Нуклеаза мунг-боба: специфическое расщепление одноцепочечных ДНК и РНК
Mung bean nuclease
Нуклеаза мунг боба: фермент для разделения одно- и двухцепочечных ДНК/РНК. Применение в биотехнологиях, транскрипт-мэппинге, удалении одноцепочечных фрагментов.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Фермент, используемый для различения одно- и двухцепочечной ДНК и РНК.
Enzyme used to distinguish between single and double stranded DNA and RNA
Нуклеаза бобов мунг (Nuclease MB) – это нуклеаза, выделенная из проростков бобов мунг (Vigna radiata), которая поэтапно удаляет нуклеотиды из одноцепочечных молекул ДНК (ssDNA) и используется в биотехнологических приложениях для удаления такой ssDNA из смеси, также содержащей двухцепочечную ДНК (dsDNA). Этот фермент полезен для картирования транскриптов, удаления одноцепочечных участков в гибридах ДНК или одноцепочечных концов, образованных рестрикционными ферментами, и т.д. Он обладает активностью, аналогичной нуклеазе S1 (оба фермента имеют код EC 3.1.30.1), но проявляет более высокую специфичность к одноцепочечным молекулам. Фермент расщепляет одноцепочечную ДНК или РНК до нуклеозидных 5'-монофосфатов, но не переваривает двухцепочечную ДНК, двухцепочечную РНК или гибриды ДНК/РНК. Нуклеаза бобов мунг катализирует специфическое разложение одноцепочечной ДНК или РНК, образуя моно- и олигонуклеотиды с 5'-фосфатным концом. Нуклеаза бобов мунг обладает строгой специфичностью к одноцепочечной ДНК или РНК. Молекулярная масса нуклеазы бобов мунг, оцененная методом SDS-PAGE, составляет 39 кДа. Это гликопротеин, 29% массы которого составляют сахара. По состоянию на 2019 год специфический ген, кодирующий этот белок, не известен, и все производство основано на процессе очистки проростков бобов, используемом с 1980 года. Известны некоторые данные о его структуре, включая наличие одного доступного остатка цистеина и трех пар дисульфидных связей. Также известен его аминокислотный состав.
Mung bean nuclease (Nuclease MB) is a nuclease derived from sprouts of the mung bean (Vigna radiata) that removes nucleotides in a step wise manner from single stranded DNA molecules (ssDNA) and is used in biotechnological applications to remove such ssDNA from a mixture also containing double stranded DNA (dsDNA). This enzyme is useful for transcript mapping, removal of single stranded regions in DNA hybrids or single stranded overhangs produced by restriction enzymes, etc. It has an activity similar to Nuclease S1 (both are EC 3.1.30.1), but it has higher specificity for single stranded molecules. The enzyme degrades single stranded DNA or RNA to nucleoside 5’ monophosphates, but does not digest double stranded DNA, double stranded RNA, or DNA / RNA hybrids. Mung Bean Nuclease catalyzes the specific degradation of single stranded DNA or RNA, and produces mono and oligonucleotides carrying a 5′ P terminus. Mung bean nuclease has a stringent single stranded specificity for DNA or RNA. Mung bean nuclease has an estimated molecular weight of 39 kDa by SDS PAGE. A glycoprotein, 29% of this mass is sugars. as of 2019, the specific gene encoding for this protein is unknown, and all production relies on a purification process on bean sprouts from 1980. Some is known about its structure, with one exposed Cysteine residue and 3 pairs of disulfide bonds. Some is known about its amino acid composition.
Требования
Нуклеаза из бобов мунг требует Zn2+. Добавление ЭДТА или СДС вызывает необратимую инактивацию. Нуклеаза бобов мунг не активна при pH ниже 4,6 и при низкой концентрации соли.
Mung bean nuclease requires Zn2+. The addition of EDTA or SDS causes irreversible inactivation. Mung bean nuclease is not active at pH below 4.6, nor at low salt concentration.
Применение в биотехнологии и биохимических исследованиях
Удаление шпилечных петель во время синтеза кДНК. Высокоточное картирование терминальных и экзонных структур РНК-транскриптов (обычно называемое Berk Sharp или S1-картированием) с использованием внутренних или концевых меченых зондов. Модификация или удаление участков рестрикции путем переваривания выступающих одноцепочечных концов. Расщепление однонуклеотидных несовпадений в качестве альтернативы нуклеазе CEL 1 в TILLING. Уникальное делетирование больших фрагментов ДНК (в сочетании с экзонуклеазой III) для получения упорядоченных делеций для секвенирования. Удаление 3'- и 5'- расширений с концов ДНК или РНК. Картирование транскриптов. Расщепление шпилечных петель. Вырезание кодирующих последовательностей генов из геномной ДНК.
Removal of hairpin loops during cDNA synthesis. High resolution mapping of the termini and exon structures of RNA transcripts (commonly termed Berk Sharp or S1 Mapping) using either internal labelled or end labelled probes. Restriction site modification or removal by digestion of single stranded protruding ends. Cleavage of single basepair mismatches, as a replacement for CEL 1 Nuclease in TILLING. Unidirectional deletion of large DNA (in combination with Exonuclease III) to generate ordered deletions for sequencing. Removal of 3´ and 5´ extensions from DNA or RNA termini. Transcriptional mapping. Cleavage of hairpin loops. Excision of gene coding sequences from genomic DNA.