Введение

Группа транспортных белков

Порины — это бета-баррельные белки, пронизывающие клеточную мембрану и функционирующие как поры, через которые могут диффундировать молекулы. В отличие от других мембранных транспортных белков, порины достаточно велики, чтобы обеспечивать пассивную диффузию, то есть они выступают в роли каналов, специфичных для различных типов молекул. Они обнаружены во внешней мембране грамотрицательных бактерий и некоторых грамположительных микобактерий (актиномицетов, содержащих миколевые кислоты), внешней мембране митохондрий и внешней мембране хлоропластов (внешней пластидной мембране).

Роли клеток

Порины – это заполненные водой поры и каналы, обнаруженные в мембранах бактерий и эукариот. Порин-подобные каналы также были обнаружены у архей. Важно отметить, что термин "нуклеопорин" относится к не связанным с ними белкам, которые обеспечивают транспорт через ядерные поры в ядерной оболочке. Порины в основном участвуют в пассивном транспорте гидрофильных молекул различных размеров и зарядов через мембрану. Для выживания определенные необходимые питательные вещества и субстраты должны поступать в клетки. Аналогично, токсины и отходы должны выводиться, чтобы избежать токсичного накопления. Кроме того, порины могут регулировать проницаемость и предотвращать лизис, ограничивая проникновение детергентов в клетку. Внешняя мембрана более проницаема для гидрофильных веществ благодаря наличию поринов.

Классификация

Согласно TCDB, существует пять эволюционно независимых суперсемейств порин. Суперсемейство порин I включает 47 семейств порин с различным числом трансмембранных β-нитей (β TMS). К ним относятся семейства GBP, SP и RPP. В то время как суперсемейство I (PSF I) включает 47 семейств, PSF II и PSF V содержат всего по 2 семейства. PSF I представлен преимущественно семействами грамотрицательных бактерий и одним семейством эукариотических митохондриальных порин, в то время как порины PSF II и PSF V происходят от Actinomycetota. Порины PSF III и PSF V происходят из органелл эукариот.

Суперсемейство порнов I

1. B.1 Общее семейство бактериальных порин
1. B.2 Семейство хламидийных пор (CP)
1. B.3 Семейство сахарных пор (SP)
1. B.4 Семейство порин Brucella Rhizobium (BRP)
1. B.5 Семейство псевдомонадных OprP пор (POP)
1. B.6 Семейство OmpA OmpF пор (OOP)
1. B.7 Семейство Rhodobacter PorCa пор (RPP)
1. B.8 Семейство митохондриальных и пластидных пор (MPP)
1. B.9 Семейство FadL, белков внешней мембраны (FadL)
1. B.10 Семейство нуклеозид-специфичных каналов, формирующих внешнюю мембрану (Tsx)
1. B.11 Семейство фимбриальных ушеров внешней мембраны (FUP)
1. B.12 Семейство автотранспортеров 1 (AT 1)
1. B.13 Семейство экспортных пор алгината (AEP)
1. B.14 Семейство рецепторов внешней мембраны (OMR)
1. B.15 Семейство раффинозных пор (RafY)
1. B.16 Семейство пор для короткоцепочечных амидов и мочевины (SAP)
1. B.17 Семейство факторов внешней мембраны (OMF)
1. B.18 Семейство вспомогательных белков внешней мембраны (OMA)
1. B.19 Семейство глюкозоселективных пор OprB (OprB)
1. B.20 Семейство секреции двух партнеров (TPS)
1. B.21 Семейство OmpG пор (OmpG)
1. B.22 Семейство секретинов внешней бактериальной мембраны (секретин)
1. B.23 Семейство цианобактериальных пор (CBP)
1. B.24 Микобактериальный порин
1. B.25 Семейство пор внешней мембраны (Opr)
1. B.26 Семейство циклодекстрин-пор (CDP)
1. B.31 Семейство основных пор внешней мембраны Campylobacter jejuni (MomP)
1. B.32 Семейство пор внешней мембраны фузобактерий (FomP)
1. B.33 Семейство пор для встраивания белков внешней мембраны (Bam-комплекс) (OmpIP)
1. B.34 Коринебактериальные пор
1. B.35 Семейство олигогалактуронат-специфичных пор (KdgM)
1. B.39 Семейство бактериальных пор OmpW (OmpW)
1. B.42 Семейство экспортирующих липополисахариды внешней мембраны (LPS EP)
1. B.43 Семейство пор Coxiella P1 (CPP1)
1. B.44 Семейство вероятных транслокационных белков Porphyromonas gingivalis Porin (PorT)
1. B.49 Семейство пор Anaplasma P44 (A P44)
1. B.54 Семейство интимина/инвазина (Int/Inv) или автотранспортера 3
1. B.55 Семейство полиацетилглюкозамин-пор (PgaA)
1. B.57 Семейство крупных белков внешней мембраны Legionella (LM OMP)
1. B.60 Семейство Omp50 пор (Omp50 Porin)
1. B.61 Семейство дельта-протеобактериальных пор (Delta Porin)
1. B.62 Семейство вероятных бактериальных пор (PBP)
1. B.66 Семейство вероятных бета-баррельных пор 2 (BBP2)
1. B.67 Семейство вероятных бета-баррельных пор 4 (BBP4)
1. B.68 Семейство вероятных бета-баррельных пор 5 (BBP5)
1. B.70 Семейство каналов внешней мембраны (OMC)
1. B.71 Семейство протеобактериальных/веррукомикробных пор (PVP)
1. B.72 Семейство протохламидийных пор внешней мембраны (PomS/T)
1. B.73 Семейство капсульного биогенеза/сборки (CBA)
1. B.78 Семейство пор, связанных с транспортом электронов (ETPorin)

Порин Суперсемейство II (Суперсемейство MspA)

1. B.24 Микобактериальный порин
1. B.58 Семейство гетероолигомерных каналов клеточной стенки нокардий (NfpA/B)

Суперсемейство III порин

1. B.28 Семейство поринов внешней оболочки пластид 24 кДа (OEP24)
1. B.47 Семейство поринов внешней оболочки пластид 37 кДа (OEP37)

Порин Суперсемейство IV (Tim17/OEP16/PxMPL (TOP) Суперсемейство)

Это суперсемейство включает белки, формирующие поры в многокомпонентных белковых транслокаторах, а именно: 3. A.8 [Tim17 (P39515) Tim22 (Q12328) Tim23 (P32897)]; 1. B.69 [PXMP4 (Q9Y6I8) PMP24 (A2R8R0)]; 3. D.9 [компонент NDH 21,3 кДа (P25710)].

1. B.30 Семейство поринов внешней оболочки пластид 16 кДа (OEP16)
1. B.69 Семейство пероксисомальных мембранных поринов 4 (PxMP4)
3. A.8 Семейство митохондриальных белковых транслоказ (MPT)

Суперсемейство порин V (суперсемейство коренебактериальных порА/порГ)

1. B.34 Семейство поринов А коринебактерий (PorA)
1. B.59 Семейство внеклеточных мембранных поринов PorH (PorH)