Номера EC – классификация ферментов по катализируемым реакциям. Не идентифицируют сами ферменты, а реакции. Разные ферменты = один EC номер. SEO-оптимизация.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Система химической нумерации
Chemical numbering scheme
Номер Комиссии по ферментам (номер EC) – это числовая система классификации ферментов, основанная на химических реакциях, которые они катализируют. Как система ферментной номенклатуры, каждый номер EC связан с рекомендованным названием соответствующей реакции, катализируемой ферментом. Номера EC идентифицируют не ферменты, а реакции, катализируемые ферментами. Если различные ферменты (например, из разных организмов) катализируют одну и ту же реакцию, то им присваивается один и тот же номер EC. Более того, в результате конвергентной эволюции, совершенно различные структуры белка могут катализировать идентичную реакцию (такие ферменты иногда называют не гомологичными изофункциональными ферментами) и, следовательно, им будет присвоен один и тот же номер EC. В отличие от этого, идентификаторы UniProt однозначно определяют белок по его аминокислотной последовательности.
The Enzyme Commission number (EC number) is a numerical classification scheme for enzymes, based on the chemical reactions they catalyze. As a system of enzyme nomenclature, every EC number is associated with a recommended name for the corresponding enzyme catalyzed reaction. EC numbers do not specify enzymes but enzyme catalyzed reactions. If different enzymes (for instance from different organisms) catalyze the same reaction, then they receive the same EC number. Furthermore, through convergent evolution, completely different protein folds can catalyze an identical reaction (these are sometimes called non homologous isofunctional enzymes) and therefore would be assigned the same EC number. By contrast, UniProt identifiers uniquely specify a protein by its amino acid sequence.
Сходство реакций
Сходство между ферментативными реакциями может быть рассчитано на основе изменений связей, реакционных центров или метрик субструктуры (ранее EC BLAST, а теперь – портал EMBL EBI Enzyme Portal).
Similarity between enzymatic reactions can be calculated by using bond changes, reaction centres or substructure metrics (formerly EC BLAST], now the EMBL EBI Enzyme Portal).
История
До разработки системы EC-номеров ферменты назывались произвольно, и такие названия, как «старый жёлтый фермент» и «яблочнокислый фермент», которые мало что или вовсе не указывали на катализируемую реакцию, были широко распространены. Большинство этих названий вышли из употребления, хотя некоторые, особенно протеолитические ферменты с очень низкой специфичностью, такие как пепсин и папаин, всё ещё используются, поскольку рациональная классификация на основе специфичности оказалась очень сложной задачей. К 1950-м годам ситуация становилась невыносимой, и после того как Хоффман-Остенхоф, а также Диксон и Уэбб предложили схожие схемы классификации ферментативно-катализируемых реакций, Международный конгресс биохимии в Брюсселе в 1955 году учредил Комиссию по ферментам под председательством Малкольма Диксона. Первая редакция была опубликована в 1961 году, и в то же время Комиссия по ферментам была распущена, хотя её название сохранилось в термине «EC-номер». Текущее шестое издание, опубликованное Международным союзом биохимии и молекулярной биологии в 1992 году как последняя версия, изданная в виде печатной книги, содержит 3196 различных ферментов. Дополнения 1–4 были опубликованы в 1993–1999 годах. Последующие дополнения публикуются в электронном виде на веб-сайте Номенклатурного комитета Международного союза биохимии и молекулярной биологии.
Before the development of the EC number system, enzymes were named in an arbitrary fashion, and names like old yellow enzyme and malic enzyme that give little or no clue as to what reaction was catalyzed were in common use. Most of these names have fallen into disuse, though a few, especially proteolyic enzymes with very low specificity, such as pepsin and papain, are still used, as rational classification on the basis of specificity has been very difficult. By the 1950s the chaos was becoming intolerable, and after Hoffman Ostenhof and Dixon and Webb had proposed somewhat similar schemes for classifying enzyme catalyzed reactions, the International Congress of Biochemistry in Brussels set up the Commission on Enzymes under the chairmanship of Malcolm Dixon in 1955. The first version was published in 1961, and the Enzyme Commission was dissolved at that time, though its name lives on in the term EC Number. The current sixth edition, published by the International Union of Biochemistry and Molecular Biology in 1992 as the last version published as a printed book, contains 3196 different enzymes. Supplements 1 4 were published 1993–1999. Subsequent supplements have been published electronically, at the website of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology.