Введение
Лестничная деформация ДНК - это особенность, которая может наблюдаться, когда фрагменты ДНК, возникающие в результате фрагментации ДНК апоптоза, визуализируются после разделения гелевым электрофорезом. Впервые описанный в 1980 году Эндрю Уилли в медицинской школе Эдинбургского университета, фрагменты ДНК также могут быть удалены в клетках, которые подверглись некрозу, когда эти фрагменты ДНК после разделения подвергаются гелевому электрофорезу, что приводит к характерной лестничной структуре.
Деградация ДНК
Лестничная структура ДНК является отличительной особенностью ДНК, деградируемой DNase, активированной каспазой (CAD), которая является ключевым событием во время апоптоза. CAD расщепляет геномную ДНК в межнуклеосомных областях ссылочных звеньев, в результате чего образуются фрагменты ДНК, которые являются кратными длиной 180185 пар оснований. Разделение фрагментов электрофорезом в гарозе-геле и последующая визуализация, например, окрашиванием бромидом этидия, приводит к характерному "лестничному" рисунку. Простой метод селективного извлечения фрагментированной ДНК из апоптотических клеток без присутствия секций ДНК с высоким молекулярным весом, генерирующий лестничную модель, использует предварительную обработку клеток в этаноле.
Апоптоз и некроз
Хотя большинство морфологических особенностей апоптотических клеток недолговечны, лестничная обработка ДНК может использоваться в качестве метода окончательного считывания состояния и, следовательно, стала надежным методом для отличения апоптоза от некроза. Также можно использовать ДНК-скатулку для определения того, подверглись ли клетки апоптозу в присутствии вируса. Это полезно, потому что помогает определить влияние вируса на клетку. Лесбирование ДНК может использоваться только для обнаружения апоптоза на поздних стадиях апоптоза. Это связано с фрагментацией ДНК, которая происходит на более поздней стадии процесса апоптоза. Также важно отметить, что лестничная обработка ДНК происходит по-разному в зависимости от типа клетки, поэтому в процессе лестничной обработки ДНК могут быть незначительные изменения в зависимости от исследуемой клетки.