Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Род вирусов
Genus of viruses
Мимивирус – это род гигантских вирусов из семейства Мимивириды. Амебы служат их естественными хозяевами. Этот род включает в себя один идентифицированный вид – Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV). Он также относится к группе филогенетически родственных крупных вирусов. В обиходе APMV чаще называют просто "мимивирусом". Название "мимивирус", сокращение от "мимикрирующий микроб", отражает его большой размер и кажущиеся свойства окрашивания по Граму. Геном мимивируса крупный и сложный по сравнению с геномами большинства других вирусов. До 2013 года, когда был описан более крупный вирус Пандоравирус, он обладал самым большим диаметром капсида среди всех известных вирусов.
Mimivirus is a genus of giant viruses, in the family Mimiviridae. Amoeba serve as their natural hosts. This genus contains a single identified species named Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV). It also refers to a group of phylogenetically related large viruses. In colloquial speech, APMV is more commonly referred to as just "mimivirus". Mimivirus, short for "mimicking microbe", is so called to reflect its large size and apparent Gram staining properties. Mimivirus has a large and complex genome compared with most other viruses. Until 2013, when a larger virus Pandoravirus was described, it had the largest capsid diameter of all known viruses.
История
APMV был случайно обнаружен в 1992 году в амебе Acanthamoeba polyphaga, в честь которой он и был назван, в ходе исследований легионеллеза учеными из Марселя и Лидса. Вирус был замечен при окраске по Граму и ошибочно принят за грамположительную бактерию. В результате ему было дано название Bradfordcoccus, в честь города Брэдфорд (Англия), откуда была взята амеба. В 2003 году исследователи из Университета Средиземноморья в Марселе (Франция) опубликовали статью в журнале Science, идентифицирующую этот микроорганизм как вирус. Он получил название "мимивирус" (от "мимикрирующий микроб"), поскольку при окраске по Граму он напоминает бактерию. Та же команда, обнаружившая мимивирус, впоследствии обнаружила немного более крупный вирус, названный мамавирусом, и вирусофаг Sputnik, который его инфицирует.
APMV was discovered accidentally in 1992 within the amoeba Acanthamoeba polyphaga, after which it is named, during research into legionellosis by researchers from Marseille and Leeds. The virus was observed in a Gram stain and mistakenly thought to be a Gram positive bacterium. As a consequence it was named Bradfordcoccus, after Bradford, England, where the amoeba had originated. In 2003, researchers at the Université de la Méditerranée in Marseille, France, published a paper in Science identifying the micro organism as a virus. It was given the name "mimivirus" (for "mimicking microbe") as it resembles a bacterium on Gram staining. The same team that discovered the mimivirus later discovered a slightly larger virus, dubbed the mamavirus, and the Sputnik virophage that infects it.
Классификация
Мимивирус был отнесен Международным комитетом по таксономии вирусов к вирусному семейству Мимивириды и помещен в группу I системы классификации Балтимора. Хотя мимивирус не является строгим методом классификации, он входит в группу крупных вирусов, известных как нуклеоцитоплазматические крупные ДНК-вирусы (NCLDV). Все они – крупные вирусы, обладающие как молекулярными характеристиками, так и большими геномами. Геном мимивируса также содержит 21 ген, кодирующий гомологи белков, которые высоко консервативны у большинства NCLDV, и дальнейшие исследования показывают, что мимивирус является ранним дивергентом в общей группе NCLDV. Вирус, по-видимому, не имеет внешней вирусной оболочки, что позволяет предположить, что он не покидает клетку-хозяина путем экзоцитоза. Мимивирус разделяет несколько морфологических характеристик со всеми членами группы вирусов NCLDV. Конденсированное центральное ядро вириона выглядит как темная область под электронным микроскопом, и большая часть генома вируса находится в этой области. Внутренний липидный слой, окружающий центральное ядро, присутствует у всех остальных вирусов NCLDV, поэтому он также может присутствовать и у мимивируса. Это делает его одним из крупнейших известных вирусных геномов, превосходя по размеру геном вируса *Cafeteria roenbergensis* примерно на 450 000 пар оснований. Кроме того, он больше, чем геномы как минимум 30 клеточных клад. Помимо большого размера генома, мимивирус обладает приблизительно 979 генами, кодирующими белки, что значительно превышает минимальное количество в 4 гена, необходимое для существования вирусов (например, вирусы MS2 и Qβ). Анализ его генома выявил наличие генов, не встречающихся ни у каких других вирусов, включая аминоацил-тРНК-синтетазы и другие гены, которые ранее считались кодируемыми только клеточными организмами. Как и другие крупные ДНК-вирусы, мимивирус содержит несколько генов, отвечающих за метаболизм сахаров, липидов и аминокислот, а также некоторые метаболические гены, не обнаруженные ни у одного другого вируса. Однако классификация мимивируса как патогена в настоящее время остается неопределенной, поскольку опубликовано лишь несколько работ, потенциально связывающих мимивирус с реальными случаями пневмонии. Значительная доля случаев пневмонии имеет неизвестную этиологию, хотя мимивирус был выделен у тунисской женщины, страдающей пневмонией. Есть данные о том, что мимивирус способен инфицировать макрофаги.
Mimivirus has been placed into a viral family by the International Committee on Taxonomy of Viruses as a member of the Mimiviridae, and has been placed into Group I of the Baltimore classification system. Although not strictly a method of classification, mimivirus joins a group of large viruses known as nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDV). They are all large viruses which share both molecular characteristics and large genomes. The mimivirus genome also possesses 21 genes encoding homologs to proteins which are seen to be highly conserved in the majority of NCLDVs, and further work suggests that mimivirus is an early divergent of the general NCLDV group. It does not appear to possess an outer viral envelope, suggesting that the virus does not exit the host cell by exocytosis. Mimivirus shares several morphological characteristics with all members of the NCLDV group of viruses. The condensed central core of the virion appears as a dark region under the electron microscope. The large genome of the virus resides within this area. An internal lipid layer surrounding the central core is present in all other NCLDV viruses, so this features may also be present in mimivirus. This makes it one of the largest viral genomes known, outstripping the next largest virus genome of the Cafeteria roenbergensis virus by about 450,000 base pairs. In addition, it is larger than at least 30 cellular clades. In addition to the large size of the genome, mimivirus possesses an estimated 979 protein coding genes, far exceeding the minimum 4 genes required for viruses to exist (c. f. MS2 and Qβ viruses). Analysis of its genome revealed the presence of genes not seen in any other viruses, including aminoacyl tRNA synthetases, and other genes previously thought only to be encoded by cellular organisms. Like other large DNA viruses, mimivirus contains several genes for sugar, lipid and amino acid metabolism, as well as some metabolic genes not found in any other virus. However, the classification of mimivirus as a pathogen is tenuous at present as there have been only a couple of papers published potentially linking mimivirus to actual cases of pneumonia. A significant fraction of pneumonia cases are of unknown cause, though a mimivirus has been isolated from a Tunisian woman suffering from pneumonia. There is evidence that mimivirus can infect macrophages.