Пол Ahlquist: Исследования в области РНК-вирусов и онкогенеза

Введение

Американский вирусолог Пол Ахлквист – американский вирусолог, профессор онкологии, молекулярной вирусологии и патологии растений в Университете Висконсина–Мэдисон. Он является заместителем директора по фундаментальным наукам в Центре борьбы с раком Университета Висконсина – Карбон и директором Центра исследований в области вирусологии имени Джона и Жанны Роу в Институте исследований Моргриджа.

Образование

Ахлквист получил степень бакалавра наук в области физики в Университете штата Айова и степень доктора философии в области биофизики в Университете Висконсин-Мэдисон. Его исследования сосредоточены на экспрессии генов РНК-вирусов, и он был исследователем Института Говарда Хьюза (HHMI) с 1997 по 2021 год.

Исследования

Его работа в Университете Висконсина–Мэдисон и Институте исследований Моргриджа посвящена молекулярным механизмам репликации вирусов, взаимодействию с клеткой-хозяином и онкогенезу.

Избранные публикации

Чан Х., Унчванивала Н., Реболедо Виверос А., Пеннингтон Дж., Хорсвилл М., Бродберри Р., Майерс Дж., Ден Бун Дж. А., Грант Т., Ahlquist P. Архитектура корон репликации РНК нодавируса выявляет прекурсор протокороны и конформационное переключение вирусного белка A. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 Jan 31;120(5):e2217412120. doi: 10.1073/pnas.2217412120. PMID 36693094; PMCID: PMC9945985. Ден Бун, Дж. А., Чжан, Х., Унчванивала, Н., Хорсвилл, М., Славик, К., Пеннингтон, Дж., Навин, А., и Ahlquist, П. (2022). Многофункциональный белок A является единственным вирусным белком, необходимым для формирования короны репликации РНК нодавируса. Viruses, 14(12), 2711. https://doi.org/10.3390/v14122711. Эванс, Э. Л., 3-й, Покок, Г. М., Эйнсдорф, Г., Беренс, Р. Т., Добсон, Э. Т. А., Виденманн, М., Биркхольд, С., Ahlquist, П., Элисеири, К. В., и Шерер, Н. М. (2022). HIV RGB: Автоматизированный анализ отдельных клеток ВИЧ-1 Rev-зависимого экспорта РНК из ядра и трансляции с использованием обработки изображений в KNIME. Viruses, 14(5), 903. https://doi.org/10.3390/v14050903. Олбрайт, Э. Р., Моррисон, К., Рангатан, П., Картер, Д. М., Нисикиори, М., Ли, Дж. Х., Слейтон, М. Д., Ahlquist, П., Терхуне, С. С., и Калехта, Р. Ф. (2022). Литическая инфекция цитомегаловируса человека ингибирует репликативный гистоновый синтез и требует функции белка, связывающего петлю-шпильку. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119(14), e2122174119. https://doi.org/10.1073/pnas.2122174119. Беннер, Б. Э., Брюс, Дж. В., Кентала, Дж. Р., Мюррей, М., Беккер, Дж. Т., Гарсия Миранда, П., Ahlquist, П., Бутчер, С. Э., и Шерер, Н. М. (2022). Нарушение частоты рибосомного сдвига кадров ВИЧ-1 выявляет цис-предпочтение для включения Gag-Pol в собирающиеся вирионы. Journal of virology, 96(1), e0134921. https://doi.org/10.1128/JVI.0134921. Unchwaniwala, N., Zhan, H., den Boon, J. A., и Ahlquist, P. (2021). Криоэлектронная микроскопия органелл репликации РНК нодавируса проясняет репликацию генома РНК с положительной нитью. Current opinion in virology, 51, 74–79. https://doi.org/10.1016/j.coviro.2021.09.008. Unchwaniwala, N., Zhan, H., Pennington, J., Horswill, M., den Boon, J. A., и Ahlquist, P. (2020). Криоэлектронная структура субдомена коронового комплекса репликационного белка A нодавируса обеспечивает механистические представления о репликации РНК-генома. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117(31), 18680–18691. https://doi.org/10.1073/pnas.2006165117. Нисикиори, М., и Ahlquist, P. (2018). Зависимость просвета органелл от репликации вируса РНК (+) нитью выявляет скрытую лекарственную мишень. Science advances, 4(1), eaap8258. https://doi.org/10.1126/sciadv.aap8258. Ден Бун, Дж. А., Пьон, Д., Ван, С. С., Хорсвилл, М., Шиффман, М., Шерман, М., Зуна, Р. Э., Ван, З., Хьюитт, С. М., Пирсон, Р., Шотт, М., Чунг, Л., Он, К., Ламберт, П., Уокер, Дж., Ньютон, М. А., Вентзенсен, Н., и Ahlquist, P. (2015). Молекулярные переходы от инфекции папилломавирусом к предраку шейки матки и раку: роль сигнализации стромального эстрогенового рецептора. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112(25), E3255–E3264. https://doi.org/10.1073/pnas.1509322112. Giménez Barcons, M., Alves Rodrigues, I., Jungfleisch, J., Van Wynsberghe, P. M., Ahlquist, P., и Díez, J. Активаторы клеточного декапирования LSm1, Pat1 и Dhh1 контролируют соотношение субгеномных и геномных РНК вируса стада. J. Virol., 87(11): 6192–6200, 2013. Seidel, S., Bruce, J., Leblanc, M., Lee, K. F., Fan, H., Ahlquist, P., и Young, J. A. T. У мышей с нокаутом ZASC1 наблюдается ранний специфический дефект костного мозга при репликации вируса мышиной лейкемии. Virol. J., 10(1): 130, 2013. Diaz, A., и Ahlquist, P. Роль хозяинских белков ретикулона в перестройке мембран для репликации вируса РНК с положительной нитью. Curr. Opin. Microbiol., 15: 519–524, 2012. Diaz, A., Gallei, A., и Ahlquist, P. Формирование репликационного компартмента Бромавирусной РНК требует согласованных действий самовзаимодействующих доменов RNA Capping и Helicase 1a. J. Virol., 86: 821–834, 2012. Huang, H. S., Pyeon, D., Pearce, S. M., Lank, S. M., Griffin, L. M., Ahlquist, P., и Lambert, P. F. Новые противовирусные препараты ингибируют ранние стадии инфекции ВПЧ. Antiviral Res., 93: 280–287, 2012. Wen, Z., Pyeon, D., Wang, Y., Lambert, P., Xu, W., и Ahlquist, P. Ядерный рецептор PNR/NR2E3 стимулирует функции p53 путем усиления ацетилирования p53. Mol. Cell. Biol., 32: 26–35, 2012. Zhang, J., Diaz, A., Mao, L., Ahlquist, P., и Wang, X. Хозяинский белок, связывающий ацил-КоА, регулирует сборку и активность репликационного комплекса вируса РНК с положительной нитью. J. Virol., 86: 5110–5121, 2012. Gancarz, B. L., Hao, L., He, Q., Newton, M. A., и Ahlquist, P. Систематическая идентификация новых, важных генов хозяина, влияющих на репликацию Бромовирусной РНК. PLoS One, 6(8):e23988, 2011. Scholthof, K. B. G., Adkins, S., Czosnek, H., Palukaitis, P., Jacquot, E., Hohn, T., Hohn, B., Saunders, K., Candresse, T., Ahlquist, P., Hemenway, C., и Foster, G. D. Топ-10 растительных вирусов в молекулярной патологии растений. Mol. Plant Pathol., 12: 938–954, 2011. Wang, X., Diaz, A., Hao, L., Gancarz, B., den Boon, J. A., и Ahlquist, P. Пересечение пути мультивзикулярного тела и липидного гомеостаза при репликации РНК вируса с положительной нитью. J. Virol., 85: 5494–5503, 2011.

Zhan H., Unchwaniwala N., Rebolledo Viveros A., Pennington J., Horswill M., Broadberry R., Myers J., den Boon J. A , Grant T., Ahlquist P. Nodavirus RNA replication crown architecture reveals proto crown precursor and viral protein A conformational switching. Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 Jan 31;120(5):e2217412120. doi: 10.1073/pnas.2217412120. PMID 36693094; PMCID: PMC9945985. den Boon, J. A., Zhan, H., Unchwaniwala, N., Horswill, M., Slavik, K., Pennington, J., Navine, A., & Ahlquist, P. (2022). Multifunctional Protein A Is the Only Viral Protein Required for Nodavirus RNA Replication Crown Formation. Viruses, 14(12), 2711. https://doi. org/10.3390/v14122711. Evans, E. L., 3rd, Pocock, G. M., Einsdorf, G., Behrens, R. T., Dobson, E. T. A., Wiedenmann, M., Birkhold, C., Ahlquist, P., Eliceiri, K. W., & Sherer, N. M. (2022). HIV RGB: Automated Single Cell Analysis of HIV 1 Rev Dependent RNA Nuclear Export and Translation Using Image Processing in KNIME. Viruses, 14(5), 903. https://doi. org/10.3390/v14050903. Albright, E. R., Morrison, K., Ranganathan, P., Carter, D. M., Nishikiori, M., Lee, J. H., Slayton, M. D., Ahlquist, P., Terhune, S. S., & Kalejta, R. F. (2022). Human cytomegalovirus lytic infection inhibits replication dependent histone synthesis and requires stem loop binding protein function. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119(14), e2122174119. https://doi. org/10.1073/pnas.2122174119. Benner, B. E., Bruce, J. W., Kentala, J. R., Murray, M., Becker, J. T., Garcia Miranda, P., Ahlquist, P., Butcher, S. E., & Sherer, N. M. (2022). Perturbing HIV 1 Ribosomal Frameshifting Frequency Reveals a cis Preference for Gag Pol Incorporation into Assembling Virions. Journal of virology, 96(1), e0134921. https://doi. org/10.1128/JVI.01349 21. Unchwaniwala, N., Zhan, H., den Boon, J. A., & Ahlquist, P. (2021). Cryo electron microscopy of nodavirus RNA replication organelles illuminates positive strand RNA virus genome replication. Current opinion in virology, 51, 74–79. https://doi. org/10.1016/j. coviro.2021.09.008. Unchwaniwala, N., Zhan, H., Pennington, J., Horswill, M., den Boon, J. A., & Ahlquist, P. (2020). Subdomain cryo EM structure of nodaviral replication protein A crown complex provides mechanistic insights into RNA genome replication. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117(31), 18680–18691. https://doi. org/10.1073/pnas.2006165117. Nishikiori, M., & Ahlquist, P. (2018). Organelle luminal dependence of (+)strand RNA virus replication reveals a hidden druggable target. Science advances, 4(1), eaap8258. https://doi. org/10.1126/sciadv. aap8258. den Boon, J. A., Pyeon, D., Wang, S. S., Horswill, M., Schiffman, M., Sherman, M., Zuna, R. E., Wang, Z., Hewitt, S. M., Pearson, R., Schott, M., Chung, L., He, Q., Lambert, P., Walker, J., Newton, M. A., Wentzensen, N., & Ahlquist, P. (2015). Molecular transitions from papillomavirus infection to cervical precancer and cancer: Role of stromal estrogen receptor signaling. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112(25), E3255–E3264. https://doi. org/10.1073/pnas.1509322112. Giménez Barcons, M., Alves Rodrigues, I., Jungfleisch, J., Van Wynsberghe, P. M., Ahlquist, P., and Díez, J. The Cellular Decapping Activators LSm1, Pat1, and Dhh1 Control the Ratio of Subgenomic to Genomic Flock House Virus RNAs. J. Virol., 87(11): 6192 6200, 2013. Seidel, S., Bruce, J., Leblanc, M., Lee, K. F., Fan, H., Ahlquist, P., and Young, J. A. T. ZASC1 Knockout Mice Exhibit an Early Bone Marrow Specific Defect in Murine Leukemia Virus Replication. Virol. J., 10(1): 130, 2013. Diaz, A., and Ahlquist, P. Role of Host Reticulon Proteins in Rearranging Membranes for Positive Strand RNA Virus Replication. Curr. Opin. Microbiol., 15: 519 524, 2012. Diaz, A., Gallei, A., and Ahlquist, P. Bromovirus RNA Replication Compartment Formation Requires Concerted Action of 1a’s Self Interacting RNA Capping and Helicase Domains. J. Virol., 86: 821 834, 2012. Huang, H. S., Pyeon, D., Pearce, S. M., Lank, S. M., Griffin, L. M., Ahlquist, P., and Lambert, P. F. Novel Antivirals Inhibit Early Steps in HPV Infection. Antiviral Res., 93: 280 287, 2012. Wen, Z., Pyeon, D., Wang, Y., Lambert, P., Xu, W., and Ahlquist, P. Orphan Nuclear Receptor PNR/NR2E3 Stimulates p53 Functions by Enhancing p53 Acetylation. Mol. Cell. Biol., 32: 26 35, 2012. Zhang, J., Diaz, A., Mao, L., Ahlquist, P., and Wang, X. Host Acyl Coenzyme A Binding Protein Regulates Replication Complex Assembly and Activity of a Positive Strand RNA Virus. J. Virol., 86: 5110 5121, 2012. Gancarz, B. L., Hao, L., He, Q., Newton, M. A., and Ahlquist, P. Systematic Identification of Novel, Essential Host Genes Affecting Bromovirus RNA Replication. PLoS One, 6(8):e23988, 2011. Scholthof, K. B. G., Adkins, S., Czosnek, H., Palukaitis, P., Jacquot, E., Hohn, T., Hohn, B., Saunders, K., Candresse, T., Ahlquist, P., Hemenway, C., and Foster, G. D. Top 10 Plant Viruses in Molecular Plant Pathology. Mol. Plant Pathol., 12: 938 954, 2011. Wang, X., Diaz, A., Hao, L., Gancarz, B., den Boon, J. A., and Ahlquist, P. Intersection of the Multivesicular Body Pathway and Lipid Homeostasis in RNA Replication by a Positive Strand RNA Virus. J. Virol., 85: 5494 5503, 2011.