Введение

Нить ДНК с такой же последовательностью оснований, как и транскрипт мРНК.

Применительно к транскрипции ДНК, кодирующая (или информационная) нить – это нить ДНК, последовательность оснований которой идентична последовательности оснований полученного РНК-транскрипта (хотя тимин в нём заменён на урацил). Именно эта нить содержит кодоны, а некодирующая нить – антикодоны. Во время транскрипции РНК-полимераза II связывается с некодирующей матричной нитью, считывает антикодоны и транскрибирует их последовательность для синтеза РНК-транскрипта с комплементарными основаниями. По соглашению, кодирующая нить используется при отображении последовательности ДНК. Она представлена в направлении 5'–3'. В любом месте гена в молекуле ДНК одна нить является кодирующей (или смысловой), а другая – некодирующей (также называемой антисмысловой, антикодирующей, матричной или транскрибируемой нитью).

Нити в пузыре транскрипции

Во время транскрипции РНК-полимераза раскручивает короткий участок двойной спирали ДНК вблизи начала гена (сайта начала транскрипции). Этот раскрученный участок известен как пузырь транскрипции. РНК-полимераза, и вместе с ней пузырь транскрипции, перемещается вдоль некодирующей цепи в противоположном, от 3' к 5', направлении, одновременно полимеризуя вновь синтезированную цепь в направлении от 5' к 3' или по направлению к концу 3'. Двойная спираль ДНК скручивается обратно РНК-полимеразой позади пузыря транскрипции.

РНК-ДНК гибрид

Там, где спираль раскручивается, кодирующая цепь состоит из неспаренных оснований, а матричная цепь – из РНК:ДНК-гибрида, за которым следует некоторое количество неспаренных оснований сзади. Этот гибрид состоит из самых последних добавленных нуклеотидов РНК-транскрипта, комплементарно спаренных с матричной цепью. Количество пар оснований в гибриде изучается, но предполагается, что гибрид формируется из последних 10 добавленных нуклеотидов.