Гепатит Е вирусы – Orthohepevirus A түрі, 8 генотипке бөлінеді. Азия, Африка, Еуропа, Солтүстік Америкада таралған. Вирустың құрамы, геномы туралы ақпарат.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Вирустың түрі
Species of virus
Гепатит E вирусы (HEV) – гепатит E ауруын қоздыратын агент. Ол Orthohepevirus A түріне жатады. Бұрынғы түрі Гепатит E вирусы деп аталған. Вирус бөлшегі алғаш рет 1983 жылы көрінген, бірақ молекулалық клондау 1989 жылы ғана жүзеге асырылды.
The hepatitis E virus (HEV) is the causative agent of hepatitis E. It is of the species Orthohepevirus A. efn|The former species name was Hepatitis E virus. The virus particle was first seen in 1983, but was only molecularly cloned in 1989.
Геном және протеом
Ортогепевирус А әр түрлі географиялық аймақтардан алынған сегіз түрлі генотипке жіктелуі мүмкін: 1 генотип (Азия), 2 генотип (Африка және Мексика), 3 генотип (Еуропа және Солтүстік Америка), 4 генотип (Азия); 5 және 6 генотиптері Азиялық жабайы шошқаларда, ал 7 және 8 генотиптері түйелерде анықталған. Вирустың геномдық құрамы – оң сезімді РНК-ның бір тізбегі, оның ұзындығы шамамен 7200 негізді құрайды. Үш ашық оқу кадры (ORF1, ORF2 және ORF3) үш белокты (O1, O2, O3) кодтайды, олардың екеуі полибелоктар, яғни олар вирустың нақты функцияларын атқаратын фрагменттерге бөлінеді (суретті қараңыз). O1 белгісі жеті фрагменттен тұрады, атап айтқанда Met (метилтрансфераза), Y (Y домені), Plp (папаин тәрізді протеаза), V (пролинге бай өзгермелі аймақ), X (X домені, макродомен), Hel (геликаза) және Rdrp (РНК-ға тәуелді РНК полимераза). Pvx домені – Plp, V және X домендерінен тұратын біріккен белок. O3 белгісін бір ашық оқу кадры (ORF3) кодтайды. O2 белгісі капсидті кодтайды, ол үш доменнен тұрады, атап айтқанда қабықша домені (S) және екі ілгекті домен (P1, P2). Суреттегі сандар РНК тізбегіндегі орналасуын көрсетеді.
Orthohepevirus A can be classified into eight different genotypes from different geographical regions: genotype 1 (Asia), genotype 2 (Africa and Mexico), genotype 3 (Europe and North America), genotype 4 (Asia); genotypes 5 and 6 have been detected in Asian wild boar and genotypes 7 and 8 in camels. The viral genome is a single strand of positive sense RNA that is about 7200 bases in length. The three open reading frames (ORF1, ORF2 and ORF3) encode for three proteins (O1, O2, O3), two of which are polyproteins, that is, they are cleaved into fragments which carry out the actual functions of the virus (see figure). The O1 protein consists of seven such fragments, namely Met (methyltransferase), Y (Y domain), Plp (papain like protease), V (proline rich variable region), X (X domain, macro domain), Hel (helicase), and Rdrp (RNA dependent RNA polymerase). The Pvx domain is a fusion protein consisting of the Plp, V, and X domains. The O3 protein is encoded by a single open reading frame (ORF3). The O2 protein encodes the capsid, which is composed of three domains, namely the shell domain (S) and two protruding domains (P1, P2). Numbers in the figure indicate positions in the RNA sequence.
Интерактом
Ортхоэпивирус А протеиндері арасындағы протеин-протеин интерактомы Остерман және авторлар (2015) зерттеуінде картаға түсірілді, олар зерттелген 10 протеиннің арасында 25 өзара әрекеттесуді анықтады. Бұл өзара әрекеттесулердің көбі (24) "жоғары сапалы" деп есептелді.
The protein protein interactome among Orthohepevirus A proteins has been mapped by Osterman et al. (2015), who found 25 interactions among the 10 proteins studied. Almost all (24) of these interactions were considered as of "high quality".
Құрылымы
Вирустың бөлшектерінің диаметрі 27-34 нанометрге тең және олар қабықшасыз. Тағы бір талдау нәтижесінде Е гепатитінің пайда болуы шамамен 6000 жыл бұрынға дейін жетеді, мұның шошқаларды үйретумен байланысты болуы мүмкін деген пікір бар. Бір кезде екі клада – антропотроптық және энзоотиялық түрлер – бір-бірінен бөлініп шыққан болуы мүмкін, олар кейіннен 1 және 2 генотиптерге, сондай-ақ 3 және 4 генотиптерге эволюциялады. 2 генотипі басқа генотиптерге қарағанда сирек кездессе, генетикалық эволюциялық талдаулар 1, 3 және 4 генотиптерінің соңғы 100 жыл ішінде кеңінен тарағанын көрсетеді.
The viral particles are 27 to 34 nanometers in diameter and are not enveloped. Another analysis has dated the origin of Hepatitis E to ~6000 years ago, with a suggestion that this was associated with domestication of pigs. At some point, two clades may have diverged — an anthropotropic form and an enzootic form — which subsequently evolved into genotypes 1 and 2 and genotypes 3 and 4, respectively. Whereas genotype 2 remains less commonly detected than other genotypes, genetic evolutionary analyses suggest that genotypes 1, 3, and 4 have spread substantially during the past 100 years.