Genevestigator: База данных экспрессии генов для биомедицинских исследований
Genevestigator
Genevestigator: база данных экспрессии генов и инструменты анализа для биомедицинских и растительных исследований. Поиск биомаркеров и мишеней для лекарств.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Genevestigator — это приложение, состоящее из базы данных экспрессии генов и инструментов для анализа данных. Оно представлено в двух версиях — биомедицинской и растительной, в зависимости от вида организма, для которого получены данные микромассивов и RNA-seq, а также секвенирования РНК отдельных клеток. Разработка Genevestigator началась в январе 2004 года учеными из ETH Zurich, а в настоящее время он разрабатывается и коммерциализируется компанией Nebion AG. Исследователи из академических и промышленных организаций используют его для идентификации, характеристики и валидации новых мишеней для лекарств и биомаркеров, выбора подходящих моделей для исследований и, в целом, для понимания изменений в экспрессии генов под воздействием различных методов лечения.
Genevestigator is an application consisting of a gene expression database and tools to analyse the data. It exists in two versions, biomedical and plant, depending on the species of the underlying microarray and RNAseq as well as single cell RNA sequencing data. It was started in January 2004 by scientists from ETH Zurich and is currently developed and commercialized by Nebion AG. Researchers and scientists from academia and industry use it to identify, characterize and validate novel drug targets and biomarkers, identify appropriate research models and in general to understand how gene expression changes with different treatments.
База данных экспрессии генов
База данных Genevestigator содержит транскриптомические данные из многочисленных общедоступных репозиториев, включая GEO, ArrayExpress и известные проекты по исследованию рака, такие как TCGA. В зависимости от лицензионного соглашения, она может также включать данные из частных исследований экспрессии генов. Все данные проходят ручную курацию, контроль качества и дополняются описаниями образцов и экспериментов, полученными из соответствующих научных публикаций. Количество видов, из которых получены образцы, постоянно растет. В настоящее время биомедицинская версия содержит данные человека, мыши и крысы, используемые в биомедицинских исследованиях. Исследования экспрессии генов охватывают различные области, включая онкологию, иммунологию, неврологию, дерматологию и сердечно-сосудистые заболевания. Образцы включают биопсии тканей и клеточные линии. Растительная версия (в настоящее время недоступна) содержала как широко используемые модельные виды, такие как Arabidopsis и Medicago, так и важные сельскохозяйственные культуры, такие как кукуруза, рис, пшеница и соя. После приобретения Nebion AG компанией Immunai Inc. в июле 2021 года данные о растениях начали постепенно выводиться из эксплуатации, поскольку биотехнологическая компания сосредоточила свои усилия на данных в области биофармацевтики. По состоянию на 2023 год данные о растениях поддерживаются на отдельном сервере для оставшихся пользователей, имеющих лицензию на растительную версию Genevestigator.
The Genevestigator database comprises transciptomic data from numerous public repositories including GEO, Array Express and renowned cancer research projects as TCGA. Depending on the license agreement, it may also contain data from private gene expression studies. All data are manually curated, quality controlled and enriched for sample and experiment descriptions derived from corresponding scientific publications. The number of species from where the samples are derived is constantly increasing. Currently, the biomedical version contains data from human, mouse, and rat used in biomedical research. Gene expression studies are from various research areas including oncology, immunology, neurology, dermatology and cardiovascular diseases. Samples comprise tissue biopsies and cell lines. The plant version (no longer available) contained both, widely used model species such as arabidopsis and medicago as well as major crop species such as maize, rice, wheat and soybean. After the acquisition of Nebion AG by Immunai Inc. in July 2021, plant data began to be phased out as the biotech company prioritized their focus on biopharma data. As of 2023, the plant data is being maintained on a separate server for remaining users with a license to the plant version of Genevestigator.