Грипп эволюциясын зерттеу жобасы: 2004 жылдан бері жүргізіліп келе жатқан IGSP жобасы грипп вирустарының геномдық деректерін анықтап, GenBank арқылы жариялап келеді.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
Грипптің эволюциясын зерттеу жөніндегі ХХІ ғасыр жобасы 2004 жылдың басында басталған Грипп геномдарын тізбектеу жобасы (IGSP) түрлердің әртүрлі таралуын көрсететін оқшауланған үлгілерден алынған толық грипп геномдарының тізбектерін ұсыну арқылы грипп эволюциясын зерттеуді мақсат етеді. Жобаны Ұлттық денсаулық сақтау институтының (NIH) бөлімшесі – Ұлттық аллергия және инфекциялық аурулар институты (NIAID) қаржыландырады және ол Геномдық зерттеулер институтында (TIGR, 2006 жылы Вентер институты болып өзгерді) NIAID микробиологиялық тізбектеу орталығында жүзеге асырылады. Жоба арқылы алынған тізбектеу туралы ақпарат GenBank арқылы үнемі қоғамға ашық қолжетімді етуде.
Early 21st Century Project for Investigation of Influenza Evolution
The Influenza Genome Sequencing Project (IGSP), initiated in early 2004, seeks to investigate influenza evolution by providing a public data set of complete influenza genome sequences from collections of isolates representing diverse species distributions. The project is funded by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), a division of the National Institutes of Health (NIH), and has been operating out of the NIAID Microbial Sequencing Center at The Institute for Genomic Research (TIGR, which in 2006 became The Venter Institute). Sequence information generated by the project has been continually placed into the public domain through GenBank.
Шығу тегі
2003 жылдың соңында Дэвид Липман, Лон Симонсен, Стивен Зальцберг және басқа ғалымдардан құралған консорциум Геномикалық зерттеулер институтында (TIGR) көптеген тұмау вирустарының геномдарын анықтауды бастау туралы ұсыныс жазды. Бұл жобаға дейін тек бірнеше тұмау геномдары ғана қолжетімді болған. Олардың ұсынысын Ұлттық денсаулық сақтау институты (NIH) мақұлдады, және ол кейін IGSP жобасы ретінде танылды. Элоди Гедин басшылығымен жаңа технологияны әзірлеу сол жылдың соңында TIGR-де басталды, ал 100-ден астам тұмау геномдарын сипаттаған алғашқы мақала 2005 жылы Nature журналында жарияланды.
In late 2003, David Lipman, Lone Simonsen, Steven Salzberg, and a consortium of other scientists wrote a proposal to begin sequencing large numbers of influenza viruses at The Institute for Genomic Research (TIGR). Prior to this project, only a handful of flu genomes were publicly available. Their proposal was approved by the National Institutes of Health (NIH), and would later become the IGSP. New technology development led by Elodie Ghedin began at TIGR later that year, and the first publication describing > 100 influenza genomes appeared in 2005 in the journal Nature
Зерттеу мақсаттары
Жоба барлық реттік деректерін GenBank арқылы, халықаралық, NIH қаржыландыратын, іздеуге болатын онлайн деректер базасы арқылы жалпы қолжетімді етеді. Бұл зерттеу халықаралық зерттеушілерге жаңа вакциналар, емдеулер және диагностикалық құралдарды әзірлеуге қажетті ақпаратты ұсынуға, сондай-ақ тұмаудың жалпы молекулалық эволюциясын және оның вируленттілігін анықтайтын басқа да генетикалық факторларды түсінуді жетілдіруге көмектеседі. Мұндай білім жыл сайынғы тұмау эпидемияларының салдарына қарсы күресуге ғана емес, сонымен қатар пандемиялық тұмау вирустарының пайда болуы туралы ғылыми білімді кеңейтуге де мүмкіндік береді.
The project makes all sequence data publicly available through GenBank, an international, NIH funded, searchable online database. This research helps to provide international researchers with the information needed to develop new vaccines, therapies and diagnostics, as well as improve understanding of the overall molecular evolution of Influenza and other genetic factors that determine their virulence. Such knowledge could not only help mitigate the impact of annual influenza epidemics, but could also improve scientific knowledge of the emergence of pandemic influenza viruses.
Нәтижелер
2005 жылдың наурыз айында жоба алғашқы геномдарын аяқтады және одан бері қарқынды дамуда. 2008 жылдың ортасына қарай, адамдарда ("адам тұмауы"), құстарда ("құс тұмауы") және шошқаларда ("шошқа тұмауы") эндемикалық болатын тұмау вирустарының 3000-нан астам изоляты толық секвенцияланды, соның ішінде H3N2 (адам), H1N1 (адам) және H5N1 (құс) штамдарының көптеген түрлері. 2006 жылы Ауруларды бақылау және алдын алу орталығының (CDC) Нэнси Кокс және Бейлор медицина колледжінің Роберт Коуч та жобаға қосылып, 150-ден астам В тұмауы изолятын ұсынды. Жоба 2007 жылғы тұмау маусымын зерттеуді Бостон балалар ауруханасының Флоренс Буржуа және Кеннет Мандл, Гарвард қоғамдық денсаулық мектебі және Surveillance Data Inc. компаниясының Лорел Эдельманмен бірлесіп бастады.
The project completed its first genomes in March 2005 and has rapidly accelerated since. By mid 2008, over 3000 isolates had been completely sequenced from influenza viruses that are endemic in human ("human flu") avian ("bird flu") and swine ("swine flu") populations, including many strains of H3N2 (human), H1N1 (human), and H5N1 (avian). Nancy Cox from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and Robert Couch from Baylor College of Medicine also joined the project in 2006, contributing over 150 influenza B isolates. The project began prospective studies of the 2007 influenza season with collaborators Florence Bourgeois and Kenneth Mandl of Children's Hospital Boston and the Harvard School of Public Health and Laurel Edelman of Surveillance Data Inc.