Введение
Семейство бактерий Pasteurellaceae включает в себя большое семейство грамотрицательных бактерий. Большинство представителей обитают как комменсалы на слизистых оболочках птиц и млекопитающих, особенно в верхних дыхательных путях. Pasteurellaceae обычно имеют форму палочек и являются заметной группой факультативных анаэробов. Их биохимические характеристики отличаются от родственных Enterobacteriaceae наличием оксидазы, а от большинства других схожих бактерий – отсутствием жгутиков. Бактерии семейства Pasteurellaceae были классифицированы в несколько родов на основе метаболических свойств, однако эти классификации обычно не точно отражают эволюционные взаимосвязи между различными видами. Haemophilus influenzae был первым организмом, геном которого был секвенирован, и интенсивно изучался генетическими и молекулярными методами. Род Haemophilus – известный человеческий патоген, вызывающий бактериемию, пневмонию, менингит и шанкроид. К другим патогенным представителям семейства Pasteurellaceae относятся виды Aggregatibacter, Mannheimia, Pasteurella и Actinobacillus.
The Pasteurellaceae comprise a large family of Gram negative bacteria. Most members live as commensals on mucosal surfaces of birds and mammals, especially in the upper respiratory tract. Pasteurellaceae are typically rod shaped, and are a notable group of facultative anaerobes. Their biochemical characteristics can be distinguished from the related Enterobacteriaceae by the presence of oxidase, and from most other similar bacteria by the absence of flagella. Bacteria in the family Pasteurellaceae have been classified into a number of genera based on metabolic properties, but these classifications are not generally accurate reflections of the evolutionary relationships between different species. Haemophilus influenzae was the first organism to have its genome sequenced and has been studied intensively by genetic and molecular methodologies. The genus Haemophilus is a notorious human pathogen associated with bacteremia, pneumonia, meningitis and chancroid. Other pathogenic members of the family Pasteurellaceae include Aggregatibacter, Mannheimia, Pasteurella, and Actinobacillus species.
Молекулярные сигнатуры и филогенетическое положение
Сравнительный анализ геномов Pasteurellaceae выявил большое количество (>20) консервированных сигнатурных инделей (CSI) в различных важных белках, которые уникально общие для всех секвенированных видов/штаммов Pasteurellaceae, но не встречаются ни у одной другой бактерии. Основываясь на множестве других CSI, специфичных для подгрупп видов Pasteurellaceae, было предложено разделить семейство как минимум на два клада. Один из предложенных кладов включает Aggregatibacter, Pasteurella, Actinobacillus succinogenes, Haemophilus influenzae, Haemophilus somnus и Mannheimia succiniciproducens, в то время как другой включает Actinobacillus minor, Actinobacillus pleuropneumoniae, Haemophilus ducreyi, Haemophilus parasuis и Mannheimia haemolytica. Молекулярные сигнатуры в виде CSI также использовались для уточнения полифилетического распределения трех основных родов в семействе Pasteurellaceae: Actinobacillus, Haemophilus и Pasteurella. Эти роды демонстрируют выраженную полифилию внутри семейства, однако было установлено, что определенные виды последовательно разделяют CSI, формируя монофилетическую группу в пределах каждого соответствующего рода. Их отличие от всех других порядков подтверждается наличием нескольких консервированных сигнатурных белков (CSP), общих для этих двух порядков и отсутствующих у всех остальных бактерий. Pasteurellales также разделяют дополнительные CSP с Enterobacterales, Vibrionales, Aeromonadales и Alteromonadales, что позволяет более точно определить их эволюционное ветвление и филогенетическое положение среди большого класса Gammaproteobacteria.