Введение
Малая, обычно некодирующая молекула РНК. Малые РНК (sRNA) – это полимерные молекулы РНК длиной менее 200 нуклеотидов, которые обычно не кодируют белки. Заглушение РНК часто является функцией этих молекул, при этом наиболее распространенным и хорошо изученным примером является интерференция РНК (RNAi), в которой эндогенно экспрессируемая микроРНК (miRNA) или экзогенно полученная малая интерферирующая РНК (siRNA) индуцирует деградацию комплементарной мРНК. Были идентифицированы и другие классы малых РНК, включая piwi-интерактивную РНК (piRNA) и её подтип – повторяющуюся ассоциированную малую интерферирующую РНК (rasiRNA). Малая РНК "не способна индуцировать интерференцию РНК самостоятельно и для выполнения этой задачи должна формировать ядро РНК-белкового комплекса, называемого комплексом индуцированного РНК-заглушения (RISC), в частности, с белком аргонавтом". Малые РНК были обнаружены или секвенированы с использованием различных методов, включая прямое секвенирование микроРНК на нескольких платформах секвенирования или косвенно – посредством секвенирования и анализа генома. Идентификация миРНК оценивалась в контексте диагностики заболеваний человека, таких как рак молочной железы и рассеянный склероз. Анализ малых РНК полезен для определенных видов исследований, поскольку их молекулы "не требуют фрагментации перед приготовлением библиотеки". piwi-интерактивная РНК (piRNA)
малая интерферирующая РНК (siRNA)
малая ядерная РНК (snRNA), также часто называемая U-РНК
малая нуклеолярная РНК (snoRNA)
малая РНК, производная от рДНК (srRNA)
фрагмент тРНК (tRF)
малая РНК, производная от Y-РНК (ysRNA)
Small RNA (sRNA) are polymeric RNA molecules that are less than 200 nucleotides in length, and are usually non coding. RNA silencing is often a function of these molecules, with the most common and well studied example being RNA interference (RNAi), in which endogenously expressed microRNA (miRNA) or exogenously derived small interfering RNA (siRNA) induces the degradation of complementary messenger RNA. Other classes of small RNA have been identified, including piwi interacting RNA (piRNA) and its subspecies repeat associated small interfering RNA (rasiRNA). Small RNA "is unable to induce RNAi alone, and to accomplish the task it must form the core of the RNA–protein complex termed the RNA induced silencing complex (RISC), specifically with Argonaute protein". Small RNA have been detected or sequenced using a range of techniques, including directly by MicroRNA sequencing on several sequencing platforms, or indirectly through genome sequencing and analysis. Identification of miRNAs has been evaluated in detecting human disease, such as breast cancer. Multiple sclerosis. Evaluating small RNA is useful for certain kinds of study because its molecules "do not need to be fragmented prior to library preparation". Piwi interacting RNA (piRNA)
small interfering RNA (siRNA)
small nuclear RNA (snRNA), also commonly referred to as U RNA
small nucleolar RNA (snoRNA)
small rDNA derived RNA (srRNA)
tRNA fragment (tRF)
Y RNA derived small RNA (ysRNA)
В растениях
Первая известная функция в растениях была обнаружена у мутантов Arabidopsis. В частности, при мутациях, приводящих к снижению функции РНК-зависимой РНК-полимеразы и DICER-подобных белков. Это нарушение, на самом деле, усилило устойчивость Arabidopsis к Heterodera schachtii и Meloidogyne javanica. Аналогично, мутанты с пониженной функцией Argonaute – ago1-25, ago1-27, ago2-1, а также комбинированные мутанты с ago1-27 и ago2-1 – проявляли повышенную устойчивость к Meloidogyne incognita. В целом, это демонстрирует сильную зависимость паразитизма нематод от собственных малых РНК растений.