Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Термус термофилус – грам-теріс бактерия, ол биотехнологиялық қолдануда кеңінен қолданылады, соның ішінде генетикалық манипуляция, құрылымдық геномика және жүйелік биология салаларында үлгілік организм ретінде. Бұл бактерия өте термофильді, оның оптималды өсу температурасы шамамен ... Термус термофилус алғаш рет Тайро Осима және Казутомо Имахори Японның Идзу аймағындағы ыстық бұлақтағы жылулық жерден оқшауланған. Организм термогендік фазадағы компостың органикалық материалдарын ыдыратуда да маңызды рөл атқаратыны анықталды. T. thermophilus бірнеше штаммға бөлінеді, олардың ішінде HB8 және HB27 зертханалық жағдайда ең көп қолданылады. Осы штаммдардың геномдық талдауы 2004 жылы жеке-жеке аяқталды. Термуста бүгінгі күнге дейін белгілі ең жоғары табиғи трансформация жиілігі байқалады.
Species of bacterium
Thermus thermophilus is a Gram negative bacterium used in a range of biotechnological applications, including as a model organism for genetic manipulation, structural genomics, and systems biology. The bacterium is extremely thermophilic, with an optimal growth temperature of about Thermus thermophilus was originally isolated from a thermal vent within a hot spring in Izu, Japan by Tairo Oshima and Kazutomo Imahori. The organism has also been found to be important in the degradation of organic materials in the thermogenic phase of composting. T. thermophilus is classified into several strains, of which HB8 and HB27 are the most commonly used in laboratory environments. Genome analyses of these strains were independently completed in 2004. Thermus also displays the highest frequencies of natural transformation known to date.
Ұяшық құрылымы
Термус термофилус – фосфолипидтер мен липополисахаридтерден тұратын сыртқы мембранасы бар грам-негативтік бактерия. Бұл бактерияда сондай-ақ жұқа пептидогликан (муреин деп те аталады) қабаты бар, және бұл қабатта муреин қабатының жалпы мөлшерінің 85%-дан астамын құрайтын 29 муропептид кездеседі. Бұл бактерияның муреин қабатында Ala, Glu, Gly, Orn, N-ацетилглюкозамин және N-ацетилмурамик бар екені анықталды. Бұл муреин қабатының тағы бір ерекшелігі – N-терминалды Gly фенилацетил қышқылымен алмастырылған. Бұл бактериялық жасушалардың муреинінде фенилацетил қышқылының табылуының алғашқы мысалы. Осы муреин қабатының құрамы және пептидтік байланыстары грам-оң бактерияларға тән, бірақ гликандар тізбегінің мөлшері, байланыс дәрежесі және ұзындығы осы бактерияға грам-негативтік қасиеттер береді.
Thermus thermophilus is a Gram negative bacterium with an outer membrane that is composed of phospholipids and lipopolysaccharides. This bacterium also has a thin peptidoglycan (also known as murein) layer, in this layer there are 29 muropeptides which account for more than 85% of the total murein layer. The presence of Ala, Glu, Gly, Orn, N acetyl glucosamine and N acetylmuramic were found in the murein layer of this bacterium. Another unique feature of this murein layer is that the N terminal Gly is substituted with phenylacetic acid. This is the first instance of phenylacetic acid found in the murein of bacterial cells. The composition and peptide cross bridges found in this murein layer are typical of Gram positive bacterium, but the amount, the degree of the cross linkage and length of the glycan chain gives this bacterium its Gram negative properties.
Тіршілік ету механизмдері
Термус термофилус алғаш рет Жапониядағы термальды қайнардан табылған. Бұл бактериялар геотермальды орталардың әртүрлі түрлерінде кездеседі. Бұл термофилдерге жоғары температурада ДНК тұрақсыз болатындықтан, күрделі ДНК жөндеу жүйесі қажет. Бұл бактерияның ГК-мазмұны шамамен 69% құрайды, бұл оның геномының термотұрақтылығына әсер етеді.
Thermus thermophilus was originally found within a thermal vent in Japan. These bacteria can be found in a variety of geothermal environments. These Thermophiles require a more stringent DNA repair system, as DNA becomes unstable at high temperatures. The GC content of this bacterium is about 69%, this contributes to the thermostability of this bacterium's genome.
Шеттер
Зертханалық жағдайда ең көп қолданылатын екі штамм – HB27 және HB8. HB27 штаммы аэробалық немесе анаэробты ортада тіршілік ете алады. Оның геномы негізгі хромосомадан (1,89 Мб ұзындығы) және pTT27 (0,23 Мб ұзындығы) деп аталатын мегаплазмидтен тұрады. HB27 хромосомасында 1968 белокты кодтайтын ген бар, олардың 20%-ының функциясы белгісіз. Мегаплазмидте 230 ақуызды кодтайтын гендер бар, олардың 39%-ының функциясы белгісіз. HB8 штаммы да аэробалық организм және жүйелік биология үшін моделі болып табылады. Оның геномы плазмидтен (pTT8, 9,3 кб ұзындығы), хромосомадан (1,85 Мб) және мегаплазмидтен (pTT27, 0,26 Мб) тұрады. Бұл штамм полиплоидты организм екені анықталды, оның хромосомасы мен мегаплазмидісінің көшірме саны шамамен төрт-беске жетеді. Бұл фермент GC-ға қатысты мақсаттарды күшейтуге және шикі үлгілерде пайдалы. Оны ПТР, РТ-ПТР және праймерді кеңейту қолданыстарында қолдануға болады. Бұл полимераза клиникалық үлгілердегі ДНК полимераза ингибиторларына төзімді екені көрсетілді, сонымен қатар ол ингибиторлардың қатысуында РНК-ны анықтауға қабілетті. Ингибиторлардың әсерімен, ол РНК-ны ДНК-ны анықтау қабілетімен салыстырылатын деңгейде анықтай алады.
The two most widely used strains in laboratory settings are HB27 and HB8. The strain HB27 is capable of living in an aerobic or anaerobic environment. It has a genome that consists of a main chromosome (1.89Mb long), as well as a megaplasmid, known as pTT27 (0.23Mb long). The chromosome of HB27 contains 1,968 protein coding genes, with 20% of these genes having no known function. While the megaplasmid contains 230 protein coding genes, about 39% of these genes have no known function. The strain HB8 is also an aerobic organism and is a model organism for systems biology. It has a genome consisting of a plasmid, known as pTT8 (9.3kb long), that is coupled with a chromosome (1.85Mb), as well as a megaplasmid, also known as pTT27 (0.26Mb). This strain was found to be a polyploid organism, with a chromosome and megaplasmid copy number of about four to five. This enzyme is beneficial for amplification of GC rich targets and for crude samples. It can be used in applications of PCR, RT PCR and also primer extension. This polymerase has been shown to be resistant to DNA polymerase inhibitors present in clinical samples, it also has the capacity to detect RNA in the presence of inhibitors. Under the presence of inhibitors, it was shown to detect this RNA at a comparable level with its capacity to detect DNA.