Введение
Домен белка. Домен, связанный с Krüppel-ассоциированным ящиком (KRAB), – это категория доменов транскрипционной репрессии, присутствующих примерно в 400 факторах транскрипции человека, основанных на цинковых пальцах (KRAB-цинковые пальцы). Домен KRAB обычно состоит из около 75 аминокислотных остатков, а минимальный модуль репрессии – примерно из 45 аминокислотных остатков. Предполагается, что он функционирует посредством белок-белковых взаимодействий через две амфипатические спирали. Наиболее значимым взаимодействующим белком является TRIM28, изначально визуализированный как SMP1, клонированный как KAP1 и TIF1β. Замена консервативных остатков приводит к потере репрессивной активности. Показано, что более 10 независимо закодированных доменов KRAB являются эффективными репрессорами транскрипции, что указывает на то, что эта активность является общим свойством домена. Домены KRAB могут быть объединены с инструментами dCas9 CRISPR для создания еще более мощных репрессоров.
The Krüppel associated box (KRAB) domain is a category of transcriptional repression domains present in approximately 400 human zinc finger protein based transcription factors (KRAB zinc finger proteins). The KRAB domain typically consists of about 75 amino acid residues, while the minimal repression module is approximately 45 amino acid residues. It is predicted to function through protein protein interactions via two amphipathic helices. The most prominent interacting protein is called TRIM28 initially visualized as SMP1, cloned as KAP1 and TIF1 beta. Substitutions for the conserved residues abolish repression. Over 10 independently encoded KRAB domains have been shown to be effective repressors of transcription, suggesting this activity to be a common property of the domain. KRAB domains can be fused with dCas9 CRISPR tools to form even stronger repressors.
Эволюция
Домен KRAB был впервые идентифицирован в 1988 году как периодический ряд остатков лейцина, разделенных шестью аминокислотами 5’ к цинковому пальцу KOX1/ZNF10, получивший название гептадный повтор лейцинов (также известный как лейцинная молния). Позднее этот домен был назван в связи с белками C2H2 цинковых пальцев как Krüppel-ассоциированный бокс (KRAB). Домен KRAB встречается только в геномах тетраподных организмов. Гены C2H2 ZNF, содержащие домен KRAB, составляют самое большое подсемейство генов цинковых пальцев. Более половины генов C2H2 ZNF в геноме человека ассоциированы с доменом KRAB. Они склонны к образованию кластеров и обнаруживаются в виде крупных кластеров в геноме человека. Домен KRAB является одним из сильнейших репрессоров в геноме человека.
Примеры
Гены человека, кодирующие KRAB-домены цинковых пальцев, включают KOX1/ZNF10, KOX8/ZNF708, ZNF43, ZNF184, ZNF91, HPF4, HTF10 и HTF34.