Уильям Кент: от компьютерной анимации к геному человека.
Jim Kent
Уильям Кент: американский ученый-программист, вклад в геномные проекты, разработчик Aegis Animator для Amiga. Лауреат премии Бенджамина Франклина (2003).
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Американский учёный-исследователь и программист Уильям Джеймс Кент (родился 10 февраля 1960 года) — американский учёный-исследователь и программист. Он внес вклад в проекты геномных баз данных и является лауреатом премии Бенджамина Франклина 2003 года.
American research scientist and computer programmer
William James Kent (born February 10, 1960) is an American research scientist and computer programmer. He has been a contributor to genome database projects and the 2003 winner of the Benjamin Franklin Award.
Ранние годы
Кент родился на Гавайях и вырос в Сан-Франциско, штат Калифорния, США.
Kent was born in Hawaii and grew up in San Francisco, California, United States.
Компьютерная анимация
Кент начал свою карьеру программиста в 1983 году в компании Island Graphics Inc., где он разработал программу Aegis Animator для домашнего компьютера Amiga. Эта программа объединяла полигональную интерполяцию в 3D с простой 2D покадровой анимацией. В 1985 году он основал и возглавил компанию по разработке программного обеспечения Dancing Flame, которая портировала Aegis Animator на Atari ST и создала Cyber Paint для этой платформы. Cyber Paint была 2D-программой для анимации, объединявшей широкий спектр функций анимации и рисования, а также формат дельта-компрессии анимации, разработанный для CAD 3D. Пользователь мог свободно перемещаться между кадрами анимации и произвольно рисовать, либо использовать различные инструменты анимации для автоматической интерполяции движения между кадрами. Cyber Paint была одной из первых, если не первой, потребительских программ, позволявших рисовать во времени в сжатом цифровом видеоформате. Позже он разработал аналогичную программу, Autodesk Animator для IBM PC и совместимых, где сжатие изображений было улучшено до такой степени, что стало возможным воспроизведение с жесткого диска, а рисование осуществлялось с помощью "кистей", выполнявших алгоритмические преобразования, такие как сглаживание, прозрачность и создание текстурных узоров. Autodesk Animator использовался для создания графики для широкого спектра видеоигр.
Kent began his programming career in 1983 with Island Graphics Inc. where he wrote the Aegis Animator program for the Amiga home computer. This program combined polygon tweening in 3D with simple 2D cel based animation. In 1985 he founded and ran a software company, Dancing Flame, which adapted the Aegis Animator to the Atari ST, and created Cyber Paint for that machine. Cyber Paint was a 2D animation program that brought together a wide variety of animation and paint functionality and the delta compressed animation format developed for CAD 3D. The user could move freely between animation frames and paint arbitrarily, or utilize various animation tools for automatic tweening movement across frames. Cyber Paint was one of the first, if not the first, consumer program that enabled the user to paint across time in a compressed digital video format. Later he developed a similar program, the Autodesk Animator for PC compatibles, where the image compression improved to the point it could play off of hard disk, and one could paint using "inks" that performed algorithmic transformations such as smoothing, transparency, and tiled patterns. The Autodesk Animator was used to create artwork for a wide variety of video games.
Участие в проекте генома человека
В 2000 году он написал программу GigAssembler, которая позволила финансируемому общественностью Проекту «Геном человека» собрать и опубликовать первую последовательность генома человека. Его усилия были мотивированы исследовательскими потребностями его самого и коллег, но также и опасениями, что компания Celera Genomics может запатентовать эти данные. В напряженной гонке с Celera, Кент и профессор Дэвид Хаусслер из UCSC быстро создали скромный кластер из 50 персональных компьютеров, работающих под управлением операционной системы Linux, для запуска программного обеспечения. В отличие от них, Celera использовала, как тогда считалось, один из самых мощных гражданских суперкомпьютеров в мире. Первая сборка генома человека, выполненная Кентом, была выпущена 22 июня. Celera завершила свою сборку три дня спустя, 25 июня, а об объединенных результатах было объявлено в Белом доме 26 июня. 7 июля 2000 года данные из Санта-Крус были опубликованы в World Wide Web, а исследовательская статья, описывающая этот геном, финансируемый государством, была опубликована в специальном февральском выпуске журнала Nature в 2001 году, одновременно с результатами Celera в журнале Science. В 2002 году Тим О’Рейли назвал работу Кента «самым значительным достижением в области разработки программного обеспечения с открытым исходным кодом за последний год». Хотя все геномное программное обеспечение Кента имеет открытый исходный код в том смысле, что исходный код можно свободно загружать и читать, и все программы можно свободно использовать в академических, некоммерческих и личных целях, для коммерческого использования некоторых из них требуется лицензия, выдаваемая либо UCSC, либо Kent Informatics Inc. После GigAssembler Кент разработал BLAT (инструмент выравнивания, подобный BLAST) и UCSC Genome Browser для анализа важных геномных данных. Кент продолжает работать в UCSC, в основном над веб-инструментами, помогающими понять геном человека. Он поддерживает и обновляет браузер, а также работал над сравнительной геномикой, Parasol – программным обеспечением для управления заданиями для килокластера UCSC, и проектом ENCODE.
In 2000, he wrote a program, GigAssembler, that allowed the publicly funded Human Genome Project to assemble and publish the first human genome sequence. His efforts were motivated by the research needs of himself and his colleagues, but also out of concern that the data might be made proprietary via patents by Celera Genomics. In their close race with Celera, Kent and the UCSC Professor David Haussler quickly built a modest cluster of 50 commodity personal computers running a Linux based operating system to run the software. In contrast, Celera was using what was thought then to be one of the most powerful civilian supercomputers in the world. Kent's first assembly on the human genome was released on June 22. Celera finished its assembly three days later on June 25, and the dual results were announced at the White House on June 26. On July 7, 2000, the Santa Cruz data was made publicly available on the World Wide Web while the research paper describing this publicly funded genome was published in February 2001 special issue of Nature, in parallel with Celera's results in the journal Science. In 2002 Tim O'Reilly described Kent's work as "the most significant work of open source development in the past year". While all of Kent's genomics software is open source in the sense that the source code can be downloaded and read for free, and all of the software can be freely used for academic, nonprofit, and personal use, some of it requires a license, either from UCSC or from Kent Informatics Inc., for commercial use. After GigAssembler, Kent went on to write BLAT (BLAST like alignment tool) and the UCSC Genome Browser to help analyze important genome data. Kent continues to work at UCSC primarily on web tools to help understand the human genome. He helps maintain and upgrade the browser, and has worked on comparative genomics, Parasol, a job control management software for the UCSC kilocluster, and the ENCODE Project.