуры и мотивы в белках

    Супервторичные структуры белков: спиральные шпильки, их роль в формировании 3D-структуры и сворачивании. Основы биохимии и молекулярной биологии.

    #287969 · 2 мин чтения

  30. Додекамерные белковые комплексы и интрагенная комплементация в пропаноил-КоА карбоксилазе.

    Додекамерные белки: структура, типы и симметрия. Комплексы из 12 субъединиц, тетраэдрические и кольцевые расположения. Исследование белковых структур.

    #304455 · 1 мин чтения

  31. Кватерничная структура белков: тетрамеры и интрагенная комплементация.

    Тетрамерные белки: структура, типы (гомо-, гетеротетрамеры). Нековалентные связи между субъединицами – гидрофобные, водородные, электростатические.

    #309874 · 1 мин чтения

  32. Прогнозирование субклеточной локализации белков

    Прогнозирование локализации белков в клетке: точное определение местоположения белка (ядро, ЭР, Гольджи и др.) для биоинформатики и разработки лекарств.

    #323435 · 3 мин чтения

  33. Компьютерное моделирование молекулярных взаимодействий

    Докинг макромолекул: компьютерное моделирование взаимодействия белков и нуклеиновых кислот. Предсказание 3D-структуры комплексов для биоинформатики и исследований.

    #324667 · 6 мин чтения

  34. Белки без фиксированной трехмерной структуры

    Белки без фиксированной структуры (IDP): что это такое? Функции, роль в регуляции ДНК и клеточной сигнализации. Разрушение догмы о строгой 3D-структуре белков.

    #344151 · 13 мин чтения

  35. Фолдамеры: Предсказуемое сворачивание цепных молекул в растворе.

    Фолдамеры: искусственные молекулы, имитирующие структуру белков и ДНК. Предсказуемое сворачивание в растворе, самосборка и молекулярное распознавание.

    #347779 · 3 мин чтения

  36. Карлос Симмерлинг: Прогнозирование структуры белка с помощью компьютерного моделирования

    Карлос Симмерлинг – профессор химии SUNY Stony Brook. Занимается вычислительной структурной биологией, предсказанием структуры белков и конформационным анализом.

    #358918 · 2 мин чтения

  37. Метод предсказания структуры белка: Протокольная сборка (Threading)

    Прогнозирование структуры белка: метод протеинового трединга для моделирования белков без известных гомологов. Использует базы данных PDB для оценки соответствия последовательностей.

    #364161 · 6 мин чтения

  38. Rosetta@home: Исследование структуры белков с помощью распределённых вычислений.

    Rosetta@home: проект добровольных вычислений для исследования структуры белков и разработки лекарств от болезней Альцгеймера и малярии. BOINC.

    #372980 · 16 мин чтения

  39. Матрицы позиционных весов в биоинформатике

    Матрица весов позиций (PWM) в биоинформатике: представление мотивов в биологических последовательностях. Расчет, логарифмические шансы, анализ данных.

    #396554 · 2 мин чтения

  40. Карты контактов и анализ взаимодействий в структуре белка.

    Карты контактов белков: что это такое? Представление структуры белка в виде матрицы, показывающей близость аминокислотных остатков. Инвариантность к вращениям.

    #398889 · 6 мин чтения

  41. Внутренние Координаты: Методы и Применение в Компьютерной Химии

    Внутренние координатные методы (ICM) в хим. вычислительной технике: поиск низкоэнергетических конформаций молекул, моделирование пептидов и дизайн лекарств.

    #410647 · 1 мин чтения

  42. Среднеквадратичное отклонение в биоинформатике и структурной биологии

    RMSD: расчет среднеквадратичного отклонения атомов в белках. Важный показатель структурного сходства и флуктуаций в биоинформатике и молекулярной динамике.

    #428180 · 2 мин чтения

  43. ИнтерПро: База данных семейств, доменов и функциональных участков белков.

    InterPro: база данных семейств, доменов и функциональных участков белков. Идентификация и классификация последовательностей для функциональной характеристики.

    #436821 · 4 мин чтения

  44. Прогнозирование белок-белковых взаимодействий: методы и подходы

    Прогнозирование взаимодействий белков: биоинформатика, структурная биология, методы (Y2H, PCA, FRET). Важно для изучения сигнальных путей и комплексов.

    #437849 · 7 мин чтения

  45. Конформационные изменения макромолекул: факторы и методы исследования.

    Конформационные изменения макромолекул: влияние среды (температура, pH, ионы) на структуру и функции белков и ферментов. Биохимия, аллостерия.

    #441370 · 2 мин чтения

  46. PROSITE: База данных доменов, семейств и функциональных участков белков

    PROSITE: база данных доменов, семейств и функциональных участков белков. Ручная курация, интеграция со Swiss-Prot. Информация с 1988 года.

    #454563 · 1 мин чтения

  47. PSORT

    #466172 · 1 мин чтения

  48. Protein pKa calculations

    #468105 · 4 мин чтения

  49. Beta barrel

    #471622 · 5 мин чтения

  50. Biomolecular structure

    #473447 · 3 мин чтения

  51. Nucleic acid structure prediction

    #473448 · 2 мин чтения

  52. Turn (biochemistry)

    #477290 · 2 мин чтения

  53. Beta bulge

    #479055 · 2 мин чтения

  54. Polyproline helix

    #479064 · 4 мин чтения

  55. Beta helix

    #479082 · 1 мин чтения

  56. 310 helix

    #480166 · 2 мин чтения

  57. Beta-propeller

    #480651 · 3 мин чтения

  58. Dead-end elimination

    #485366 · 5 мин чтения

  59. Self-consistent mean field (biology)

    #487398 · 1 мин чтения

  60. Thermostability

    #499159 · 5 мин чтения

  61. Protein–ligand docking

    #503963 · 4 мин чтения

  62. Accessible surface area

    #509212 · 1 мин чтения

  63. Ankyrin repeat

    #510853 · 3 мин чтения