Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Sequerome - это веб-инструмент профилирования последовательности для интеграции результатов отчета о выравнивании последовательности BLAST с внешними исследовательскими инструментами и серверами, которые выполняют продвинутые манипуляции последовательностью, и позволяют пользователю записывать шаги такого анализа. Sequerome - это веб-инструмент на основе Java, который выступает в качестве фронта для запросов BLAST и обеспечивает упрощенный доступ к веб-распределенным ресурсам для анализа белков и нуклеиновых кислот. С момента своего создания в 2005 году инструмент был представлен в журнале Science и официально связан со многими биоинформатическими порталами по всему миру.
Sequerome is a web based sequence profiling tool for integrating the results of a BLAST sequence alignment report with external research tools and servers that perform advanced sequence manipulations, and allowing the user to record the steps of such an analysis. Sequerome is a web based Java tool that acts as a front end to BLAST queries and provides simplified access to web distributed resources for protein and nucleic acid analysis. Since its inception in 2005, the tool has been featured in Science and officially linked to many bioinformatics portals around the globe.
Окно запроса
Каждая сеанс браузера может быть инициирована выполнять без задавать слишком много вопросов в начале. Пользователь должен просто сбросить последовательность в окне запросов, и взрывать последовательность сразу же под стандартными параметрами. Опытные пользователи могут выбрать для выполнения дополнительных специальных операций в Advanced options. Некоторые из функций включают выбор конкретных баз данных для BLAST, возможность загрузки для работы с файлами FASTA, хранящимися в отдельных компьютерах, извлечение последовательности с использованием идентификаторов NCBI и посещение любого URL, определенного пользователем, для перетаскивания последовательностей. В качестве альтернативы пользователь может также выполнять множество других действий, включая манипулирование последовательностью, анализ и выравнивание, используя существующие инструменты, доступные в Интернете. В поле One можно ввести любую последовательность, принимая данные в любом формате (FASTA, с пробелами/номерами или без них). Также существуют предупреждения о неправильном выборе (ДНК/РНК/Белок). Результаты, полученные при "манипулировании последовательностью", например, при переводе, могут быть использованы для дальнейшего анализа BLAST при сохранении истории более раннего поиска.
Each browser session can be initiated perform without asking too many questions at the outset. The user has to just dump in the sequence in the Query pane, and BLAST the sequence right away under standard parameters. Experienced users have a choice to perform further special operations under the Advanced options. Some of features include selection of specific databases to BLAST from, upload facility to work with FASTA files stored in individual computers, sequence retrieval using NCBI IDs and visit any user defined URL to drag N drop the sequences. Alternatively the user can also perform a variety of other actions including Sequence manipulation, analysis, and alignment using existing tools available in the web. The One box any sequence, takes input in any format (FASTA, with or without spaces/numbers ). Alerts also exist to warn wrong selection of choices (DNA/RNA/Protein). Results obtained from 'sequence manipulation' e. g. translation, can be further carried on to do further BLAST analysis while preserving the history of the earlier search.
Окно результатов
Sequerome напрямую запрашивает входную последовательность в различных базах данных/инструментах ("популярные общедоступные домены" и "сервисы с частным хостингом"), включая BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE и другие, и генерирует результаты, которые являются интуитивно понятными и легко понятными. Доступ к различным инструментам анализа (включая просмотр 3D-структуры из PDBid) предоставляется в виде отдельных командных кнопок для анализа каждой записи из отчета BLAST перед окончательным выбором. В случае результатов анализа белков BLAST PDBids выделяются в соответствующих случаях рядом с записью BLAST, чтобы можно было непосредственно просмотреть структуру молекулы с совпадением (с уже загруженной версией просмотра молекулярной структуры, например, Cn3D, PyMOL, Rasmol и т. д.). После того, как отчет BLAST отображается в панели результатов, пользователь может непосредственно выполнять анализ любого из BLAST-попаданий, используя ряд командных кнопок, связанных с соответствующими серверами / сайтами. Большинство результатов от сторонних серверов можно просматривать непосредственно в панели результатов без открытия стольких браузеров, например, ORF prediction, Protparam.
Sequerome directly queries the input sequence against a variety of databases/tools ('popular public domains' and 'privately hosted services') including BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE and others, and generates outputs that are intuitive and easily comprehensible. Access to various analysis tools, (including viewing a 3D structure viewer from a PDBid), is provided as separate command buttons to analyze every record from a BLAST report before making a final selection. In case of results from a protein BLAST, PDBids are displayed prominently in appropriate cases next to the BLAST record, so that the structure of the molecule with a match can be viewed directly (with an already downloaded version of molecular structure viewer e. g., Cn3D, PyMOL, Rasmol, etc.) Once the BLAST report is displayed on the Results pane, the user can to directly perform an analysis on any of the BLAST hits using a series of command buttons that are linked to the respective servers/ sites. Most of the results from third party servers can be viewed directly in the Results pane without opening up as many browsers e. g. ORF prediction, Protparam.
Окно истории поиска
Одной из ключевых особенностей профилирования данных входных последовательностей является хранение, извлечение и эффективное объединение и повторное использование старых входных данных. Они могут быть дополнительно усовершенствованы, если есть варианты извлечения для каждой из выполняемых операций. Правая панель в браузере делает это, одновременно сохраняя все входные последовательности, введенные ранее. Таким образом, браузер предоставляет среду для осуществления просмотра вкладки. Для каждой из икон, ссылающихся на сохраненные результаты, пользователь может выбрать их архивирование, включая варианты печати, сохранения и рассылки. Они могут быть замечены как маленькие цветные картинки на вершине каждой иконы.
One of the key features of a profiling an input sequence data is to store, retrieve and effectively combine and re use the older inputs. These can be further enhanced if there is retrieval options for each of the operations performed. The bottom right panel in the browser does this while also storing all the input sequences entered earlier. Thus the browser lends an environment to carry out tabbed browsing. For each of the icons linking to the stored results, the user has a choice of archiving them, including print, save and mail options. These can be seen as small colored pictures on top of each icon.
Реализация
Sequerome имеет трехуровневую архитектуру, которая использует технологии Java Servlet и Server Page с подключением к базам данных Java (JDBC), что делает его независимым как от сервера, так и от платформы. Sequerome совместим практически со всеми графическими браузерами с поддержкой Java, но лучше доступен с помощью Internet Explorer и может работать на большинстве операционных систем, оснащенных Java Virtual Machine (JVM) и сервером Jakarta Tomcat. Конечным пользователям необходимо скачать плагины для просмотра структуры молекул из банка данных о белках (например, PyMOL, Cn3D, Rasmol, SwissPDB и т. д.). )
Sequerome has a three tiered architecture that uses Java servlet and Server Page technologies with Java database connectivity (JDBC), making it both server and platform independent. Sequerome is compatible with essentially all Java enabled, graphical browsers but is better accessed using Internet Explorer and can be run on most operating systems equipped with a Java Virtual Machine (JVM) and Jakarta Tomcat server. End users have to download plugins for viewing structure of molecules from the Protein Data Bank (e. g. PyMOL, Cn3D, Rasmol, SwissPDB, etc. ).
Дальнейшие указания
Эпоха "постгеномики" породила ряд веб-инструментов и программного обеспечения для сбора, организации и предоставления большого количества первичной информации о последовательности, а также белковых структурах, аннотациях генов, выравниваниях последовательности и других общих биоинформационных задачах. Простой поиск в Интернете возвращает любое количество таких услуг и программных инструментов.
The "post genomics" era has given rise to a range of web based tools and software to compile, organize, and deliver large amounts of primary sequence information, as well as protein structures, gene annotations, sequence alignments, and other common bioinformatics tasks. A simple web search returns any number of such services and software tools.