Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Genevestigator - гендік экспрессияның дерекқоры және деректерді талдау құралдарынан тұратын қосымша. Ол негізгі микромассивтер мен RNAseq, сондай-ақ бір жасушалық РНК тізбектеу деректерінің түріне қарай, биомедициналық және өсімдік екі нұсқада қолжетімді. Ол 2004 жылдың қаңтарында Цюрихтегі ЭТХ ғалымдары тарапынан басталып, қазіргі уақытта Nebion AG компаниясымен әзірленуде және коммерцияландырылуда. Академиялық және өнеркәсіптік зерттеушілер оны жаңа дәрілік мақсаттар мен биомаркерлерді анықтау, сипаттау және растау, тиісті зерттеу модельдерін табу және гендік экспрессияның әртүрлі емдеулерге байланысты қалай өзгеретінін түсіну үшін пайдаланады.
Genevestigator is an application consisting of a gene expression database and tools to analyse the data. It exists in two versions, biomedical and plant, depending on the species of the underlying microarray and RNAseq as well as single cell RNA sequencing data. It was started in January 2004 by scientists from ETH Zurich and is currently developed and commercialized by Nebion AG. Researchers and scientists from academia and industry use it to identify, characterize and validate novel drug targets and biomarkers, identify appropriate research models and in general to understand how gene expression changes with different treatments.
Гендік экспрессия дерекқоры
Genevestigator деректер қоры GEO, Array Express және TCGA сияқты танымал қатерлі ісік зерттеу жобаларымен қатар көптеген қоғамдық деректер қоймаларынан алынған транскриптомдық деректерді қамтиды. Лицензиялық келісімге байланысты, жеке гендік экспрессия зерттеулерінен алынған деректер де болуы мүмкін. Барлық деректер қолмен жинақталып, сапасы бақыланады және ғылыми жарияланымдардан алынған үлгілер мен эксперименттердің толық сипаттамаларымен байытылады. Үлгілер алынған түрлердің саны үздіксіз өсіп келеді. Қазіргі уақытта биомедициналық нұсқада биомедициналық зерттеулерде қолданылатын адам, егеуқұйрық және елік деректері бар. Гендік экспрессия зерттеулері онкология, иммунология, неврология, дерматология және жүрек-қан тамырлары аурулары сияқты әртүрлі зерттеу салаларын қамтиды. Үлгілерге тіндік биопсиялар және жасуша желілері кіреді. Өсімдік нұсқасы (қазір қолжетімсіз) арабидопсис және медикаго сияқты кеңінен қолданылатын модельдік түрлерді, сондай-ақ жүгері, күріш, бидай және соя сияқты маңызды егістік дақылдарды қамтыды. 2021 жылдың шілдесінде Immunai Inc. компаниясы Nebion AG компаниясын сатып алғаннан кейін, биотехнологиялық компания биофармацевтикалық деректерге басымдық бергендіктен, өсімдік деректері кезең-кезеңмен тоқтатыла бастады. 2023 жылдан бастап, Genevestigator өсімдік нұсқасына лицензиясы бар қолданушылар үшін өсімдік деректері жеке серверде сақталады.
The Genevestigator database comprises transciptomic data from numerous public repositories including GEO, Array Express and renowned cancer research projects as TCGA. Depending on the license agreement, it may also contain data from private gene expression studies. All data are manually curated, quality controlled and enriched for sample and experiment descriptions derived from corresponding scientific publications. The number of species from where the samples are derived is constantly increasing. Currently, the biomedical version contains data from human, mouse, and rat used in biomedical research. Gene expression studies are from various research areas including oncology, immunology, neurology, dermatology and cardiovascular diseases. Samples comprise tissue biopsies and cell lines. The plant version (no longer available) contained both, widely used model species such as arabidopsis and medicago as well as major crop species such as maize, rice, wheat and soybean. After the acquisition of Nebion AG by Immunai Inc. in July 2021, plant data began to be phased out as the biotech company prioritized their focus on biopharma data. As of 2023, the plant data is being maintained on a separate server for remaining users with a license to the plant version of Genevestigator.