Введение

Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) представляет собой совместные усилия по сбору и распространению баз данных, содержащих последовательности ДНК и РНК. В него входят следующие компьютеризированные базы данных: Банк данных ДНК NIG (Япония), GenBank NCBI (США) и Европейский архив нуклеотидов EMBL EBI (EMBL). Новые и обновленные данные о нуклеотидных последовательностях, предоставляемые исследовательскими группами в каждую из трех баз данных, синхронизируются ежедневно посредством непрерывного взаимодействия между сотрудниками участвующих организаций. Все данные INSDC доступны для свободного и неограниченного доступа для любых целей, без ограничений на анализ, перераспространение или повторную публикацию. Эта политика является основополагающим принципом INSDC с момента его создания. Официальное заявление о политике можно найти по адресу http://www.insdc.org/. С 1990-х годов большинство ведущих научных журналов мира требуют депонирования данных о последовательностях в базу данных INSDC в качестве обязательного условия для публикации. Синхронизация DDBJ/EMBL EBI/GenBank поддерживается в соответствии с рядом руководящих принципов, разработанных и опубликованных Международным консультативным советом. Эти руководящие принципы включают в себя общее определение таблиц признаков для баз данных, которые регулируют содержание и синтаксис записей в базах данных, в форме общего DTD (определения типа документа). Этот синтаксис называется INSDSeq, и его ядро составляют буквенная последовательность, представляющая экспрессию гена (аминокислотную последовательность), и буквенная последовательность нуклеотидных оснований в гене или декодированном сегменте. Операция DBFetch демонстрирует типичную запись INSD в базе данных EMBL EBI; та же запись в NCBI.