Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Антителоның мақсатты антигендегі байланысу орнын анықтау
Identifying the binding site of an antibody on its target antigen
Иммунологияда эпитоп картасы – антидененің мақсатты антигендегі (әдетте, ақуыздағы) байланысу орнын немесе эпитобын эксперименттік жолмен анықтау процесі. Антителоның байланысу орындарын анықтау және сипаттау жаңа терапиялық препараттарды, вакциналарды және диагностикалық құралдарды табуға және жасауға көмектеседі. Эпитоптарды сипаттау антителоның байланысу механизмін түсінуге көмектеседі және зияткерлік меншікті (патенттік) қорғауды күшейте алады. Эпитоптарды эксперименттік түрде карталаудан алынған деректерді сенімді алгоритмдерге енгізуге болады, бұл B жасуша эпитоптарын тізбек немесе құрылымдық деректерге сүйене отырып, компьютерде болжауды жеңілдетеді. Эпитоптар көбінесе екі классқа бөлінеді: сызықтық және конформациялық/үзілісті. Сызықтық эпитоптар ақуыздағы аминқышқылдарының үздіксіз тізбегімен қалыптасады. Конформациялық эпитоптар бүктеліп қалған 3D құрылымда жақын, бірақ ақуыз тізбегінде алыс орналасқан аминқышқылдарынан қалыптасады. Конформациялық эпитоптарға кейбір сызықтық сегменттер де кіре беретінін ескеру керек. B жасуша эпитоптарын карталау бойынша жүргізілген зерттеулер антигендер мен антиденелер арасындағы, әсіресе аутоантиденелер мен қорғау антиденелері (мысалы, вакциналарда) арасындағы көптеген өзара әрекеттесулер үздіксіз эпитоптарға байланысуға байланысты екенін көрсетеді.
In immunology, epitope mapping is the process of experimentally identifying the binding site, or epitope, of an antibody on its target antigen (usually, on a protein). Identification and characterization of antibody binding sites aid in the discovery and development of new therapeutics, vaccines, and diagnostics. Epitope characterization can also help elucidate the binding mechanism of an antibody and can strengthen intellectual property (patent) protection. Experimental epitope mapping data can be incorporated into robust algorithms to facilitate in silico prediction of B cell epitopes based on sequence and/or structural data. Epitopes are generally divided into two classes: linear and conformational/discontinuous. Linear epitopes are formed by a continuous sequence of amino acids in a protein. Conformational epitopes epitopes are formed by amino acids that are nearby in the folded 3D structure but distant in the protein sequence. Note that conformational epitopes can include some linear segments. B cell epitope mapping studies suggest that most interactions between antigens and antibodies, particularly autoantibodies and protective antibodies (e. g., in vaccines), rely on binding to discontinuous epitopes.
Антителоларды сипаттау үшін маңызы
Эпитоп картасы әсер ету механизмі туралы ақпарат беру арқылы терапиялық моноклоналды антиденелерді (mAb) әзірлеуде маңызды құрамдас бөлік болып табылады. Эпитоп карталау mAb-тың функционалдық әсерін қалай жүзеге асыратынын анықтай алады, мысалы, лигандтың байланысын бұғаттау арқылы немесе ақуызды функционалды емес күйде ұстап тұру арқылы. Көптеген терапиялық mAb тек ақуыз өзінің табиғи (дұрыс бүлінген) күйінде болған кезде ғана болатын конформациялық эпитоптарды нысаналайды, бұл эпитоп картасын жасауды қиын етеді. Эпитоп карталау, иммунизацияның ұзаққа созылатын әсерін қамтамасыз ететін антигендік элементтерді (эпитоптарды) анықтау арқылы, чикунгунья, денге, Эбола және Зика вирустары сияқты кең таралған немесе қауіпті вирустық патогендерге қарсы вакциналарды әзірлеуде шешуші рөл атқарды. Сондай-ақ, көп суббұрышты ақуыздар (мысалы, иондық каналдар) жаңа дәрілерді табудың маңызды нысаналары болып табылады. Бұл күрделі ақуыздарды экспрессиялау және тазарту қиын болғандықтан, олардағы эпитоптарды анықтау қиынға соғады. Мембраналық ақуыздарда көбінесе қысқа антигендік аймақтар (эпитоптар) болады, олар липидтік екі қабаттың құрамында ғана дұрыс бүгіледі. Осы себепті, осы мембраналық ақуыздағы mAb эпитоптары көбінесе конформациялық болып келеді, сондықтан оларды картаға түсіру қиынырақ. Антиденелерді ажырату қабілеті, әсіресе жақсы зерттелген терапиялық нысаналарға (мысалы, PD1 және CD20) қарсы антиденелерді патенттеу кезінде маңызды, олармен бірнеше бәсекелес антиденелер арқылы күресуге болады. Антиденелердің патентке алуға қабілеттілігін растаудан басқа, эпитоп картасының деректері АҚШ-тың Патент және Сауда белгілері бюросына ұсынылған антиденелердің кең ауқымды талаптарын қолдау үшін де пайдаланылды.
By providing information on mechanism of action, epitope mapping is a critical component in therapeutic monoclonal antibody (mAb) development. Epitope mapping can reveal how a mAb exerts its functional effects for instance, by blocking the binding of a ligand or by trapping a protein in a non functional state. Many therapeutic mAbs target conformational epitopes that are only present when the protein is in its native (properly folded) state, which can make epitope mapping challenging. Epitope mapping has been crucial to the development of vaccines against prevalent or deadly viral pathogens, such as chikungunya, dengue, Ebola, and Zika viruses, by determining the antigenic elements (epitopes) that confer long lasting immunization effects. and multi subunit proteins (e. g., ion channels) are key targets of drug discovery. Mapping epitopes on these targets can be challenging because of the difficulty in expressing and purifying these complex proteins. Membrane proteins frequently have short antigenic regions (epitopes) that fold correctly only when in the context of a lipid bilayer. As a result, mAb epitopes on these membrane proteins are often conformational and, therefore, are more difficult to map. The ability to differentiate between antibodies is particularly important when patenting antibodies against well validated therapeutic targets (e. g., PD1 and CD20) that can be drugged by multiple competing antibodies. In addition to verifying antibody patentability, epitope mapping data have been used to support broad antibody claims submitted to the United States Patent and Trademark Office.