Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Кинемаж (кинетикалық кескіннің қысқартылған түрі) – интерактивті графикалық ғылыми иллюстрация. Ол көбінесе молекулаларды, әсіресе белоктарды бейнелеу үшін қолданылады, бірақ басқа да 3 өлшемді деректерді (мысалы, геометриялық фигуралар, әлеуметтік желілер немесе РНК негіздерінің құрамындағы тетраэдрлер) көрсетуге де болады. Кинемаж жүйесі пайдаланудың қарапайымдығын, интерактивті жұмысын, сондай-ақ егжей-тегжейлі 3D ақпаратты қабылдау мен жеткізуді оңтайландыру мақсатында жасалған. Кинемаж туралы ақпарат адам мен машина оқи алатын мәтіндік файлда сақталады, ол дисплейлік объектілердің иерархиясын және олардың қасиеттерін сипаттайды, сонымен қатар қосымша түсіндірме мәтінді де қамтиды. Кинемаж форматы – 'chemical/x-kinemage' химиялық MIME түрінің анықталған түрі, файлдық кеңейтімдері '.kin'.
A kinemage (short for kinetic image) is an interactive graphic scientific illustration. It often is used to visualize molecules, especially proteins although it can also represent other types of 3 dimensional data (such as geometric figures, social networks, or tetrahedra of RNA base composition). The kinemage system is designed to optimize ease of use, interactive performance, and the perception and communication of detailed 3D information. The kinemage information is stored in a text file, human and machine readable, that describes the hierarchy of display objects and their properties, and includes optional explanatory text. The kinemage format is a defined chemical MIME type of 'chemical/x kinemage' with the file extension '. kin'.
Ерте тарих
Кинемагтарды алғаш рет Дэвид Ричардсон Дьюк университетінің медицина мектебінде, 1992 жылдың қаңтар айында жарық көрген Протеин қоғамының «Протеин ғылымы» журналы үшін әзірледі. Алғашқы 5 жылы (1992–1996) аралығында «Протеин ғылымы» журналының әр санында көптеген мақалаларды иллюстрациялау үшін интерактивті кинемаг 3D компьютерлік графикасы бар флоппи-дискідегі қосымша, сондай-ақ оларды көрсетуге арналған Mage бағдарламалық қамтамасы (кросс-платформалық, тегін, ашық кодты) берілді; кинемаг қосымша материалдары журналдың веб-сайтында әлі де қолжетімді. Mage және RasMol – жеке компьютерлерде интерактивті дисплейді қолдайтын алғашқы, кеңінен қолданылатын макромолекулалық графикалық бағдарламалар. Кинемагтар оқыту, оқулықтарға қосымша материалдар, жеке зерттеулер және макромолекулалық құрылымдарды талдау үшін пайдаланылады.
Kinemages were first developed by David Richardson at Duke University School of Medicine, for the Protein Society's journal Protein Science that premiered in January 1992. For its first 5 years (1992–1996), each issue of Protein Science included a supplement on floppy disk of interactive, kinemage 3D computer graphics to illustrate many of the articles, plus the Mage software (cross platform, free, open source) to display them; kinemage supplementary material is still available on the journal web site. Mage and RasMol were the first widely used macromolecular graphics programs to support interactive display on personal computers. Kinemages are used for teaching, and for textbook supplements, individual exploration, and analysis of macromolecular structures.
Ғылыми-зерттеу мақсаттары
Жақында, басқа молекулалық графикалық құралдардың кең қолжетімділігімен, кинемагтардың презентациялық қолданылуы зерттеу жұмыстарының кең ауқымымен ығыстырылды, бұл жаңа дисплей мүмкіндіктерімен және басқа молекулалық есептеулерден кинемаг форматындағы шығыстарды жасайтын бағдарламалық жасақтаманың дамуымен бірге жүрді. Барлық атомдық контактіні талдау сутек атомдарын қосып, оңтайландырады, содан кейін атомдар арасындағы сутекті байланыс, Ван дер Ваальс және стерикалық қақтығыстарды көрсету үшін нүктелі беттерді пайдаланады. Нәтижелерді визуалды түрде (кинемагтарда) және сандық түрде молекулалық беттер арасындағы егжей-тегжейлі өзара әрекеттесуді талдау үшін пайдалануға болады, әсіресе эксперименталды рентген кристаллографиясынан алынған молекулалық модельдерді тексеру және жақсарту мақсатында. Mage және KiNG (төменде қараңыз) 3 өлшемнен жоғары деректерді кинемагтарда көрсету үшін жаңартылды (әртүрлі 3D проекцияларда көріністер арасында өту, дерек нүктелерінің ықтимал кластерлерін бояу және таңдау, сондай-ақ параллель координаталарға ауысу), мысалы, бір рибоза мен келесі арасындағы тірекше диэдрлік бұрыштарының 7 өлшемді кеңістігінде РНК тірекшесінің қолайлы конформацияларының кластерлерін анықтау үшін қолданылады.
More recently, with the availability of a much wider variety of other molecular graphics tools, presentation use of kinemages has been overtaken by a wide variety of research uses, concomitant with new display features and with the development of software that produces kinemage format output from other types of molecular calculations. All atom contact analysis adds and optimizes explicit hydrogen atoms, and then uses patches of dot surface to display the hydrogen bond, van der Waals, and steric clash interactions between atoms. The results can be used visually (in kinemages) and quantitatively to analyze the detailed interactions between molecular surfaces, most extensively for the purpose of validating and improving the molecular models from experimental x ray crystallography data. Both Mage and KiNG (see below) have been enhanced for kinemage display of data in higher than 3 dimensions (moving between views in various 3 D projections, coloring and selecting candidate clusters of datapoints, and switching to a parallel coordinates representation), used for instance for defining clusters of favorable RNA backbone conformations in the 7 dimensional space of backbone dihedral angles between one ribose and the next.
Интернетті пайдалану
KiNG – Иан Дэвис пен Винсент Чен Java бағдарламалау тілінде жазған ашық кодты кинемаг қарау құралы. Ол желілік қосылымсыз пайдаланушының компьютерінде дербес жұмыс істей алады немесе веб-беттегі веб-қызмет ретінде қолданылуы мүмкін. Кинемагтардың интерактивтілігі – олардың басты мақсаты және ерекшелігі. Олардың мәнін түсіну үшін браузердегі KiNG демонстрациясында 3D кеңістікте жылжытуға болатын екі мысал және кинемагты веб-бетке қалай орнатуға болатындығы туралы нұсқаулар бар. Төмендегі суретте KiNG жоғары сапалы кристалдық құрылымда лизиннің бүйір тізбегін қайта модельдеу үшін қолданылып жатыр. KiNG – Protein Data Bank сайтындағы әрбір құрылымдық бетте ұсынылған қарау құралдарының бірі және MolProbity сайтында 3D форматта тексеру нәтижелерін көрсетеді. Кинемагтарды ашық бастапқы кодты KinImmerse бағдарламалық жасақтамасымен immersive виртуалды шындық жүйелерінде де көрсетуге болады. Кинемагты көрсету және барлық атомдық байланыс бағдарламалық жасақтамасы kinemage веб-сайтында тегін және ашық кодпен қолжетімді.
KiNG is an open source kinemage viewer, written in the programming language Java by Ian Davis and Vincent Chen, that can work interactively either standalone on a user machine with no network connection, or as a web service in a web page. The interactive nature of kinemages is their primary purpose and attribute. To appreciate their nature, the demonstration KiNG in browser has two examples that can be moved around in 3D, plus instructions for how to embed a kinemage on a web page. The figure below shows KiNG being used to remodel a lysine sidechain in a high resolution crystal structure. KiNG is one of the viewers provided on each structure page at the Protein Data Bank site, and displays validation results in 3D on the MolProbity site. Kinemages can also be shown in immersive virtual reality systems, with the open source KinImmerse software. All of the kinemage display and all atom contact software is available free and open source on the kinemage web site.