Введение

Наиболее распространенный вариант генетической последовательности среди образцов.

В молекулярной биологии и биоинформатике консенсусная последовательность (или каноническая последовательность) — это вычисленная последовательность наиболее часто встречающихся остатков, будь то нуклеотиды или аминокислоты, в каждой позиции выравнивания последовательностей. Она представляет собой результат множественного выравнивания последовательностей, в котором родственные последовательности сравниваются между собой для выявления схожих мотивов. Эта информация важна при изучении ферментов, зависящих от последовательности, таких как РНК-полимераза.

Биологическое значение

Сайт связывания белка, представленный консенсусной последовательностью, может быть коротким участком нуклеотидов, который встречается несколько раз в геноме и, предположительно, выполняет одну и ту же функцию в различных местах. Например, многие факторы транскрипции распознают определенные паттерны в промоторах генов, которые они регулируют. Подобным образом, ферменты рестрикции обычно имеют палиндромные консенсусные последовательности, которые, как правило, соответствуют месту разреза ДНК. Транспозоны действуют схожим образом при идентификации целевых последовательностей для транспозиции. Наконец, сайты сплайсинга (последовательности, непосредственно окружающие границы экзонов и интронов) также можно рассматривать как консенсусные последовательности. Таким образом, консенсусная последовательность является моделью предполагаемого сайта связывания ДНК: она получается путем выравнивания всех известных примеров определенного сайта распознавания и определяется как идеализированная последовательность, представляющая собой преобладающий нуклеотид в каждой позиции. Фактические примеры не должны отличаться от консенсуса более чем на несколько замен, однако подсчет несовпадений таким образом может приводить к противоречиям.

Программное обеспечение

Инструменты биоинформатики способны вычислять и визуализировать консенсус-последовательности. Примерами таких инструментов являются JalView и UGENE.