Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Ақуыз домені
Protein domain
Крюппельмен байланысты қорап (KRAB) домені – шамамен 400 адамның мырыш саусақты ақуыздарға негізделген транскрипция факторларында (KRAB мырыш саусақты ақуыздары) кездесетін транскрипциялық репрессия домендерінің бір түрі. KRAB домені әдетте шамамен 75 аминқышқыл қалдығынан тұрады, ал ең минималды репрессиялық модуль шамамен 45 аминқышқыл қалдығынан тұрады. Ол екі амфипатиялық спираль арқылы ақуыз-ақуыз өзара әрекеттесулер арқылы жұмыс істейді деп есептеледі. Ең маңызды өзара әрекеттесетін ақуыз – TRIM28, ол бастапқыда SMP1 ретінде сипатталған, содан кейін KAP1 және TIF1β ретінде клондалған. Сақталған қалдықтардың орнына басқаларын қою репрессияны тоқтатуға әкеледі. 10-нан астам тәуелсіз кодталған KRAB домендері транскрипцияны тиімді басатындығы көрсетілген, бұл осы белсенділік доменге тән қасиет екенін көрсетеді. KRAB домендерін dCas9 CRISPR құралдарымен біріктіру арқылы одан да күшті репрессорларды жасауға болады.
The Krüppel associated box (KRAB) domain is a category of transcriptional repression domains present in approximately 400 human zinc finger protein based transcription factors (KRAB zinc finger proteins). The KRAB domain typically consists of about 75 amino acid residues, while the minimal repression module is approximately 45 amino acid residues. It is predicted to function through protein protein interactions via two amphipathic helices. The most prominent interacting protein is called TRIM28 initially visualized as SMP1, cloned as KAP1 and TIF1 beta. Substitutions for the conserved residues abolish repression. Over 10 independently encoded KRAB domains have been shown to be effective repressors of transcription, suggesting this activity to be a common property of the domain. KRAB domains can be fused with dCas9 CRISPR tools to form even stronger repressors.
Эволюция
KRAB домені алғаш рет 1988 жылы KOX1/ZNF10 цинк саусағы аймағының 5’ жағында алты аминқышқылымен бөлінген лейцин қалдықтарының периодтық тізімі ретінде анықталған, бұл «лейциннің гептадтық қайталануы» (сонымен қатар «лейцин жабысы» деп те аталады) деп аталды. Кейіннен, бұл домен C2H2 цинк саусағы ақуыздарымен байланысты Krüppel байланысты қорап (KRAB) деп аталды. KRAB домені төрт аяқты жануарлардың геномдарымен ғана шектелген. KRAB-ны қамтитын C2H2 ZNF гендері цинк саусағы гендерінің ең ірі кіші отбасын құрайды. Адам геномындағы C2H2 ZNF гендерінің жартысынан астамы KRAB доменімен байланысты. Олар жиі кластерленеді және адам геномында ірі кластерлер түрінде кездеседі. KRAB домені адам геномындағы ең күшті репрессорлардың бірін құрайды.
The KRAB domain had initially been identified in 1988 as a periodic array of leucine residues separated by six amino acids 5’ to the zinc finger region of KOX1/ZNF10 coined heptad repeat of leucines (also known as a leucine zipper). Later, this domain was named in association with the C2H2 Zinc finger proteins Krüppel associated box (KRAB). The KRAB domain is confined to genomes from tetrapod organisms. The KRAB containing C2H2 ZNF genes constitute the largest sub family of zinc finger genes. More than half of the C2H2 ZNF genes are associated with a KRAB domain in the human genome. They are more prone to clustering and are found in large clusters on the human genome. The KRAB domain presents one of the strongest repressors in the human genome.
Мысалдар
Адам геномдарында КРАБ ZFP-ні кодтайтын гендерге KOX1/ZNF10, KOX8/ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 және HTF34 кіреді.
Human genes encoding KRAB ZFPs include KOX1/ZNF10, KOX8/ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 and HTF34.