Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Bacillus safensis бактериясының түрі - Грам оң, споралар құраушы және таяқша бактериясы, бастапқыда Флорида мен Калифорнияда ғарыш кемесінен оқшауланған. Б. сафенсис 2004 жылы Opportunity және Spirit ғарыш кемелерімен Марс планетасына жеткізілген болуы мүмкін.
Species of bacterium
Bacillus safensis is a Gram positive, spore forming, and rod bacterium, originally isolated from a spacecraft in Florida and California. B. safensis could have possibly been transported to the planet Mars on spacecraft Opportunity and Spirit in 2004.
Ашылуы мен маңызы
Бацилл сафенсис бактериясының он үш штаммы алғаш рет Флоридадағы Кеннеди ғарыш орталығында және Калифорниядағы реактивті қозғалтқыш зертханасында ғарыш кемелерінің және құрастыру қондырғыларының бетінен оқшауланды. Бактерия өз атын JPL ғарыш кемелерін құрастыру қондырғысынан (SAF) алады. В. В. Котари және оның Үндістанның Гуджарат штатындағы Саураштра университетінің әріптестері алғаш рет B. safensis VK деген басқа штаммды оқшаулады. ВК штаммы Үндістанның Гуджарат штатының шөлді аймағындағы құмыра өсімдігі - Cuminum cyminum-дан жиналды. Бактериялар түйеқұмық өсімдігінің тамыршасынан жиналған. Рам С. Сингх және оның әріптестері Панджаби университетінің ботаникалық бағында аспаржа өсімдіктерінің тамыр түбірлерінің топырақ үлгілерінде AS 08 штаммының бірін тапты. B. safensis AS 08 ферментінің фруктоолигосахаридтер мен жоғары фруктозалы жүгері сиробын өндіруде қолданылатын инуляза белсенділігі бар екені анықталды. Фруктоолигосахаридтер жасанды тәттілендіретін заттар ретінде қолданылады және көптеген коммерциялық азық-түлік өнімдерінде кездеседі. Бұл өнім көптеген өңделген тағамдарда кездеседі. Давендер Кумар мен оның Үндістанның Курукшетра университетіндегі әріптестері топырақтан алынған үлгілерден DVL 43 штаммын бөліп алды. Бұл тұқымның липазасы бар екені анықталды, ол майды қорыту үшін маңызды фермент болып табылады. Липазалар - өсімдіктер, жануарлар мен микроорганизмдер арасында табиғатта көп кездесетін химиялық заттардың бір класы, олар өнеркәсіпте тамақ, қағаз өнімдері, жуғыш заттар мен биодизель отынын өндіру үшін кеңінен қолданылады. Үндістанның Бхаратхяр университетінің мемлекеттік өнер колледжінің П. Равикумар жарылғыш заттармен зарядталған топырақ үлгілерінен PR 2 штаммын оқшаулады. Бұл штамм 16S rDNA реттілігімен Сангер дидоксиялық реттілік әдісімен анықталды және Мэриленд штатындағы GenBank-те сақталды. Оның қосылу нөмірі KP261381 болып табылады, 885 сызықтық ДНК негіз жұптары және негіз саны 175 a 295 c 199 g 216 t.
Thirteen strains of the novel bacterium Bacillus safensis were first isolated from spacecraft surfaces and assembly facility surfaces at the Kennedy Space Center in Florida as well as the Jet Propulsion Laboratory in California. The bacterium gets its name from the JPL Spacecraft Assembly Facility (SAF). V. V. Kothari and his colleagues from Saurashtra University in Gujarat, India, first isolated another strain, B. safensis VK. Strain VK was collected from Cuminum cyminum, a cumin plant in the desert area of Gujarat, India. Specifically, the bacteria were collected from the rhizosphere of the cumin plant. Ram S. Singh and colleagues discovered one of the strains, AS 08, in soil samples of root tubers of asparagus plants in a botanical garden at Punjabi University in India. B. safensis AS 08 was found to have inulase activity, which is used for the production of fructooligosaccharides and high fructose corn syrup. Fructooligosaccharides are used as artificial sweeteners and can be found in many commercial food products. Corn syrup is also found in many processed foods. Davender Kumar and colleagues from Kurukshetra University in India isolated strain DVL 43 from soil samples. This strain was found to possess lipase, which is an important enzyme for fat digestion. Lipases are a class of chemicals that are abundant in nature amongst plants, animals and microorganisms that are widely used in industry for production of food, paper products, detergents and biodiesel fuel. P. Ravikumar of the Government Arts College at Bharathiar University in India isolated strain PR 2 from explosive laden soil samples. This strain was identified by its 16S rDNA sequence by Sanger dideoxy sequencing method and deposited in the GenBank in Maryland, U. S. It carries the accession number KP261381 with 885 base pairs of linear DNA and the base count 175 a 295 c 199 g 216 t.
Физикалық сипаттамалары мен метаболизмі
Bacillus safensis - граммопозитивті, споралар құрайтын таяқ бактериясы. B. safensis сонымен қатар аэробты химиогетеротроф болып табылады. Жасушалардың өлшемі диаметрі 0,5- 0,7 мкм, ұзындығы 1,01,2 мкм. B. safensis VK штаммы тұзды төзімді микроорганизм болып табылады және жалпы микробтық түрлердің 010% тұзды диапазонынан тыс өсе алады. Геномда 73 тРНК гендері бар.
Bacillus safensis is a Gram positive, spore forming rod bacterium. B. safensis is also an aerobic chemoheterotroph. Cell size ranges from 0.5 to 0.7 μm in diameter and 1.0–1.2 μm in length. Strain VK of B. safensis is a salt tolerant microorganism, and can grow beyond the 0–10% salt range of the general microbial species. The genome also displays 73 tRNA genes.
Туысқан түрлерді ажырату
Bacillus тұқымдасының бірнеше оқшауланған түрі Bacillus pumilus-мен бірдей. B. pumilus-ке туысқан оқшауламалар тобында бес туысқан түр бар: B. pumilus, B. safensis, B. stratosphericus, B. altitudinis және B. aerophilus. Бұл түрлерді олардың 16S рРНК гендер тізбекіндегі 99,5% ұқсастығына байланысты ажырату қиын. Жақында ғалымдар бұл жақын туысқан түрлерді, әсіресе B. pumilus және B. safensis түрлерін ажыратудың басқа әдісін тапты. ДНҚ гираза - ДНҚ-ға теріс суперкодты енгізетін маңызды фермент және ДНҚ репликациясы мен транскрипциясындағы биологиялық процестерге жауапты. ДНҚ гиразасы А және В екі кіші бірліктен тұрады. Бұл кіші бірліктер gyrA және gyrB деп белгіленеді. GyrB генінің B белдеуі - ІІ типті топоизомераза, ол ДНК репликациясы үшін маңызды. Бұл ген бактериялардың түрлерінде сақталады. 16S рРНК гендер тізбектеріне қарағанда гирБ-мен байланысты гендер тізбектерінен алынған молекулалық деңгейдегі эволюция жылдамдығы жеделдетілген жылдамдықпен анықталуы мүмкін. Бұл кіші бірліктер B. pumilus-ке жататын, оның ішінде B. safensis-ке жататын түрлердің әртүрлілігін филогенетикалық жағынан ажыратудың жолын ұсынды. B. safensis DSM19292 штаммы B. pumilus DSM 27 штаммымен 90,2% gyrA реттілік ұқсастығын бөліседі. 1952 жылы DSMZ мәдениетінде B. pumilus штаммы табылды және DSM 354 штаммы деп аталды. Бұл тұқым B. safensis табылғанға дейін анықталды. 2012 жылы B. pumilus DSM 354 тұқымы мен B. pumilus DSM 27 тұқымы арасында, сондай-ақ B. safensis DSM 19292 тұқымына (FO 36b типті тұқымы) қарсы gyrA реттілік ұқсастығы сыналды. DSM 354 тұқымдасы B. pumilus DSM 27 және B. safensis DSM 19292 тұқымдастарымен ретімен 90,4% және 98% - ға ұқсас. Бұл нәтижелер DSM 354 шын мәнінде B. pumilus емес, B. safensis штаммы болуы мүмкін екенін көрсетті. Бұл нәтижелер gyrA тізбектерін жақын туысқан бактерияларды ажырату үшін қолдануға болатынын растады.
Several isolates of the genus Bacillus are nearly identical to Bacillus pumilus. The group of isolates related to B. pumilus contains five related species: B. pumilus, B. safensis, B. stratosphericus, B. altitudinis, and B. aerophilus. These species are difficult to distinguish due to their 99.5% similarity in their 16S rRNA gene sequence. Recently, scientists have discovered an alternate way to differentiate between these closely related species, especially B. pumilus and B. safensis. DNA gyrase is an important enzyme that introduces a negative supercoil to the DNA and is responsible for the biological processes in DNA replication and transcription. DNA gyrase is made of two subunits, A and B. These subunits are denoted as gyrA and gyrB. The gyrB gene, subunit B protein, is a type II topoisomerase that is essential for DNA replication. This gene is conserved among bacterial species. The rate of evolution at the molecular level deduced from gyrB related gene sequences can be determined at a more accelerated rate compared to the 16S rRNA gene sequences. These subunits have provided a way to phylogenetically distinguish between the diversity of species related to B. pumilus, which includes B. safensis. Strain B. safensis DSM19292 shares 90.2% gyrA sequence similarity with B. pumilus strain DSM 27. In 1952, a strain of B. pumilus was discovered in the DSMZ culture and labeled as strain DSM 354. The strain was identified before B. safensis was discovered. In 2012, a gyrA sequence similarity was tested between the B. pumilus strain DSM 354 and B. pumilus strain DSM 27, as well as against B. safensis strain DSM 19292 (type strain FO 36b). Strain DSM 354 showed a 90.4% and 98% sequence similarity with B. pumilus strain DSM 27 and B. safensis strain DSM 19292, respectively. These results indicated that DSM 354 may in fact be a B. safensis strain, instead of a B. pumilus strain. These results supported that gyrA sequences could be used to differentiate between closely related bacteria.