Проект геномного секвенирования гриппа: изучение эволюции вирусов гриппа в начале XXI века.
Influenza Genome Sequencing Project
Исследование эволюции гриппа: проект секвенирования геномов вирусов гриппа (IGSP). Открытые данные, NIAID, GenBank. Важная информация для ученых и исследователей.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Содержание
Введение
Проект по исследованию эволюции гриппа в начале XXI века
Early 21st Century Project for Investigation of Influenza Evolution
Проект по секвенированию генома гриппа (IGSP), начатый в начале 2004 года, направлен на изучение эволюции вирусов гриппа путем создания общедоступного набора данных, содержащего полные последовательности геномов гриппа, полученные из коллекций изолятов, представляющих разнообразие видов и географическое распространение. Проект финансируется Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), входящим в состав Национального института здравоохранения (NIH), и осуществляется в Центре микробиологического секвенирования NIAID при Институте геномных исследований (TIGR, который в 2006 году был переименован в Институт Вентера). Данные о последовательностях, полученные в рамках проекта, постоянно публикуются в открытом доступе через базу данных GenBank.
The Influenza Genome Sequencing Project (IGSP), initiated in early 2004, seeks to investigate influenza evolution by providing a public data set of complete influenza genome sequences from collections of isolates representing diverse species distributions. The project is funded by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), a division of the National Institutes of Health (NIH), and has been operating out of the NIAID Microbial Sequencing Center at The Institute for Genomic Research (TIGR, which in 2006 became The Venter Institute). Sequence information generated by the project has been continually placed into the public domain through GenBank.
Происхождение
В конце 2003 года Дэвид Липман, Лон Симонсен, Стивен Зальцберг и консорциум других ученых представили предложение о начале секвенирования большого числа вирусов гриппа в Институте геномных исследований (TIGR). До начала этого проекта лишь небольшое количество геномов гриппа находилось в открытом доступе. Их предложение было одобрено Национальными институтами здоровья (NIH) и впоследствии стало известно как IGSP. Разработка новых технологий под руководством Элоди Гедин началась в TIGR позднее в том же году, а первая публикация с описанием более 100 геномов гриппа вышла в 2005 году в журнале Nature.
In late 2003, David Lipman, Lone Simonsen, Steven Salzberg, and a consortium of other scientists wrote a proposal to begin sequencing large numbers of influenza viruses at The Institute for Genomic Research (TIGR). Prior to this project, only a handful of flu genomes were publicly available. Their proposal was approved by the National Institutes of Health (NIH), and would later become the IGSP. New technology development led by Elodie Ghedin began at TIGR later that year, and the first publication describing > 100 influenza genomes appeared in 2005 in the journal Nature
Цели исследований
Проект делает все данные о последовательностях общедоступными через GenBank – международную онлайн-базу данных, финансируемую NIH и поддерживающую поиск по ней. Это исследование помогает предоставить международным ученым информацию, необходимую для разработки новых вакцин, методов терапии и диагностики, а также для углубления понимания молекулярной эволюции гриппа и других генетических факторов, определяющих его вирулентность. Эти знания могут не только способствовать снижению последствий ежегодных эпидемий гриппа, но и расширить научные представления о возникновении пандемических штаммов гриппа.
The project makes all sequence data publicly available through GenBank, an international, NIH funded, searchable online database. This research helps to provide international researchers with the information needed to develop new vaccines, therapies and diagnostics, as well as improve understanding of the overall molecular evolution of Influenza and other genetic factors that determine their virulence. Such knowledge could not only help mitigate the impact of annual influenza epidemics, but could also improve scientific knowledge of the emergence of pandemic influenza viruses.
Результаты
Проект завершил секвенирование первых геномов в марте 2005 года и с тех пор значительно ускорился. К середине 2008 года было полностью секвенировано более 3000 изолятов вирусов гриппа, эндемичных для людей ("человеческий грипп"), птиц ("птичий грипп") и свиней ("свиной грипп"), включая множество штаммов H3N2 (человека), H1N1 (человека) и H5N1 (птицы). Нэнси Кокс из Центров по контролю и профилактике заболеваний (CDC) и Роберт Коуч из Медицинского колледжа Бейлора присоединились к проекту в 2006 году, предоставив более 150 изолятов вируса гриппа B. В 2007 году проект начал проспективные исследования сезона гриппа совместно с Флоренс Буржуа и Кеннетом Мандлом из детской больницы Бостона и Гарвардской школы общественного здравоохранения, а также с Лорел Эдельман из Surveillance Data Inc.
The project completed its first genomes in March 2005 and has rapidly accelerated since. By mid 2008, over 3000 isolates had been completely sequenced from influenza viruses that are endemic in human ("human flu") avian ("bird flu") and swine ("swine flu") populations, including many strains of H3N2 (human), H1N1 (human), and H5N1 (avian). Nancy Cox from the Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and Robert Couch from Baylor College of Medicine also joined the project in 2006, contributing over 150 influenza B isolates. The project began prospective studies of the 2007 influenza season with collaborators Florence Bourgeois and Kenneth Mandl of Children's Hospital Boston and the Harvard School of Public Health and Laurel Edelman of Surveillance Data Inc.