Уильям Кент: Геномды зерттеуші және компьютер бағдарламашысы
Jim Kent
Уильям Кент – америкалық ғалым, компьютер бағдарламашысы, геномдық базаларға үлес қосып, 2003 ж. Бенджамин Франклин сыйлығын алған. Бағдарламалаумен 1983 жылдан бастап айналысады.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Уильям Джеймс Кент (1960 жылдың 10 ақпанында туған) – американдық зерттеуші ғалым және компьютер бағдарламашысы. Ол геномдық деректер базасы жобаларына үлес қосып, 2003 жылы Бенджамин Франклин сыйлығының иегері болды.
American research scientist and computer programmer
William James Kent (born February 10, 1960) is an American research scientist and computer programmer. He has been a contributor to genome database projects and the 2003 winner of the Benjamin Franklin Award.
Ерте өмір
Кент Гавайиде дүниеге келді және АҚШ-тың Калифорния штатындағы Сан-Францискода өсті.
Kent was born in Hawaii and grew up in San Francisco, California, United States.
Компьютерлік анимация
Кент 1983 жылы Island Graphics Inc. компаниясында бағдарламалаушылық карьерасын бастады, онда ол Amiga үй компьютері үшін Aegis Animator бағдарламасын жазды. Бұл бағдарлама 3D-де көпбұрыштардың аралық кадрларын (tweening) қарапайым 2D-ге негізделген анимациямен үйлестірді. 1985 жылы ол Dancing Flame бағдарламалық қамтамасыз ету компаниясын құрып, басқарды, ол Aegis Animator-ді Atari ST-ге бейімдеп, сондай-ақ сол машина үшін Cyber Paint-ті жасады. Cyber Paint – әртүрлі анимациялық және бояу мүмкіндіктерін, сондай-ақ CAD 3D үшін жасалған дельталық сығылған анимациялық форматты біріктірген 2D анимациялық бағдарлама. Пайдаланушы анимация кадрлары арасында еркін қозғалып, кез келген нәрсені бояуға немесе кадрлар арасындағы қозғалысты автоматты түрде жасау үшін әртүрлі анимациялық құралдарды пайдалана алатын. Cyber Paint – пайдаланушыға үзілген цифрлық бейне форматында уақыт бойынша бояуға мүмкіндік берген тұңғыш, немесе бірінші тұтынушы бағдарламасының бірі. Кейін ол PC үйлесімді компьютерлер үшін Autodesk Animator сияқты бағдарламаны жасады, онда кескіннің сығылымы қатты дискіде ойнатуға жететіндей жақсартылды, ал пайдаланушылар "жұқа бояулар" (inks) арқылы бояу жасап, тегістеу, мөлдірлік және плиткалы үлгілер сияқты алгоритмдік түрлендірулерді қолдана алатын. Autodesk Animator көптеген бейне ойындарға арналған көркем суреттер жасау үшін пайдаланылды.
Kent began his programming career in 1983 with Island Graphics Inc. where he wrote the Aegis Animator program for the Amiga home computer. This program combined polygon tweening in 3D with simple 2D cel based animation. In 1985 he founded and ran a software company, Dancing Flame, which adapted the Aegis Animator to the Atari ST, and created Cyber Paint for that machine. Cyber Paint was a 2D animation program that brought together a wide variety of animation and paint functionality and the delta compressed animation format developed for CAD 3D. The user could move freely between animation frames and paint arbitrarily, or utilize various animation tools for automatic tweening movement across frames. Cyber Paint was one of the first, if not the first, consumer program that enabled the user to paint across time in a compressed digital video format. Later he developed a similar program, the Autodesk Animator for PC compatibles, where the image compression improved to the point it could play off of hard disk, and one could paint using "inks" that performed algorithmic transformations such as smoothing, transparency, and tiled patterns. The Autodesk Animator was used to create artwork for a wide variety of video games.
Адам геномы жобасына қатысу
2000 жылы ол GigAssembler атты бағдарлама жазды, бұл мемлекеттік қаржыландырылатын Адам геном жобасына алғашқы адам геномдық тізбесін құрастырып, жариялауға мүмкіндік берді. Оның күш-жігерін өзінің және әріптестерінің зерттеу қажеттіліктері, сондай-ақ Celera Genomics компаниясының патенттер арқылы деректерді жеке меншікке айналдыруы мүмкін деген алаңдаушылық тудырды. Celera компаниясымен шарықатты жарыста Кент пен UCSC профессоры Дэвид Хауслер бағдарламалық жасақтаманы іске қосу үшін Linux операциялық жүйесінде жұмыс істейтін 50 қарапайым дербес компьютерден тұратын шағын кластерді жылдам құрды. Ал Celera сол кездегі әлемдегі ең қуатты суперкомпьютерлердің бірі деп есептелгенін пайдаланды. Кенттің адам геномдық тізбесінің алғашқы құрастырылуы 22 маусымда жарияланды. Celera үш күннен кейін, 25 маусымда өз құрастырылуын аяқтады, ал екі тараптың да нәтижелері 26 маусымда Ақ үйден жарияланды. 2000 жылдың 7 шілдесінде Санта-Круз деректері World Wide Web желісінде көпшілікке қолжетімді болды, ал осы мемлекеттік қаржыландырылған геномды сипаттайтын ғылыми мақала 2001 жылдың ақпан айында Nature журналының арнайы санында, Celera-ның нәтижелерімен бірге Science журналында жарияланды. 2002 жылы Тим О'Райли Кенттің жұмысын «өткен жылғы ашық кодты дамытудың ең маңызды жұмысы» деп сипаттады. Кенттің геномикалық бағдарламалық жасақтамасының бәрі ашық кодты болып табылады, яғни бастапқы кодты тегін жүктеуге және оқуға болады, сонымен қатар барлық бағдарламалық жасақтаманы академиялық, коммерциялық емес және жеке мақсаттарда пайдалануға болады, бірақ коммерциялық пайдалану үшін кейбіреулеріне UCSC немесе Kent Informatics Inc. компаниясынан лицензия қажет. GigAssembler-ден кейін Кент BLAT (BLAST-қа ұқсас сәйкестендіру құралы) және UCSC геномдық шолғышын маңызды геномдық деректерді талдауға көмектесу үшін жазды. Кент UCSC-де негізінен адам геномын түсінуге көмектесетін веб-құралдар бойынша жұмысын жалғастыруда. Ол шолғышты күтіп-ұстауға және жаңартуға көмектеседі, сондай-ақ салыстырмалы геномика, Parasol (UCSC килокластері үшін жұмыс басқару бағдарламалық жасақтамасы) және ENCODE жобасы бойынша жұмыс істеді.
In 2000, he wrote a program, GigAssembler, that allowed the publicly funded Human Genome Project to assemble and publish the first human genome sequence. His efforts were motivated by the research needs of himself and his colleagues, but also out of concern that the data might be made proprietary via patents by Celera Genomics. In their close race with Celera, Kent and the UCSC Professor David Haussler quickly built a modest cluster of 50 commodity personal computers running a Linux based operating system to run the software. In contrast, Celera was using what was thought then to be one of the most powerful civilian supercomputers in the world. Kent's first assembly on the human genome was released on June 22. Celera finished its assembly three days later on June 25, and the dual results were announced at the White House on June 26. On July 7, 2000, the Santa Cruz data was made publicly available on the World Wide Web while the research paper describing this publicly funded genome was published in February 2001 special issue of Nature, in parallel with Celera's results in the journal Science. In 2002 Tim O'Reilly described Kent's work as "the most significant work of open source development in the past year". While all of Kent's genomics software is open source in the sense that the source code can be downloaded and read for free, and all of the software can be freely used for academic, nonprofit, and personal use, some of it requires a license, either from UCSC or from Kent Informatics Inc., for commercial use. After GigAssembler, Kent went on to write BLAT (BLAST like alignment tool) and the UCSC Genome Browser to help analyze important genome data. Kent continues to work at UCSC primarily on web tools to help understand the human genome. He helps maintain and upgrade the browser, and has worked on comparative genomics, Parasol, a job control management software for the UCSC kilocluster, and the ENCODE Project.