Кіріспе
Молекулалық құрылымдардың симуляциялық бейнелерін жасау және өзгерту үшін қолданылатын компьютерлік бағдарлама – молекулалық редактор. Молекулалық редактор химиялық құрылымдардың бейнелерін жасау және өзгертуге арналған компьютерлік бағдарлама. Молекулалық редакторлар химиялық құрылым бейнелерін 2D компьютерлік графика немесе 3D компьютерлік графика арқылы, тиісінше симуляцияланған екі өлшемді немесе үш өлшемді кеңістікте манипуляциялай алады. Екі өлшемді шығыс суреттер ретінде немесе химиялық деректер базасын сұрау үшін қолданылады. Үш өлшемді шығыс молекулалық модельдерді құру үшін қолданылады, әдетте молекулалық модельдеу бағдарламалық қамтамасының бір бөлігі ретінде. Leatherface, RECAP және Molecule Slicer сияқты деректер қорының молекулалық редакторлары пайдаланушы анықтаған 'карбоксил қышқылдарын депротонды ету' немесе 'экзоциклді байланыстарды үзу' сияқты ережелерге сәйкес көптеген молекулаларды автоматты түрде өзгертуге мүмкіндік береді. Молекулалық редакторлар әдетте кем дегенде бір файл форматын немесе жолмен белгіленуін оқу және жазуды қолдайды. Олардың мысалдары Molfile және оңайлатылған молекулалық кіріс желісінің сипаттамасы (SMILES) болып табылады. Молекулалық редакторлармен жасалған файлдарды молекулалық графикалық құралдармен көрсетуге болады.
A molecule editor is a computer program for creating and modifying representations of chemical structures. Molecule editors can manipulate chemical structure representations in either a simulated two dimensional space or three dimensional space, via 2D computer graphics or 3D computer graphics, respectively. Two dimensional output is used as illustrations or to query chemical databases. Three dimensional output is used to build molecular models, usually as part of molecular modelling software packages. Database molecular editors such as Leatherface, RECAP, and Molecule Slicer allow large numbers of molecules to be modified automatically according to rules such as 'deprotonate carboxylic acids' or 'break exocyclic bonds' that can be specified by a user. Molecule editors typically support reading and writing at least one file format or line notation. Examples of each include Molfile and simplified molecular input line entry specification (SMILES), respectively. Files generated by molecule editors can be displayed by molecular graphics tools.
Жеке бағдарлама
Бағдарлама Әзірлеуші(лер) Лицензия Платформалар Ақпарат ACD/ChemSketch ACD/Labs Windows Химиялық интеллектісі бар суреттеу интерфейсі, органикалық, органометалдық, полимерлер және Маркуш құрылымдарының ішінде кез келген химиялық құрылымды салуға мүмкіндік береді. Тегін нұсқасы бар. Amira (бағдарламалық қамтамасыз ету) Visage Imaging, Zuse Institute Berlin Windows, macOS, Linux 14 күндік сынақ нұсқасы бар. Ascalaph Designer Agile Molecule Windows, Linux Тегін бағдарламалық қамтамасыз ету. Avogadro Avogadro жоба тобы Windows, macOS, Linux 3D молекула редакторы, визуализатор. BALLView BALL жоба тобы LGPL Windows, macOS, Linux Көруші, редактор, симуляция құралы. Bioclipse Bioclipse әзірлеушілері Кросс-платформалық, Java, Eclipse Rich Client Platform (RCP) негізінде. Biovia Draw MDL Information Systems Windows ISIS/Draw ретінде әзірленген, қазір Dassault Systèmes-ке тиесілі. ChemDoodle/ChemLabs Кросс-платформалық, Java. ChemDraw PerkinElmer Windows, macOS Химиялық құрылымдар мен реакцияларды өңдеу. Deneb AtelGraphics Windows, Linux Сынақ нұсқасы бар; SIESTA, VASP, QE және т.б. пакеттері үшін пайдалануға оңай графикалық интерфейстік жұмыс үстелі. ChemWindow Wiley Windows KnowItAll бағдарламалық ортасының бөлігі ретінде қолжетімді; академиялық зерттеулер мен оқыту үшін тегін бағдарламалық қамтамасыз ету. Gabedit Abdulrahman Allouche Windows, macOS, Linux 3D молекула редакторы, визуализатор. JChemPaint Кросс-платформалық, Java 2D құрылымдық формула редакторы. Molecular Operating Environment (MOE) Chemical Computing Group Windows, macOS, Linux; SVL бағдарламалау тілі Молекулалық модельдеу / дәрі-дәрмек табу қолданбалары үшін платформа, 3D молекулалық эскиздер мен өңдеу, 2D бейнелеу және 2D-ден 3D-ге түрлендіру. SAMSON Inria Windows, macOS, Linux Компьютерлік интеграцияланған наноғылымдар үшін бағдарламалық платформа. SAMSON элементтерімен (SAMSON үшін модульдер) жабдықталған. Spartan Wavefunction, Inc. Windows, macOS, Linux XDrawChem Windows, macOS, Linux OpenBabel негізінде.
JavaScript-ті ендіруге болатын редакторлар
Бағдарлама жасаушы лицензиясы Үстел браузері IE6 7 8 Үстел браузері басқа iPad iPhone Android Ақпарат Kekulé Бағдарламасы Kekule.js Лабораториясы MIT Лицензиясы Ketcher EPAM Systems Apache Лицензиясы✔ бастапқыда GGA Software Services компаниясымен әзірленген, кейін EPAM Systems сатып алған.