Филогенетика
-
Эволюциялық биологияда кладистика әдісі
Кладистика – эволюциялық биологиядағы организмдерді ортақ ата-тегіне сәйкес топтастыру әдісі. Туыстық байланыс белгілері мен қасиеттері зерттеледі.
-
Организмдердің эволюциялық байланыстарының зерттелуі
Филогенетика: эволюциялық қарым-қатынастар, ДНК, ақуыз тізбектері, морфология арқылы организмдердің тарихын зерттеу. Эволюциялық ағаштар құру.
-
Организдерді ұқсастық бойынша жіктеу әдісі
Феңетика – организмдерді морфологиялық ұқсастықтары бойынша жіктеу әдісі. Эволюциялық байланыс емес, сыртқы белгілеріне назар аударады. Таксометрия, кладистика туралы ақпарат.
-
Парафилия: Таксономиялық топтардың жіктелуі
Парафилия – таксономиялық топ, ата-тегі мен кейбір ұрпақтарын қамтиды. Монофилиядан өзгешелігі, барлық ұрпақтарын емес. Филогенетикада маңызды!
-
Тірі организмдердің жүйеленуі және эволюциясы
Систематика – тірі организмдердің эволюциясын, түрлердің байланысын зерттейтін биология саласы. Эволюциялық ағаштар мен филогенездерді талдау. 🧬🌳🌍
-
Эмиль Хенниг: Филогенетикалық жүйелеудің негізін қалаушы
Эмиль Хенниг (1913-1976) – неміс зоологы, филогенетикалық жүйелеме (кладистика) негізін қалаушы. Эволюция, таксономия, жануарлар жіктелуі туралы еңбектері.
-
Органикалық топтардың туыстық байланысын көрсететін кесте
Кладограмма – организмдердің туыстығын көрсететін диаграмма. Эволюциялық ағаш емес, ортақ ата-тегін және өзгерістерді көрсетпейді. Биология, таксономия.
-
Тектес құрылымдар мен гендер
Биологияда гомология – түрлер арасындағы ортақ тектің нәтижесіндегі ұқсастық. Эволюциялық биологияда бұл – ата тектен мұра болған өзгерген құрылымдар.
-
Молекулалық тізбектерді салыстыру және үйлестіру әдісі
Биоинформатикадағы тізбектерді салыстыру: ДНК, РНК, белок тізбектеріндегі ұқсастықтарды анықтау, эволюциялық байланыстарды табу, мутацияларды зерттеу.
-
Эволюциялық қарым-қатынастар ағашы
Эволюциялық ағаштар: түрлердің туыстығын көрсететін графикалық кескін. Филогенетика – эволюциялық тарихты зерттейтін ғылым. Түрлердің шығу тегін анықтау.
-
Молекулалық филогенетика және эволюциялық қатынастар талдауы
Молекулалық филогенетика: ДНК тізбектері арқылы түрлердің эволюциялық байланысын зерттейді. Филогенетикалық ағаштар құру, молекулалық систематика.
-
Ұяшылық молекулалардың ұрпақтар бойынша құрамының өзгеру процесі
Молекулалық эволюция: ДНҚ, РНҚ өзгерістері, гендердің пайда болуы, бейімделу, түр түзілуі. Филогенетикалық талдаулардың негізі. 🧬🔬
-
Молекулалық сағат: эволюциялық тарихты анықтау әдісі
Молекулярлық сағат: қазба қалдықтары мен ДНК мутациясы арқылы түрлердің эволюциялық тарихын, олардың арадағы уақытты анықтау әдісі. Эволюция, генетика.
-
Туқымдық байланысы жоқ организмдер тобы
Полифилетикалық топтар: эволюциялық тарихы әртүрлі организмдердің жиынтығы. Конвергенттік эволюция, гомоплазия және топтастыру принциптері туралы біліңіз.
-
Филогенетикалық ағаштарды құрудағы «қосылатын көршілер» әдісі
Филогенетикалық ағаштарды құрудағы «қосылған көршілер» әдісі: ДНК/ақуыз тізбектеріндегі қашықтықтарды есептеп, таксономдарды кластерлейді. Биоинформатикада қолданылады.
-
Эволюциялық қарым-қатынастар мен түрлердің тегі
Филогенез: эволюциялық қатынастар, түрлердің шығу тегі, филогенетикалық талдау әдістері. ДНК, морфологиялық ерекшеліктер зерттеледі. Эволюция тарихы.
-
Агломеративтік иерархиялық кластерлеу және UPGMA әдісі
Агломеративті кластерлеу әдісі UPGMA, бактериялардың 5S рибосомалық РНҚ тізбегін талдау арқылы генетикалық қашықтықтарды есептеуде қолданылады. Кластерлік талдау, биология.
-
Биоинформатикада эволюцияны модельдеу үшін стохастикалық матрицаның қолданылуы
Биоинформатикада эволюцияны модельдеу үшін стохастикалық матрица қолданылады. Нүклеотидтер мен аминқышқылдардың алмасу матрицалары тізбектерді салыстыруға көмектеседі.
-
Эволюциялық байланысты протеин отбасылары
Протеин отбасылары – эволюциялық байланысты белоктар тобы. Ортақ тегінен, құрылымынан, функциясынан және аминқышқыл тізбегінен анықталады.
-
Гендер отбасылары: ұқсас гендер жиынтығы
Гендік отбасы – бір-біріне ұқсас гендер жиынтығы, эволюциялық көбейту арқылы пайда болған. Гемоглобин гендері мысалы. Биохимиялық функциялары ұқсас.
-
Биопитон: Есептік биология үшін Python құралдары жинағы
Биоинформатика үшін Python құралдары: Biopython – 1999 жылдан бері ашық кодты биоақпараттық пакет. ДНК, белок талдауына көмектеседі. PyCogent та бар.
-
Эволюциялық таксономия және биологиялық жіктеудің дамуы
Эволюциялық таксономия: ағзаларды жіктеудің эволюциялық тәсілі, филогенетикалық байланыстар, түрлердің шығу тегі және эволюциялық өзгерістерді қарастырады.
-
Салыстырмалы геномика және түрлердің генетикалық байланыстары
Салыстырмалы геномика: түрлердің геномдарын зерттеу, эволюцияны түсіну, генетикалық байланыстарды анықтау. Гендердің мұрагерлігін қарастырады.
-
Мұрагерлік белгілерінің екі түсінігі
Апоморфия және синапоморфия: эволюциялық ерекшеліктер, филогенетика, кладистика терминдері. Тарифтік белгілер мен олардың туыстық байланысы. 🧬🔬
-
Тұқымның ең соңғы ортақ атасы
Жалпы ата-тегі: Биология мен генетикада, топтағы барлық организмнің тікелей түкшесінен шыққан соңғы адам – MRCA. ДНК тесттерімен анықтауға болады.
-
Ең аз өзгеріс принципі немесе ең қысқа филогенетикалық ағаш
Филогенетикадағы ең үнемділік принципі: деректерді ең аз өзгерістермен түсіндіретін ең қысқа филогенетикалық ағаш жақсы деп есептеледі. Эволюцияны зерттеу.
-
ДНҚ, РНҚ және ақуыз тізбектерінің туыстығы
ДНҚ, РНҚ және ақуыз тізбектерінің эволюциялық байланысын зерттеу. Гомология, ортологтар, паралогтар, ксенологтар туралы біліңіз. Тізбектерді салыстыру арқылы ата тегін анықтау.
-
Көне ДНК арқылы өткенді зерттеу
Пәлеогенетика: қазба қалдықтарынан алынған генетикалық материал арқылы өткенді зерттеу. ДНК тізбектерін анықтау, жоғалып кеткен түрлер туралы ақпарат алу.
-
Филогенетикадағы қателік: Ұзын тармақтардың тартылысы
Филогенетикадағы қателер: Ұзын тармақтардың тартылысы (LBA) алыс туыс емес түрлердің жақын екендігін дұрыс емес көрсетуі. Эволюциялық талдау, филогенез.
-
Женетикалық кодтың сақталуы және эволюциялық маңызы
Жануарлар мен геномдардағы ДНК, РНК, белок тізбектерінің сақталуын қарастырады. Эволюция, табиғаттағы іріктеу, геномика, биоинформатика туралы ақпарат.
-
Жалпы атадан қалған белгілер және филогенетикалық талдау
Филогенетика: ататектерден кешкен қасиеттер, кладалар, эволюциялық ерекшеліктер. Бастапқы және туынды белгілерді түсіндіреміз.
-
Филогенетикалық ағаштағы көп тармақты түйіндер
Филогенетикалық ағаштардағы көптүрлі түйіндер: анықтама, жіктелуі (жұмсақ, қатты). Эволюциялық байланыстарды зерттеудегі маңыздылығы. 🌳🧬
-
Морфологиялық және физиологиялық ерекшеліктерімен біріктірілген ағзалар тобы (Grade)
Эволюциялық деңгей (grade) – организмдердің морфологиялық немесе физиологиялық ұқсастығымен біріктірілген таксономдық топ. Филогенетика, эволюция тарихы туралы мағлұмат.
-
Ататек шеңберлер мен қасиеттерінің эволюциялық маңызы
Плезиоморфия: қасиеттердің эволюциялық тарихы, таксондарды анықтаудағы рөлі. Ататектерден кешкен белгілер, эволюциялық қарым-қатынастарды түсінуге көмектеседі.
-
Эволюция және геномиканың тоғысуы: Филогеномика
Эволюция және геномиканың тоғысуы: филогеномика – геномдық деректерді пайдаланып, эволюциялық реконструкция жасайтын әдістер. Геномдарды салыстыру арқылы зерттеу.
-
Эволюциялық қарым-қатынастарды көрсету желілері
Филогенетикалық желілер: эволюциялық қарым-қатынастарды, гибридтенуді, ген алмасуды көрсетеді. Ағаштардан өзгеше, күрделі байланыстарды бейнелейді. Бағдарламалық қамтамасымен құруға болады.
-
Филогенетикалық ағаштардағы тізбектерді үйлестіру мәселесі
Филогенетикалық ағаштардағы тізбектерді үйлестіру: ДНҚ, РНҚ, белок тізбектерін салыстыру, эволюциялық байланыстарды модельдеу, ең төмен түзету қашықтығын табу.
-
Толық филогенез және есептеу филогенетикасы
Жалпы филогенетикада "толық филогенез" – эволюция ағашында кейіптемелер қайта оралмайтын, бір рет қана өзгеретін тұжырым. Сирек кездеседі.
-
Уолтер Монро Фитч: Молекулалық эволюцияның іргелі қадамы
Уолтер Монро Фитч (1929-2011) – молекулалық эволюцияның белгілі американ ғалымы. Зерттеулері, біохимиялық білімі туралы ақпарат.
-
Көптік тізбектерді үйлестіру
Көптік тізбектерді салыстыру (MSA) – ДНК, АҚТ немесе белок тізбектерінің эволюциялық байланысын анықтауға көмектесетін күрделі әдіс. Биологиялық зерттеулерде маңызды!
-
PHYLIP: Эволюциялық ағаштарды құру бағдарламалар жинағы
PHYLIP – эволюциялық ағаштарды құруға арналған тегін бағдарламалар жиынтығы. C тілінде жазылған, көп платформалы, ашық кодты құрал. Филогенетикалық талдау үшін!
-
Ретротранспозон маркерлерінің таксономиялық жіктемедегі ролі
Ретротранспозондар ДНК-дағы кладистік маркерлер ретінде қолданылады. Таксондардың туыстығын анықтауда, эволюциялық тарихты зерттеуде маңызды.
-
Хемотаксономия және эволюциялық дәлелдер
Хемотаксономия – организмдерді химиялық құрамы бойынша жіктеу әдісі. Ақуыздар генетикалық байланыстарды анықтауда анатомиялық ерекшеліктерден сенімдірек. Биохимиялық дәлелдер.
-
Paleobiology