Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Класс ферментов, способных образовывать связи между молекулами – общие лигазы.
Class of enzymes that can form bonds between molecules
general ligases
В биохимии лигаза – это фермент, который может катализировать соединение (лигацию) двух молекул путем образования новой химической связи. Обычно это происходит посредством гидролиза небольшой химической группы, присоединенной к одной из молекул, что приводит к образованию новых связей C–O, C–S или C–N. Например, ДНК-лигаза может соединять два комплементарных фрагмента нуклеиновой кислоты, формируя фосфодиэфирные связи, и восстанавливать одноцепочечные разрывы, возникающие в двухцепочечной ДНК во время репликации. В общем случае, лигаза катализирует следующую реакцию дегидратации, тем самым соединяя молекулы A и B:
In biochemistry, a ligase is an enzyme that can catalyze the joining (ligation) of two molecules by forming a new chemical bond. This is typically via hydrolysis of a small pendant chemical group on one of the molecules, typically resulting in the formation of new C O, C S, or C N bonds. For example, DNA ligase can join two complementary fragments of nucleic acid by forming phosphodiester bonds, and repair single stranded breaks that arise in double stranded DNA during replication. In general, a ligase catalyzes the following dehydration reaction, thus joining molecules A and B:
A–OH + B–H → A–B + H2O
A OH + B H → A–B + H2O
Номенклатура
Название лигаз непоследовательно, поэтому эти ферменты часто известны под несколькими различными названиями. Обычно в общепринятых названиях лигаз используется слово "лигаза", как, например, в случае ДНК-лигазы – фермента, широко применяемого в лабораториях молекулярной биологии для соединения фрагментов ДНК. Однако во многих общепринятых названиях вместо этого используется термин "синтетаза" или "синтаза", поскольку они применяются для синтеза новых молекул. Существуют также некоторые лигазы, использующие название "карбоксилаза" для обозначения того, что фермент специфически катализирует реакцию карбоксилирования. Важно отметить, что биохимическая номенклатура иногда различала синтетазы и синтазы, а иногда рассматривала эти слова как синонимы. Как правило, эти два термина используются взаимозаменяемо и оба используются для описания лигаз.
The naming of ligases is inconsistent and so these enzymes are commonly known by several different names. Generally, the common names of ligases include the word "ligase", such as in DNA ligase, an enzyme commonly used in molecular biology laboratories to join together DNA fragments. However, many common names use the term "synthetase" or "synthase" instead, because they are used to synthesize new molecules. There are also some ligases that use the name "carboxylase" to indicate that the enzyme specifically catalyzes a carboxylation reaction. To note: biochemical nomenclature has sometimes distinguished synthetases from synthases and sometimes treated the words as synonyms. Commonly, the two terms are used interchangeably and are both used to describe ligases.
Классификация
Лигазы классифицируются как EC 6 в классификации ферментов по номерам EC. Лигазы могут быть дополнительно классифицированы на шесть подклассов:
Ligases are classified as EC 6 in the EC number classification of enzymes. Ligases can be further classified into six subclasses:
EC 6.1 включает лигазы, используемые для образования углерод-кислородных связей.
EC 6.2 включает лигазы, используемые для образования углерод-серных связей.
EC 6.3 включает лигазы, используемые для образования углерод-азотных связей (включая аргининосукцинатсинтазу).
EC 6.4 включает лигазы, используемые для образования углерод-углеродных связей, такие как ацетил-КоА карбоксилаза.
EC 6.5 включает лигазы, используемые для образования фосфоэфирных связей, такие как ДНК-лигаза.
EC 6.6 включает лигазы, используемые для образования азот-металлических связей, как в хелатазах.
EC 6.1 includes ligases used to form carbon oxygen bonds
EC 6.2 includes ligases used to form carbon sulfur bonds
EC 6.3 includes ligases used to form carbon nitrogen bonds (including argininosuccinate synthetase)
EC 6.4 includes ligases used to form carbon carbon bonds, such as acetyl CoA carboxylase
EC 6.5 includes ligases used to form phosphoric ester bonds, such as DNA ligase
EC 6.6 includes ligases used to form nitrogen metal bonds, as in the chelatases
Мембранно-ассоциированные лигазы
Некоторые лигазы ассоциируются с биологическими мембранами как периферические мембранные белки или закрепляются посредством одной трансмембранной спирали, например, некоторые белки, родственные убиквитин-лигазам.
Some ligases associate with biological membranes as peripheral membrane proteins or anchored through a single transmembrane helix, for example certain ubiquitin ligase related proteins.
Этимология и произношение
Слово лигаза образовано от объединения форм «лига» (от латинского глагола ligāre, «связывать» или «соединять») и «аза» (обозначающей фермент), что дает «фермент, связывающий» или «фермент соединения».
The word ligase uses combining forms of lig (from the Latin verb ligāre, "to bind" or "to tie together") + ase (denoting an enzyme), yielding "binding enzyme".