Кіріспе

Диэтил пирокарбонат (DEPC), сонымен қатар диэтил дикарбонат (IUPAC атауы) деп аталады, зертханада судағы және зертханалық құралдардағы RNase ферменттерін инактивациялау үшін қолданылады. Ол гистидиннің (ең күшті), лизиннің, цистеиннің және тирозиннің қалдықтарын коваленттік модификациялау арқылы жүзеге асады. РНК-ның РНАзалармен ыдырау қаупін азайту үшін зертханада РНК-ны өңдеуде DEPC-мен өңделген (осылайша RNase-сыз) су қолданылады. Суды әдетте 0,1% v/v DEPC-мен 37 °C температурада кемінде 2 сағат бойы өңдеп, содан кейін автоклавта (кем дегенде 15 минут) DEPC іздерін инактивациялау үшін өңдейді. Осылайша DEPC-ні инактивациялаудан CO2 және этанол пайда болады. DEPC-нің жоғары концентрациясы RNase-нің үлкен мөлшерін инактивациялай алады, бірақ қалған іздері немесе қосалқы өнімдері in vitro транскрипция сияқты биохимиялық реакцияларды тежеуі мүмкін. Сонымен қатар, РНК-ны карбоксиметилдеу сияқты химиялық модификациялау, егер DEPC немесе оның қосалқы өнімдерінің іздері болса, мүмкін, бұл буфер алмасудан кейін (төгілуден кейін) де бүтін РНК-ның қалпына келуіне кедергі келтіреді. DEPC суда тұрақсыз және көмірқышқыл газы мен этанолға гидролиздеуге бейім, әсіресе нуклеофилдің қатысуымен. Осы себепті DEPC-ні Tris немесе HEPES буферлерімен бірге қолдануға болмайды. Керісінше, оны фосфат буферленген тұзды ерітіндімен немесе MOPS-пен қолдануға болады. РНазсыз болу үшін активті O:, N: немесе S: тобы бар ферменттер мен химиялық заттарды DEPC-мен өңдеуге болмайды, өйткені DEPC осы топтармен әрекеттеседі. Сонымен қатар, DEPC ыдырау өнімдері in vitro транскрипцияны тежеуі мүмкін. Гистидиннің DEPC дериватизациясы ферменттердегі гистидил қалдықтарының маңыздылығын зерттеу үшін де қолданылады. Гистидинді DEPC арқылы өзгерту имидазол сақинасының N омега 2 азотында карбетоксилендірілген туындыларды береді. Гистидиннің DEPC модификациясын бейтарап pH-да 0,5 M гидроксиламинімен өңдеу арқылы кері қайтаруға болады. DEPC-ні қос тізбекті ДНК құрылымын зерттеу үшін де қолдануға болады.