Вирус гепатита E (HEV): структура, генотипы (1-8), происхождение и молекулярное строение. Подробно о Orthohepevirus A и его ORF. Гепатит E – информация.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Вид вируса
Species of virus
Вирус гепатита Е (HEV) является причиной гепатита Е. Он относится к виду Orthohepevirus A. Ранее вирус назывался вирусом гепатита Е. Вирусная частица была впервые обнаружена в 1983 году, но молекулярно клонирована лишь в 1989 году.
The hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of hepatitis E. It is of the species Orthohepevirus A. efn|The former species name was Hepatitis E virus. The virus particle was first seen in 1983, but was only molecularly cloned in 1989.
Геном и протеом
Ортогепевирус А можно классифицировать на восемь различных генотипов из разных географических регионов: генотип 1 (Азия), генотип 2 (Африка и Мексика), генотип 3 (Европа и Северная Америка), генотип 4 (Азия); генотипы 5 и 6 были обнаружены у азиатских диких кабанов, а генотипы 7 и 8 – у верблюдов. Вирусный геном представляет собой одноцепочечную позитивную РНК длиной около 7200 нуклеотидов. Три открытые рамки считывания (ORF1, ORF2 и ORF3) кодируют три белка (O1, O2, O3), два из которых являются полипротеинами, то есть они расщепляются на фрагменты, осуществляющие фактические функции вируса (см. рисунок). Белок O1 состоит из семи таких фрагментов, а именно: Met (метилтрансфераза), Y (Y-домен), Plp (папаин-подобная протеаза), V (пролин-богатый вариабельный участок), X (X-домен, макродомен), Hel (геликаза) и Rdrp (РНК-зависимая РНК-полимераза). Домен Pvx – это белок-слияние, состоящий из доменов Plp, V и X. Белок O3 кодируется одной открытой рамкой считывания (ORF3). Белок O2 кодирует капсид, который состоит из трех доменов: домена оболочки (S) и двух выступающих доменов (P1, P2). Числа на рисунке обозначают позиции в последовательности РНК.
Orthohepevirus A can be classified into eight different genotypes from different geographical regions: genotype 1 (Asia), genotype 2 (Africa and Mexico), genotype 3 (Europe and North America), genotype 4 (Asia); genotypes 5 and 6 have been detected in Asian wild boar and genotypes 7 and 8 in camels. The viral genome is a single strand of positive sense RNA that is about 7200 bases in length. The three open reading frames (ORF1, ORF2 and ORF3) encode for three proteins (O1, O2, O3), two of which are polyproteins, that is, they are cleaved into fragments which carry out the actual functions of the virus (see figure). The O1 protein consists of seven such fragments, namely Met (methyltransferase), Y (Y domain), Plp (papain like protease), V (proline rich variable region), X (X domain, macro domain), Hel (helicase), and Rdrp (RNA dependent RNA polymerase). The Pvx domain is a fusion protein consisting of the Plp, V, and X domains. The O3 protein is encoded by a single open reading frame (ORF3). The O2 protein encodes the capsid, which is composed of three domains, namely the shell domain (S) and two protruding domains (P1, P2). Numbers in the figure indicate positions in the RNA sequence.
Интерактом
Белковый интерактом среди белков ортогепевируса А был картирован Остерманом и др. (2015), которые выявили 25 взаимодействий между 10 исследованными белками. Почти все (24) из этих взаимодействий были оценены как "высокого качества".
The protein protein interactome among Orthohepevirus A proteins has been mapped by Osterman et al. (2015), who found 25 interactions among the 10 proteins studied. Almost all (24) of these interactions were considered as of "high quality".
Структура
Вирусные частицы имеют диаметр от 27 до 34 нанометров и не имеют оболочки. Другой анализ датирует происхождение гепатита E примерно 6000 лет назад, предполагая, что это было связано с одомашниванием свиней. В какой-то момент могли разойтись два клада — антропотропная и энзоотическая формы, которые впоследствии эволюционировали в генотипы 1 и 2, а также генотипы 3 и 4 соответственно. В то время как генотип 2 обнаруживается реже, чем другие генотипы, генетико-эволюционные анализы показывают, что генотипы 1, 3 и 4 значительно распространились за последние 100 лет.
The viral particles are 27 to 34 nanometers in diameter and are not enveloped. Another analysis has dated the origin of Hepatitis E to ~6000 years ago, with a suggestion that this was associated with domestication of pigs. At some point, two clades may have diverged — an anthropotropic form and an enzootic form — which subsequently evolved into genotypes 1 and 2 and genotypes 3 and 4, respectively. Whereas genotype 2 remains less commonly detected than other genotypes, genetic evolutionary analyses suggest that genotypes 1, 3, and 4 have spread substantially during the past 100 years.