Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Ретротранспозондық маркерлер – ДНК-ның кладистік маркерлер ретінде қолданылатын құраушылары. Олар туысқан таксондардың ортақ тегін, я болмаса ортақтығын анықтауға көмектеседі. Туысқан таксондардағы белгілі бір ретротранспозонның "бар болуы" олардың ортологтық интеграциясын, ортақ тектен пайда болған туынды жағдайды көрсетеді, ал нақты элементтердің "жоқтығы" одан алысрақ жатқан таксондардағы интеграцияға дейінгі плезиоморфтық жағдайды білдіреді. Сүтқоректілердің жүйелі биологиясын реконструкциялау үшін қатысу/жоқтық талдауларын қолдану, белгілі бір түрдің дивергенциясына дейін белсенді интеграцияланған ретротранспозондардың болуына байланысты.
Retrotransposon markers are components of DNA which are used as cladistic markers. They assist in determining the common ancestry, or not, of related taxa. The "presence" of a given retrotransposon in related taxa suggests their orthologous integration, a derived condition acquired via a common ancestry, while the "absence" of particular elements indicates the plesiomorphic condition prior to integration in more distant taxa. The use of presence/absence analyses to reconstruct the systematic biology of mammals depends on the availability of retrotransposons that were actively integrating before the divergence of a particular species.
Егжей-тегжейлер
SINE – Қысқа аралас элементтер, LINE – Ұзын аралас элементтер немесе қысқартылған LTR – Ұзын терминалдық қайталаулар – молекулалық кладистикалық маркерлер ретінде талдау ДНК тізбегі және морфологиялық деректерге ерекше қызығушылық тудыратын толықтыру болып табылады. Бұған себебі ретротранспозондардың шуға төзімді, күшті синапоморфияларды ұсынуы деп есептеледі. Интеграцияланатын орындар салыстырмалы түрде белгісіз болғандықтан, әртүрлі таксондардағы бірдей элементтің дәл сол орынға тәуелсіз интеграциялану ықтималдығы төмен және эволюциялық уақыт өлшемдерінде мардымсыз болуы мүмкін. Ретротранспозон интеграциялары қазіргі уақытта қайтымсыз процестер деп саналады; бұл өзгермеуі мүмкін, өйткені I кластың транспозондарының дәл қайта шығарылуына қатысты нақты биологиялық механизмдер әлі сипатталған жоқ, бірақ van de Lagemaat және басқалар (2005) еңбектерін қараңыз. Осылайша, сәйкес локуста ататек және туынды белгілердің айқын ажыратылуы мүмкін, өйткені енгізілген тізбектің жоқтығы жоғары сенімділікпен ататек деп есептелуі мүмкін. Бірлесіп, гомоплазияның төмен деңгейі және анық белгілік полярлығы ретротранспозон интеграциялық маркерлерін таксондардың ортақ тегін ортақ туынды транспозициялық оқиға арқылы анықтау үшін идеалды құралдарға айналдырады. Туысқан таксондардағы белгілі бір ретротранспозонның «болуы» олардың ортологтық интеграциясын, ортақ тектен алынған туынды жағдайды көрсетеді, ал нақты элементтердің «болмауы» одан алыс таксондардағы интеграцияға дейінгі плезиоморфтық жағдайды көрсетеді. Сүтқоректілердің систематикасын реконструкциялау үшін қатысу/болмау талдауларын қолдану белгілі бір түрдің дивергенциясына дейін белсенді интеграцияланған ретротранспозондардың болуына байланысты. Ретротранспозонның қатысуы/болмауы туралы деректерге негізделген филогенетикалық зерттеулердің мысалдары: киттердің Cetartiodactyla отрядының мүшелері ретінде анықталуы, олардың ең жақын туыстары – бегемоттар, гоминоидтардың туыстығы, стрепсиррин ағашы, Оңтүстік Америкадан Австралияға дейінгі сүтқоректілердің таралуы және плаценталық сүтқоректілердің эволюциясы. Ретротранспозон аралық күшейтілген полиморфизмдер (IRAP) – ретротранспозонға негізделген балама маркерлер. Бұл әдісте ПТР олигонуклеотидтік праймерлер терминалдық ретротранспозон аймақтарынан сыртқа қарай бағытталған. Осылайша, олар екі ретротранспозонның енуі арасындағы фрагментті күшейтеді. Ретротранспозон интеграциясының үлгілері генотиптер арасында өзгеретіндіктен, алынған ампликонның саны мен мөлшері генотиптерді немесе сорттарды ажырату үшін, генетикалық әртүрлілікті өлшеу немесе филогенезді реконструкциялау үшін қолданылуы мүмкін. SINE-дер, олардың кіші өлшемділігі және көбінесе гендердің ішінде немесе жанында интеграциялану қабілеті тиімді IRAP маркерлерін жасау үшін оңтайлы көз болып табылады.
The analysis of SINEs – Short INterspersed Elements – LINEs – Long INterspersed Elements – or truncated LTRs – Long Terminal Repeats – as molecular cladistic markers represents a particularly interesting complement to DNA sequence and morphological data. The reason for this is that retrotransposons are assumed to represent powerful noise poor synapomorphies. The target sites are relatively unspecific so that the chance of an independent integration of exactly the same element into one specific site in different taxa is not large and may even be negligible over evolutionary time scales. Retrotransposon integrations are currently assumed to be irreversible events; this might change since no eminent biological mechanisms have yet been described for the precise re excision of class I transposons, but see van de Lagemaat et al. (2005). A clear differentiation between ancestral and derived character state at the respective locus thus becomes possible as the absence of the introduced sequence can be with high confidence considered ancestral. In combination, the low incidence of homoplasy together with a clear character polarity make retrotransposon integration markers ideal tools for determining the common ancestry of taxa by a shared derived transpositional event. The "presence" of a given retrotransposon in related taxa suggests their orthologous integration, a derived condition acquired via a common ancestry, while the "absence" of particular elements indicates the plesiomorphic condition prior to integration in more distant taxa. The use of presence/absence analyses to reconstruct the systematic biology of mammals depends on the availability of retrotransposons that were actively integrating before the divergence of a particular species. Examples for phylogenetic studies based on retrotransposon presence/absence data are the definition of whales as members of the order Cetartiodactyla with hippos being their closest living relatives, hominoid relationships, the strepsirrhine tree, the marsupial radiation from South America to Australia, and the placental mammalian evolution. Inter retrotransposons amplified polymorphisms (IRAPs) are alternative retrotransposon based markers. In this method, PCR oligonucleotide primers face outwards from terminal retrotransposon regions. Thus, they amplify the fragment between two retrotransposon insertions. As retrotransposon integration patterns vary between genotypes, the number and size of the resulting amplicons can be used for differentiation of genotypes or cultivars, to measure genetic diversity or to reconstruct phylogenies. SINEs, which are small in size and often integrate within or next to genes represent an optimal source for the generation of effective IRAP markers.