Модель Бак-Снеппена: эволюция, самоорганизованная критичность и вымирание видов.
Bak–Sneppen model
Модель Бак-Снеппена: эволюция видов, самоорганизованная критичность, вымирание и прерывистое равновесие. Простое описание и ключевые особенности модели.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Модель Бак-Снеппена – это простая модель коэволюции взаимодействующих видов. Она была разработана для демонстрации того, как самоорганизованная критичность может объяснить ключевые особенности палеонтологической летописи, такие как распределение масштабов событий вымирания и феномен прерывистого равновесия. Модель названа в честь Пера Бака и Кима Снеппена. Динамика модели последовательно исключает наименее приспособленный вид и мутирует его, а также его соседей, чтобы восстановить взаимодействие между видами. Подробное изучение деталей этой модели можно найти в Phys. Rev. E 53, 414–443 (1996). Решаемая версия модели была предложена в Phys. Rev. Lett. 76, 348–351 (1996), которая показывает, что динамика развивается субдиффузионно, обусловленная памятью дальнего радиуса действия. Эвристика локального поиска, основанная на модели Бак-Снеппена и называемая экстремальной оптимизацией, была представлена в работе. Модель Бак-Снеппена была применена к теории научного прогресса.
The Bak–Sneppen model is a simple model of co evolution between interacting species. It was developed to show how self organized criticality may explain key features of the fossil record, such as the distribution of sizes of extinction events and the phenomenon of punctuated equilibrium. It is named after Per Bak and Kim Sneppen. The model dynamics repeatedly eliminates the least adapted species and mutates it and its neighbors to recreate the interaction between species. A comprehensive study of the details of this model can be found in Phys. Rev. E 53, 414–443 (1996). A solvable version of the model has been proposed in Phys. Rev. Lett. 76, 348–351 (1996), which shows that the dynamics evolves sub diffusively, driven by a long range memory. An evolutionary local search heuristic based on the Bak–Sneppen model, called extremal optimization, has been introduced in The Bak–Sneppen model has been applied to the theory of scientific progress.
Описание
Рассматривается N видов, каждый из которых характеризуется коэффициентом пригодности f(i). Виды индексируются целыми числами i, расположенными по кольцу. Алгоритм заключается в выборе вида с наименьшей пригодностью, а затем его замене вместе с двумя ближайшими соседями (предыдущим и следующим по порядку) на новые виды со случайными значениями пригодности. После длительной работы устанавливается минимально необходимый уровень пригодности, ниже которого виды не выживают. Эти длительные процессы называются лавинами, и модель эволюционирует посредством этих лавин, пока не достигнет состояния относительной стабильности, при котором пригодность всех видов превышает определенный порог.
We consider N species, which are associated with a fitness factor f(i). They are indexed by integers i around a ring. The algorithm consists in choosing the least fit species, and then replacing it and its two closest neighbors (previous and next integer) by new species, with a new random fitness. After a long run there will be a minimum required fitness, below which species don't survive. These "long run" events are referred to as avalanches, and the model proceeds through these avalanches until it reaches a state of relative stability where all species' fitness are above a certain threshold.