Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Вирустар туысы
Genus of viruses
Мимивирус – Мимивирустар тұқымдасына жататын алып вирустардың туысы. Олардың табиғи иелері – амебалар. Бұл туыста Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV) деп аталатын бір ғана анықталған түрі бар. Сондай-ақ, бұл филогенетикалық жақындығы бар ірі вирустар тобын да білдіреді. Күнделікті сөйлеуде APMV көбінесе жай ғана "мимивирус" деп аталады. "Мимикалық микроб" деген сөздің қысқартылған түрі – мимивирус, оның үлкен өлшемдері мен көзге көрінетін граммдық боялу қасиеттерін көрсетеді. Мимивирустың геномы көптеген басқа вирустармен салыстырғанда ірі және күрделі. 2013 жылға дейін, Pandoravirus сияқты одан да үлкен вирус сипатталғанға дейін, ол барлық белгілі вирустардың ең үлкен капсид диаметріне ие болды.
Mimivirus is a genus of giant viruses, in the family Mimiviridae. Amoeba serve as their natural hosts. This genus contains a single identified species named Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV). It also refers to a group of phylogenetically related large viruses. In colloquial speech, APMV is more commonly referred to as just "mimivirus". Mimivirus, short for "mimicking microbe", is so called to reflect its large size and apparent Gram staining properties. Mimivirus has a large and complex genome compared with most other viruses. Until 2013, when a larger virus Pandoravirus was described, it had the largest capsid diameter of all known viruses.
Тарих
АПМВ 1992 жылы Марсель және Лидс қалаларындағы зерттеушілер легионеллезді зерттеу барысында Acanthamoeba polyphaga амебасының ішінде кездейсоқ табылды, және осы амебаның атымен аталды. Вирус Грам-бояуында бактерия сияқты көрініп, қате түрде Грам-оң бактерия деп ойылды. Осының салдарынан, амебаның шыққан жері – Англияның Брэдфорд қаласының атымен Брэдфордкокк деп аталды. 2003 жылы Францияның Марсель қаласындағы Жер ортасы университетінің зерттеушілері "Science" журналында осы микроорганизмнің вирус екенін жариялаған мақала шығарды. Ол Грам-бояуында бактерияға ұқсағандықтан "мимивирус" ("құпия микроб") деп аталды. Мимивирусты ашқан команда кейіннен одан сәл үлкенірек "мамавирус" және оны жұқтыратын "Спутник" вируфагын тапты.
APMV was discovered accidentally in 1992 within the amoeba Acanthamoeba polyphaga, after which it is named, during research into legionellosis by researchers from Marseille and Leeds. The virus was observed in a Gram stain and mistakenly thought to be a Gram positive bacterium. As a consequence it was named Bradfordcoccus, after Bradford, England, where the amoeba had originated. In 2003, researchers at the Université de la Méditerranée in Marseille, France, published a paper in Science identifying the micro organism as a virus. It was given the name "mimivirus" (for "mimicking microbe") as it resembles a bacterium on Gram staining. The same team that discovered the mimivirus later discovered a slightly larger virus, dubbed the mamavirus, and the Sputnik virophage that infects it.
Жіктеу
Мимивирусты вирустардың таксономиясы жөніндегі халықаралық комитет Мимивирустар тұқымдасына жатқызды және Балтимор жіктеу жүйесінің І тобына енгізді. Мимивирустың жіктелуі қатаң әдіс болмаса да, ол нуклеоцитоплазмалық ірі ДНҚ вирустары (NCLDV) деп аталатын үлкен вирустар тобына жатады. Бұл вирустардың барлығында молекулалық ерекшеліктері мен үлкен геномдары болады. Мимивирустың геномында NCLDV-нің көпшілігінде жоғары сақталған ақуыздарға гомологты кодтайтын 21 ген бар. Сонымен қатар, зерттеулер мимивирустың жалпы NCLDV тобының ертедегі тармағы екенін көрсетеді. Вирустың сыртқы қаптамасы жоққа шығарылған, бұл оның экзоцитоз арқылы жасушадан шықпайтынын білдіреді. Мимивирус NCLDV вирустары тобының барлық мүшелерімен бірнеше морфологиялық ерекшеліктерді бөліседі. Вирионның тығыз орталық ядросы электронды микроскопта қараңғы аймақ ретінде көрінеді, ал вирустың үлкен геномы осы аймақта орналасқан. Орталық ядроны қоршаған ішкі липидтік қабат басқа барлық NCLDV вирустарында кездеседі, сондықтан бұл ерекшелік мимивируста да болуы мүмкін. Бұл оны белгілі ең үлкен вирустық геномдардың біріне айналдырады, ол Cafeteria roenbergensis вирусының геномынан шамамен 450 000 негіз жұбымен асып түседі. Бұдан өзге, ол кемінде 30 клеткалық кладан үлкен. Геномның үлкен өлшеміне қоса, мимивирус шамамен 979 ақуызды кодтайтын генге ие, бұл вирустың тірі қалуы үшін қажетті ең төменгі 4 геннен әлдеқайда көп (мысалы, MS2 және Qβ вирустары). Геномды талдау нәтижесінде басқа вирустарда кездеспейтін гендер анықталды, оның ішінде аминоацил-тРНК синтетазалары және бұрын тек жасушалық организмдерде ғана кездесетін деп есептелген гендер бар. Басқа ірі ДНҚ вирустары сияқты, мимивируста да қант, липидтер және аминқышқылдар метаболизмі үшін гендер, сондай-ақ басқа вирустарда табылмайтын метаболизм гендері бар. Дегенмен, мимивирустың патоген ретінде жіктелуі әзірге күмәнді, себебі мимивирусты пневмонияның нақты жағдайларымен байланыстыратын бірнеше ғана мақала жарияланған. Пневмонияның көптеген жағдайларының себебі белгісіз, бірақ мимивирус пневмониямен ауырған тунистік әйелден оқшауланды. Мимивирустың макрофагтарды жұқтыра алатынына дәлелдер бар.
Mimivirus has been placed into a viral family by the International Committee on Taxonomy of Viruses as a member of the Mimiviridae, and has been placed into Group I of the Baltimore classification system. Although not strictly a method of classification, mimivirus joins a group of large viruses known as nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDV). They are all large viruses which share both molecular characteristics and large genomes. The mimivirus genome also possesses 21 genes encoding homologs to proteins which are seen to be highly conserved in the majority of NCLDVs, and further work suggests that mimivirus is an early divergent of the general NCLDV group. It does not appear to possess an outer viral envelope, suggesting that the virus does not exit the host cell by exocytosis. Mimivirus shares several morphological characteristics with all members of the NCLDV group of viruses. The condensed central core of the virion appears as a dark region under the electron microscope. The large genome of the virus resides within this area. An internal lipid layer surrounding the central core is present in all other NCLDV viruses, so this features may also be present in mimivirus. This makes it one of the largest viral genomes known, outstripping the next largest virus genome of the Cafeteria roenbergensis virus by about 450,000 base pairs. In addition, it is larger than at least 30 cellular clades. In addition to the large size of the genome, mimivirus possesses an estimated 979 protein coding genes, far exceeding the minimum 4 genes required for viruses to exist (c. f. MS2 and Qβ viruses). Analysis of its genome revealed the presence of genes not seen in any other viruses, including aminoacyl tRNA synthetases, and other genes previously thought only to be encoded by cellular organisms. Like other large DNA viruses, mimivirus contains several genes for sugar, lipid and amino acid metabolism, as well as some metabolic genes not found in any other virus. However, the classification of mimivirus as a pathogen is tenuous at present as there have been only a couple of papers published potentially linking mimivirus to actual cases of pneumonia. A significant fraction of pneumonia cases are of unknown cause, though a mimivirus has been isolated from a Tunisian woman suffering from pneumonia. There is evidence that mimivirus can infect macrophages.