Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Химиялық нөмірлеу жүйесі
Chemical numbering scheme
Энзимдер комиссиясының нөмірі (ЭК нөмірі) – ферменттерді олар катализдейтін химиялық реакцияларға негізделген сандық жіктеу жүйесі. Ферменттер номенклатурасы ретінде, әрбір ЭК нөмірі сәйкес фермент катализдейтін реакцияның ұсынылған атауымен байланысты. ЭК нөмірлері ферменттерді емес, фермент катализдейтін реакцияларды көрсетеді. Егер әртүрлі ферменттер (мысалы, әртүрлі организмдерден) бірдей реакцияны катализдейтін болса, олар бірдей ЭК нөмірін алады. Бұдан әрі, конвергентті эволюция нәтижесінде, мүлдем басқа ақуыз құрылымдары бірдей реакцияны катализдей алады (олар кейде гомолог емес изофункционалды ферменттер деп аталады) және оларға бірдей ЭК нөмірі тағайындалады. Керісінше, UniProt идентификаторы ақуызды оның аминқышқылдық тізбегі арқылы бірегей анықтайды.
The Enzyme Commission number (EC number) is a numerical classification scheme for enzymes, based on the chemical reactions they catalyze. As a system of enzyme nomenclature, every EC number is associated with a recommended name for the corresponding enzyme catalyzed reaction. EC numbers do not specify enzymes but enzyme catalyzed reactions. If different enzymes (for instance from different organisms) catalyze the same reaction, then they receive the same EC number. Furthermore, through convergent evolution, completely different protein folds can catalyze an identical reaction (these are sometimes called non homologous isofunctional enzymes) and therefore would be assigned the same EC number. By contrast, UniProt identifiers uniquely specify a protein by its amino acid sequence.
Реакциялардың ұқсастығы
Энзималық реакциялардың ұқсастығын байланыс өзгерістерін, реакция орталықтарын немесе субструктуралық метрикаларды (бұрын EC BLAST деп аталған, қазір EMBL EBI Enzyme Portal) қолдану арқылы есептеуге болады.
Similarity between enzymatic reactions can be calculated by using bond changes, reaction centres or substructure metrics (formerly EC BLAST], now the EMBL EBI Enzyme Portal).
Тарих
ЕО нөмірлеу жүйесін әзірлеуге дейін ферменттер кездейсоқ аталатын, ал «ескі сары фермент» және «алма қышқылы ферменті» сияқты атаулар катализделген реакция туралы аз немесе ешқандай ақпарат бермейтін. Мұндай атаулардың көпшілігі қолданыстан шықты, бірақ кейбіреулері, әсіресе, өте төмен ерекшелікке ие протеолиттік ферменттер, мысалы, пепсин және папаин, әлі де қолданылуда, себебі ерекшелік негізінде рационалды жіктеу өте қиын болды. 1950 жылдары жағдай шыдайсыз болып кетті, Хоффман Остенхоф және Диксон мен Уэбб ферменттер катализдейтін реакцияларды жіктеу үшін шамамен ұқсас схемалар ұсынғаннан кейін, 1955 жылы Брюссельде өткен Халықаралық биохимия конгресі Малкольм Диксон төрағалығымен Ферменттер жөніндегі комиссияны құрды. Алғашқы нұсқа 1961 жылы жарияланды, содан кейін Ферменттер комиссиясы таратылды, бірақ оның атауы «ЕО нөмірі» терминінде сақталды. 1992 жылы Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағы баспа түрінде шығарған соңғы, алтыншы басылымда 3196 түрлі фермент тізімделген. 1993–1999 жылдары 4 қосымша жарияланды. Ал кейінгі қосымшалар Халықаралық биохимия және молекулалық биология одағының Номенклатура комитетінің веб-сайтында электрондық түрде жарияланды.
Before the development of the EC number system, enzymes were named in an arbitrary fashion, and names like old yellow enzyme and malic enzyme that give little or no clue as to what reaction was catalyzed were in common use. Most of these names have fallen into disuse, though a few, especially proteolyic enzymes with very low specificity, such as pepsin and papain, are still used, as rational classification on the basis of specificity has been very difficult. By the 1950s the chaos was becoming intolerable, and after Hoffman Ostenhof and Dixon and Webb had proposed somewhat similar schemes for classifying enzyme catalyzed reactions, the International Congress of Biochemistry in Brussels set up the Commission on Enzymes under the chairmanship of Malcolm Dixon in 1955. The first version was published in 1961, and the Enzyme Commission was dissolved at that time, though its name lives on in the term EC Number. The current sixth edition, published by the International Union of Biochemistry and Molecular Biology in 1992 as the last version published as a printed book, contains 3196 different enzymes. Supplements 1 4 were published 1993–1999. Subsequent supplements have been published electronically, at the website of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology.