Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Top7 – жасанды ақуыз, ол de novo ақуыз ретінде жіктеледі. Бұл ақуыздың өзі нақты құрылым мен функционалды қасиеттерге ие болу үшін жобаланғанын білдіреді.
Top7 is an artificial protein, classified as a de novo protein. This means that the protein itself was designed to have a specific structure and functional properties.
Өмірбаян
Top7 дизайнын Брайан Кульман мен Гаутам Дантас Вашингтон университетінің Дэвид Бейкер зертханасында жасады. Top7 дизайны оның тізбекті дизайны мен құрылымын болжауды қайталайтын жалпы есептеу әдісін қолдану арқылы құрылды. Соңғы мақсат – 93 қалдықтан тұратын α/β белгісін, жаңа тізбекпен және оның құрылымының немесе топологиясының орналасуымен әзірлеу болды. Бұл есептеу әдістері белоктерді жобалауға, сондай-ақ белок құрылымын болжау алгоритмдеріне көмектесті. Осы талдаулардың нәтижесінде Top7 белгісінің өте тұрақты екендігі анықталды. Табиғатта кездесетін көптеген белоктер кооперативті бүктелуді көрсетеді, яғни бүкіл құрылым үйлесімді түрде бүктеледі. Ал Top7 бір фазалық, біркелкі процесспен бүктелмейді. Оның кооперативті емес қасиеті оның жобаланған тізбегімен байланысты болуы мүмкін, бұл тәуелсіз бүгілген C терминалды аралық құрылымның қалыптасуын ынталандырады. Зерттеулер көрсеткендей, базалық модельдің аминқышқылдар тізбегінің C және N терминалдарындағы мутациялар Top7-нің кооперативті бүктелуге мүмкіндік беретін ықтимал тізбегінің бар екенін дәлелдейді. Top7 2005 жылдың қазан айында RCSB белоктар деректер банкінің «Айдың молекуласы» ретінде танылды, ал оның болжамды және рентгендік кристалдық құрылымдарының тиісті ядроларының (қалдықтар 60-79) суперпозициясы Rosetta@home логотипінде көрсетілген.
Top7 was designed by Brian Kuhlman and Gautam Dantas in David Baker's laboratory at the University of Washington. Top7's design was built through the use of a general computational method that repeated its sequence design and structure prediction. The end goal was to develop a 93 residue α/β protein with a new sequence and arrangement of its structure, or topology. These computational methods helped to design the proteins along with protein structure prediction algorithms. Through these analyzes, it was determined that the Top7 protein is extremely stable. Many naturally occurring proteins display cooperative folding, indicating that the whole structure folds in a coordinated procedure. In contrast, the folding of Top7 does not follow a smooth, single phase process. Its non cooperative characteristic may be linked to its designed sequence, which promotes the formation of an independently folded C terminal intermediate structure. Studies found that mutations in C terminal as well as N terminal of the amino acid sequence of a base model prove that there is a probable sequence of Top7 that allows fold cooperative folding. Top7 was featured as the RCSB Protein Data Bank's 'Molecule of the Month' in October 2005, and a superposition of the respective cores (residues 60 79) of its predicted and X ray crystal structures are featured in the Rosetta@home logo.