Кіріспе
Онлайн биомедициналық деректер қоры PubMed – өмір ғылымдары және биомедициналық тақырыптар бойынша сілтемелер мен аннотацияларды қамтитын, негізінен MEDLINE деректер қорынан тұратын тегін деректер қоры. АҚШ Ұлттық медицина кітапханасы (NLM), Ұлттық денсаулық сақтау институтында (NIH) орналасқан, бұл деректер қорын Entrez ақпараттық іздеу жүйесінің бір бөлігі ретінде ұстап тұрады. 1971 жылдан 1997 жылға дейін MEDLINE деректер қорына онлайн қол жеткізу көбінесе университет кітапханалары сияқты мекемелер арқылы жүзеге асырылды. 1996 жылдың қаңтар айында жарық көрген PubMed жеке, тегін, үйден және кеңседен MEDLINE іздеу дәуірін бастады. PubMed жүйесі 1997 жылдың маусым айынан бастап жалпы қолданысқа тегін ұсынылды. PMC сілтемелері NCBI Bookshelf.
PubMed is a free database including primarily the MEDLINE database of references and abstracts on life sciences and biomedical topics. The United States National Library of Medicine (NLM) at the National Institutes of Health maintains the database as part of the Entrez system of information retrieval. From 1971 to 1997, online access to the MEDLINE database had been primarily through institutional facilities, such as university libraries. PubMed, first released in January 1996, ushered in the era of private, free, home and office based MEDLINE searching. The PubMed system was offered free to the public starting in June 1997. PMC citations
NCBI Bookshelf
Many PubMed records contain links to full text articles, some of which are freely available, often in PubMed Central and local mirrors, such as Europe PubMed Central. Information about the journals indexed in MEDLINE, and available through PubMed, is found in the NLM Catalog. as of 2023, PubMed has more than 35 million citations and abstracts dating back to 1966, selectively to the year 1865, and very selectively to 1809. As of the same date, 24.6 million of PubMed's records are listed with their abstracts, and 26.8 million records have links to full text versions (of which 10.9 million articles are available, full text for free). Over the last 10 years (ending 31 December 2019), an average of nearly one million new records were added each year. In 2016, NLM changed the indexing system so that publishers are able to directly correct typos and errors in PubMed indexed articles. PubMed has been reported to include some articles published in predatory journals. MEDLINE and PubMed policies for the selection of journals for database inclusion are slightly different. Weaknesses in the criteria and procedures for indexing journals in PubMed Central may allow publications from predatory journals to leak into PubMed. The National Library of Medicine had respond that individual journal articles can be included in PMC to support the public access policies of research funders and that rigorous policies about journals and publishers ensure integrity of NLM literature databases.
PubMed жазбаларының көптеген бөлігінде толық мәтінді мақалаларға сілтемелер бар, олардың кейбіреулері ақысыз қол жетімді, көбінесе PubMed Central және Europe PubMed Central сияқты жергілікті көшірмелерде. MEDLINE-ге енгізілген журналдар туралы және PubMed арқылы қол жетімді ақпарат NLM каталогында таба аласыз. 2023 жылғы мәліметтер бойынша PubMed-те 35 миллионнан астам сілтеме мен аннотация бар, олар 1966 жылға дейін, іріктелген түрде 1865 жылға дейін және өте іріктелген түрде 1809 жылға дейін соққан. Сол күнінің өзінде 24.6 миллион жазба аннотациялармен, ал 26.8 миллион жазба толық мәтіндік нұсқаларға сілтемелермен жабдықталған (оның ішінде 10.9 миллион мақала ақысыз қол жетімді). Соңғы 10 жылда (2019 жылдың 31 желтоқсанына дейін) әр жылы шамамен бір миллионнан астам жаңа жазба қосылды. 2016 жылы NLM индекстеу жүйесін жаңартты, нәтижесінде баспагерлер PubMed-ге енгізілген мақалалардағы қателерді тікелей түзетуге мүмкіндік алды. PubMed кейбір жауыз журналдарда жарияланған мақалаларды қамтиды деген хабарлар бар. MEDLINE және PubMed журналдарды деректер қорына енгізу саясаты шамалы өзгеше. PubMed Central-да журналдарды индекстеу критерийлері мен процедураларының кемшіліктері жауыз журналдардан шыққан жарияланымдардың PubMed-ке енуіне әкелуі мүмкін. Ұлттық медицина кітапханасы жеке журнал мақалалары зерттеуді қаржыландырушылардың ашық қол жеткізу саясатын қолдау үшін PMC-ға қосылуы мүмкін екенін және журналдар мен баспагерлерге қатысты қатаң саясат NLM әдебиеттік деректер қорының тұтастығын қамтамасыз ететінін мәлімдеді.
PubMed is a free database including primarily the MEDLINE database of references and abstracts on life sciences and biomedical topics. The United States National Library of Medicine (NLM) at the National Institutes of Health maintains the database as part of the Entrez system of information retrieval. From 1971 to 1997, online access to the MEDLINE database had been primarily through institutional facilities, such as university libraries. PubMed, first released in January 1996, ushered in the era of private, free, home and office based MEDLINE searching. The PubMed system was offered free to the public starting in June 1997. PMC citations
NCBI Bookshelf
Many PubMed records contain links to full text articles, some of which are freely available, often in PubMed Central and local mirrors, such as Europe PubMed Central. Information about the journals indexed in MEDLINE, and available through PubMed, is found in the NLM Catalog. as of 2023, PubMed has more than 35 million citations and abstracts dating back to 1966, selectively to the year 1865, and very selectively to 1809. As of the same date, 24.6 million of PubMed's records are listed with their abstracts, and 26.8 million records have links to full text versions (of which 10.9 million articles are available, full text for free). Over the last 10 years (ending 31 December 2019), an average of nearly one million new records were added each year. In 2016, NLM changed the indexing system so that publishers are able to directly correct typos and errors in PubMed indexed articles. PubMed has been reported to include some articles published in predatory journals. MEDLINE and PubMed policies for the selection of journals for database inclusion are slightly different. Weaknesses in the criteria and procedures for indexing journals in PubMed Central may allow publications from predatory journals to leak into PubMed. The National Library of Medicine had respond that individual journal articles can be included in PMC to support the public access policies of research funders and that rigorous policies about journals and publishers ensure integrity of NLM literature databases.
Веб-сайттың дизайны
2009 жылдың қазан айында жаңа PubMed интерфейсі іске қосылды және Google сияқты жылдам іздеу сұрақтарын қолдануға ынталандырды; мұндай іздеулер "телеграмма" іздеулері деп те аталады. Нәтижелер әдепкі бойынша "Ең соңғы" ретімен сұрыпталады, бірақ оны "Ең жақсы сәйкестік", "Жариялану күні", "Бірінші автор", "Соңғы автор", "Журнал" немесе "Тақырып" бойынша өзгертуге болады. PubMed веб-сайтының дизайны мен домені 2020 жылдың қаңтар айында жаңартылды және жаңартылған жаңа мүмкіндіктерімен бірге 2020 жылдың 15 мамырында стандартты режимге көшті. Бұл өзгеріске сайтты жиі пайдаланатын көптеген зерттеушілер тарапынан сын тудырды.
PubMed қолмен ұсталатын / ұялы телефондар үшін
PubMed/MEDLINE қол телефоны арқылы да қолжетімді, мысалы, Ұлттық медицина кітапханасы (NLM) жасаған «PICO» опциясын (нақты клиникалық сұрақтар үшін) пайдалану арқылы. Сондай-ақ, «PubMed Mobile» опциясы бар, ол мобильдік құрылғыларға ыңғайлы, қарапайым PubMed нұсқасына қол жеткізуге мүмкіндік береді.
Толық іздеу
PubMed-те ең тиімді іздеу үшін оның негізгі құрауы, MEDLINE және әсіресе MEDLINE мақалаларын табельдеу үшін қолданылатын MeSH (Медициналық тақырыптар) бақыланатын сөздігін түсіну қажет. Оларға күрделі іздеу стратегиялары, өріс атауларын (маркерлерді) қолдану, шектеулерді дұрыс пайдалану және басқа мүмкіндіктер де қажет болуы мүмкін; анықтама кітапханашылары мен іздеу мамандары іздеу қызметтерін ұсынады. PubMed-тің іздеу терезесі тек нақты тақырыптарды немесе әлі MeSH тақырыбы құрылмаған жаңа емдеулерді, сондай-ақ дәрі-дәрмектердің коммерциялық атауларын және есімдерді іздеу үшін ұсынылады. Тақырыптың сәйкессіздігі болғанда немесе сипаттама тек жартылай аспектіні көрсететін жағдайда да пайдалы. MeSH сөздігін пайдалану арқылы іздеу әлдеқайда дәл және қате нәтижелерді азайтады. Бұған қоса, ол еркін мәтіндік іздеудің кемшіліктерін болдырмайды, онда әріптеме, жекеше/көпше түрі немесе қысқартылған сөздерді ескеру қажет. Дегенмен, жақында дерекқорға қосылған, бірақ әлі сипаттамасы тағайындалмаған мақалалар табылмауы мүмкін. Сондықтан, толыққанды іздеуді қамтамасыз ету үшін бақыланатын тілдік тақырыптар мен еркін мәтіндік сөздерді бірге қолдану қажет.
Журнал мақаласының параметрлері
Журнал мақаласы индекстелген кезде, көптеген мақала параметрлері ізделіп алынып, құрылымдалған ақпарат ретінде сақталады. Ондай параметрлер: Мақала түрі (MeSH терминдері, мысалы, "Клиникалық сынақ"), Екінші идентификаторлар (MeSH терминдері), Тіл, Журнал елі немесе жарияланым тарихы (электрондық жарияланым күні, баспа журналында жарияланым күні).
Жарияланым түрі: Клиникалық сауалдар/ жүйелі шолулар
Жарияланым түрі параметрі жарияланымның түрі бойынша іздеуге мүмкіндік береді, соның ішінде әртүрлі клиникалық зерттеулердің есептері де бар.
Екіншілік идентификаторы
2005 жылдың шілдесінен бастап MEDLINE мақалаларды индекстеу процесі мақаланың аннотациясынан идентификаторларды іздеп алып, оларды «Екіншілік идентификатор» (SI) деп аталатын өріске енгізеді. Екіншілік идентификатор өрісі молекулалық тізбектер деректеріне, гендік экспрессияға немесе химиялық қосылыстарға қатысты әртүрлі дерекқорлардың тіркеу нөмірлерін және клиникалық сынақтардың идентификаторларын сақтауға арналған. Клиникалық сынақтар үшін PubMed ең ірі екі сынақ тізілімінен – ClinicalTrials.gov (NCT идентификаторы) және Халықаралық стандартталған рандомизацияланған бақыланатын сынақтар тізілімінен (IRCTN идентификаторы) сынақ идентификаторларын шығарып алады.
MeSH-ке сәйкестендіру
PubMed автоматты түрде MeSH терминдерімен және кіші тақырыптармен байланыстырады. Мысалы: "жаман ауыз иісі" "халитозға" сілтеме жасайды және (іздеуге қосады), "жүрек шабуылы" "миокард инфарктісіне", "сүрек қатерлі ісігі" "сүрек неоплазмасына" байланыстырады. Қажет болған жағдайда, бұл MeSH терминдері автоматты түрде "кеңейтіледі", яғни, одан да нақтырақ терминдерді қамтиды. "Медебилік іс" сияқты терминдер автоматты түрде "Медебилік іс [MeSH]" немесе "Медебилік іс [Кіші тақырып]" деп байланыстырылады. Бұл мүмкіндік "Автоматты терминдік бейнелеу" деп аталады және әдепкі бойынша еркін мәтіндік іздеуде қолданылады, бірақ нақты сөз тіркесімен іздеуде (яғни, іздеу сұранымын қос тырнақшалармен қоршау) қолданылмайды. Бұл мүмкіндік PubMed іздеулерін сезімтал етеді және медициналық терминологияның алуан түрлілігін ескере отырып, жалған теріс (көрініп қалмаған) нәтижелерге жол бермейді. "My NCBI" бөліміне интернетке қосылған кез келген компьютерден кіруге болады. "My NCBI" бағдарламасының бұрынғы нұсқасы "PubMed Cubby" деп аталған.
LinkOut (тіркеме)
LinkOut – бұл NLM мүмкіндігі, жергілікті журналдардың толық мәтініне сілтеме жасау және оларды қолжетімді ету үшін жасалған. 2010 жылғы мәліметтер бойынша, Даниядағы Ольборг университетінен Сиэтлдегі ZymoGenetics-ке дейін шамамен 3200 сайт (көбінесе академиялық мекемелер) осы NLM мүмкіндігіне қатысады. Бұл мекемелердің пайдаланушылары PubMed іздеу нәтижелерінде (егер журнал сол мекемеде болса) өз мекемелерінің логотипін көріп, толық мәтінге қол жеткізе алады. LinkOut 2019 жылғы жазда күтілетін негізгі платформа жаңартуымен бірге Outside Tool құралымен біріктірілуде.
PubMed Commons
2016 жылы PubMed авторларға PubMed индекстеген мақалаларға түсініктемелер қалдыруға мүмкіндік берді. Бұл мүмкіндік алдымен 2013 жылдан бері пилоттық режимде сынақтан өтті және 2016 жылы тұрақты жұмыс істеуге көшті. 2018 жылдың ақпан айында PubMed Commons «пайдалану деңгейі төмен болғандықтан» жабылды.
askMEDLINE
askMEDLINE – NLM әзірлеген, MEDLINE/PubMed үшін еркін мәтіндік, табиғи тілдегі сұрау құралы, сонымен қатар қолға ұстауға ыңғайлы құрылғылар үшін де жарамды.
PubMed деректерін өңдеу
PubMed деректерін өндірудің баламалы әдістері Matlab, Python немесе R сияқты бағдарламалау орталарын пайдаланады. Мұндай жағдайларда PubMed сұраныстары код жолдары түрінде жазылып, PubMed-ке жіберіледі, ал жауап тікелей бағдарламалау ортасында өңделеді. Кодты ауру, жыл, органдар сияқты әртүрлі кілт сөздермен жүйелі түрде сұрау үшін автоматтандыруға болады. Биомедициналық деректер базасы ретіндегі дәстүрлі рөлінен өзгеше, PubMed биомедициналық тілдік модельдерді оқытуға арналған кең таралған ресурсқа айналды. Бұл саланың соңғы жетістіктеріне Стэнфорд CRFM-нің PubMed деректерінде оқытылған 2.7 миллиард параметрлі PubMedGPT моделі және Microsoft-тың BiomedCLIP PubMedBERT моделі кіреді, ол PubMed Central-дан алынған сурет пен мәтін жұптамаларын көру-тілдік өңдеу үшін пайдаланады. Бұл модельдер PubMed деректерінің медициналық зерттеулер мен денсаулық сақтау саласындағы қолданбаларда жасанды интеллект мүмкіндіктерін арттырудағы маңызды әлеуетін көрсетеді. Мұндай жетістіктер биомедициналық салада кең көлемді деректерді өндіру мен жасанды интеллектті дамыту арасындағы тығыз байланысты көрсетеді. PubMed-те қолжетімді деректерді MEDOC сияқты ресми емес құралдарды пайдаланып жергілікті түрде көшіруге болады. Миллиондаған PubMed жазбалары Unpaywall сияқты ашық қолжетімділік туралы ашық деректер жиынтықтарын толықтырады. Кітапханалар үлкен келісімдерді тоқтатуға көмектесу үшін Unpaywall Journals сияқты деректерді талдау құралдарын пайдаланады: кітапханалар PubMed Central сияқты ашық архивтер арқылы дереу ашық қолжетімділікпен қамтамасыз етілетін материалдарға жазылудан бас тарта алады.