ДНҚ іздеу әдісі: ДНҚ-мен байланысатын ақуыздарды анықтау, ДНҚ фрагменттерін кесу арқылы олардың орналасқан жерін табу. Молекулалық биологияда қолданылады.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
DNase ізін анықтау – молекулалық биология/биохимиядан алынған ДНК ізін анықтау әдісі, ол ДНК-ға байланысқан белоктың ДНК-ны ферменттік кесуден қорғайтындығын пайдаланып, ДНК-ның ақуызбен өзара әрекеттесуін анықтайды. Бұл белгілі бір ДНК молекуласында белок байланысатын орынды табуға мүмкіндік береді. Әдіс радиоактивті белгіленген ДНК-ны кесу үшін дезоксирибонуклеаза (қысқаша DNase) ферментін қолданады, содан кейін пайда болған кесу үлгісін анықтау үшін гельдік электрофорез жүргізіледі. Мысалы, зерттелетін ДНК фрагменті 32P 5' белгіленген праймерді пайдаланып ПТР арқылы күшейтілуі мүмкін, нәтижесінде әр екі тізбікті молекуланың бір шетінде радиоактивті белгісі бар көптеген ДНК молекулалары пайда болады. DNase ферментімен кесу нәтижесінде фрагменттер түзіледі. 32P белгіленген ұшына қарағанда кішкентай фрагменттер гельдегі үлкен фрагменттерден кейін пайда болады. Гель арнайы фотопленкаға экспозиция жасау үшін қолданылады. ДНК-ны байланыстыратын ақуыздың болмағандағы ДНК-ның кесу үлгісі, әдетте «еркін ДНК» деп аталады, ДНК-ны байланыстыратын ақуыздың бар болғандағы ДНК-ның кесу үлгісімен салыстырылады. Егер белок ДНК-мен байланысса, байланысу орны ферменттік кесуден қорғалады. Бұл қорғаныс гельде «із» деп аталатын анық аймақты құрайды. ДНК-мен байланысатын ақуыздың концентрациясын өзгерту арқылы, белоктың байланысу туыстығын іздің байқалатын ең төменгі концентрациясына сәйкес бағалауға болады. Бұл әдісті Дэвид Галлас және Альберт Шмиц 1977 жылы Женевада әзірлеген.
A DNase footprinting assay is a DNA footprinting technique from molecular biology/biochemistry that detects DNA protein interaction using the fact that a protein bound to DNA will often protect that DNA from enzymatic cleavage. This makes it possible to locate a protein binding site on a particular DNA molecule. The method uses an enzyme, deoxyribonuclease (DNase, for short), to cut the radioactively end labeled DNA, followed by gel electrophoresis to detect the resulting cleavage pattern. For example, the DNA fragment of interest may be PCR amplified using a 32P 5' labeled primer, with the result being many DNA molecules with a radioactive label on one end of one strand of each double stranded molecule. Cleavage by DNase will produce fragments. The fragments which are smaller with respect to the 32P labelled end will appear further on the gel than the longer fragments. The gel is then used to expose a special photographic film. The cleavage pattern of the DNA in the absence of a DNA binding protein, typically referred to as free DNA, is compared to the cleavage pattern of DNA in the presence of a DNA binding protein. If the protein binds DNA, the binding site is protected from enzymatic cleavage. This protection will result in a clear area on the gel which is referred to as the "footprint". By varying the concentration of the DNA binding protein, the binding affinity of the protein can be estimated according to the minimum concentration of protein at which a footprint is observed. This technique was developed by David J. Galas and Albert Schmitz at Geneva in 1977