Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Бактерия түрі
Species of bacterium
Pseudomonas putida – грам-теріс, таяқша тәрізді, сапрофиттік топырақ бактериясы. Ол жан-жақты метаболизмге ие және генетикалық манипуляцияға ыңғайлы, осының арқасында зерттеулерде, биоремедиацияда және химиялық заттар мен басқа да қосылыстарды синтездеуде жиі қолданылады. Азық-дәрі басқармасы (FDA) P. putida KT2440 штаммын Хост-вектор жүйесінің қауіпсіздік деңгейі 1 (HV 1) сертификатымен мақұлдады, бұл оны қосымша сақтық шараларынсыз қолдануға болатынын көрсетеді. Осылайша, көптеген зертханаларда P. putida-ны, мысалы, мүмкіндікпен жұққан патоген болып табылатын Pseudomonas aeruginosa сияқты басқа Pseudomonas түрлеріне қарағанда пайдалану артық. Дегенмен, Pseudomonas тұқымдасының толық геномдарының филогеномдық талдауы P. putida деп аталған геномдар монофилетикалық клад құрамайтынын, керісінше, таралып, басқа түрлерді де қамтитын кеңірек эволюциялық топты (putida тобын) құрайтынын көрсетті, оған P. alkylphenolia, P. alloputida, P. monteilii, P. cremoricolorata, P. fulva, P. parafulva, P. entomophila, P. mosselii, P. plecoglossicida және бірнеше геномдық түрлер (әлі ресми түрде анықталмаған жаңа түрлер) кіреді. Көпплазмидтік көмірсутектерді ыдырататын Pseudomonas, P. putida-ның бір түрі әлемдегі алғашқы патенттелген организм болып табылады. Ол тірі организм болғандықтан, патентке дау айтылып, АҚШ Жоғарғы Сотында «Даймонд Чакрабартиге қарсы» тарихи сот ісі өтті, осы істе өнертапқыш Ананда Мохан Чакрабарти жеңіске жетті. Бұл организм өте алуан түрлі метаболизмге ие, оның ішінде толуол сияқты органикалық еріткіштерді ыдырату қабілеті де бар. Бұл қабілетті биоремедиацияда, яғни микроорганизмдерді пайдаланып қоршаған ортаның ластануын жоюда қолдануға болады.
Pseudomonas putida is a Gram negative, rod shaped, saprophytic soil bacterium. It has a versatile metabolism and is amenable to genetic manipulation, making it a common organism used in research, bioremediation, and synthesis of chemicals and other compounds. The Food and Drug Administration (FDA) has listed P. putida strain KT2440 as Host vector system safety level 1 certified (HV 1), indicating that it is safe to use without any extra precautions. Thus, use of P. putida in many research labs is preferable to some other Pseudomonas species, such as Pseudomonas aeruginosa, for example, which is an opportunistic pathogen. However, phylogenomic analysis of complete genomes from the entire Pseudomonas genus clearly showed that the genomes that were named as P. putida did not form a monophyletic clade, but were dispersed and formed a wider evolutionary group (the putida group) that included other species as well, such as P. alkylphenolia, P. alloputida, P. monteilii, P. cremoricolorata, P. fulva, P. parafulva, P. entomophila, P. mosselii, P. plecoglossicida and several genomic species (new species which are not validly defined). A variety of P. putida, called multiplasmid hydrocarbon degrading Pseudomonas, is the first patented organism in the world. Because it is a living organism, the patent was disputed and brought before the United States Supreme Court in the historic court case Diamond v. Chakrabarty, which the inventor, Ananda Mohan Chakrabarty, won. It demonstrates a very diverse metabolism, including the ability to degrade organic solvents such as toluene. This ability has been put to use in bioremediation, or the use of microorganisms to degrade environmental pollutants.
Геномдық
P. putida кең эволюциялық тобына жататын (63) геномның ақуыз саны мен GC құрамы (Pseudomonas тұқымдасының 494 толық геномдарының филогеномдық талдауымен анықталған) сәйкесінше 3748–6780 (орташа: 5197) және 58,7–64,4% (орташа: 62,3%) аралығында. Pseudomonas putida стероль майын биологиялық ыдырайтын пластик PHA-ға айналдыра алады. Бұл полистирол көбігін тиімді қайта өңдеуге көмектесуі мүмкін, әйтпесе оның ыдырамайтыны есептеледі.
The protein count and GC content of the (63) genomes that belong to the P. putida wider evolutionary group (as defined by a phylogenomic analysis of 494 complete genomes from the entire Pseudomonas genus) ranges between 3748–6780 (average: 5197) and between 58.7–64.4% (average: 62.3%), respectively. Pseudomonas putida is capable of converting styrene oil into the biodegradable plastic PHA. This may be of use in the effective recycling of polystyrene foam, otherwise thought to be not biodegradable.
Биобақылау
Pseudomonas putida Pythium aphanidermatum және Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici сияқты өсімдік патогендеріне қарсы тиімді қарсыласы ретінде әлеуетті биобақылау қасиеттерін көрсетті.
Pseudomonas putida has demonstrated potential biocontrol properties, as an effective antagonist of plant pathogens such as Pythium aphanidermatum and Fusarium oxysporum f. sp. radicis lycopersici.
P. alloputida KT2440 геномның олигонуклеотидтерді қолдану белгілері
Пентануклеотидтерді пайдалану және ең көп таралған окта-тетрадекануклеотидтер тізімі бактериялық геномдық ерекшеліктің пайдалы өлшемдері болып табылады. P. putida KT2440 хромосомасы тізбектік симметриямен және толықтыратын олигонуклеотидтердің тізбектік теңдігімен сипатталады. Әрбір тетрануклеотид екі тізбекте де шамамен бірдей жиілікпен кездеседі. Тетрануклеотидтерді пайдалану G+C мазмұнымен және базалық үйілу энергиясы, динуклеотидтік бұрылыс бұрышы немесе тринуклеотидтік иілу сияқты физикалық-химиялық шектеулермен анықталады. Атипикалық олигонуклеотидтік құрамы бар 105 аймақ, олигонуклеотидтерді пайдалану үлгілері бойынша көлденең алынған ген аралдары, көп доменді гендер немесе рибосомалық ақуыздар мен РНҚ-ларға арналған гендер сияқты ежелгі аймақтарға жіктеледі. P. putida штамдарын анықтау үшін геномдағы ең көп кездесетін қайталама – түрге тән экстрагендік палиндромдық тізбек болып табылады. P. putida кодтау тізбегінде LLL ең көп кездесетін трипептид. Филогеномдық талдау KT2440 штаммын Pseudomonas alloputida жаңа түріне қайта жіктеді.
Di to pentanucleotide usage and the list of the most abundant octa to tetradecanucleotides are useful measures of the bacterial genomic signature. The P. putida KT2440 chromosome is characterized by strand symmetry and intrastrand parity of complementary oligonucleotides. Each tetranucleotide occurs with similar frequency on the two strands. Tetranucleotide usage is biased by G+C content and physicochemical constraints such as base stacking energy, dinucleotide propeller twist angle, or trinucleotide bendability. The 105 regions with atypical oligonucleotide composition can be differentiated by their patterns of oligonucleotide usage into categories of horizontally acquired gene islands, multidomain genes or ancient regions such as genes for ribosomal proteins and RNAs. A species specific extragenic palindromic sequence is the most common repeat in the genome that can be exploited for the typing of P. putida strains. In the coding sequence of P. putida, LLL is the most abundant tripeptide. Phylogenomic analysis reclassified the strain KT2440 in a new species Pseudomonas alloputida.
CBB5 және кофеин тұтыну
Pseudomonas putida CBB5, топырақта табиғи түрде кездесетін, гендік өзгеріске ұшырамаған, жабайы штаммы, кофеинмен қоректене алады және кофеинды көмірқышқыл газы мен аммиакқа дейін ыдыратады.
Pseudomonas putida CBB5, a nonengineered, wild type variety found in soil, can live on caffeine and has been observed to break caffeine down into carbon dioxide and ammonia.