Жасырын герпес вирусының РНҚ транскрипті және CTCF байланысы
HHV Latency Associated Transcript
Жасырын герпес инфекциясы, HHV LAT транскриптісі, вирус геномының реттелуі, ұзақ мерзімді инфекция және нейронды жасушаларда вирус сақталуы туралы ақпарат.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Мазмұны
Кіріспе
HHV латенттілікпен байланысты транскрипті (HHV LAT) – ұзақ мерзімді немесе латентті адам герпес вирусы (HHV) инфекциясын қамтитын жасушаларда жиналатын РНК ұзындығы. LAT РНҚ вирустың ДНҚ-сының белгілі бір аймағынан генетикалық транскрипция арқылы түзіледі. LAT вирустың геномын реттейді және жұқтырған жасушаның қалыпты қызметіне кедергі келтіреді. Герпес вирусы өмір бойына созылатын инфекцияны тудыруы мүмкін, онда вирус популяциясы жазық жүйке жасушаларында ұзақ уақыт бойы сақталады. Мұндай ұзақ мерзімді герпес инфекциясы латентті инфекция деп аталатын жасушалық инфекция түрін қажет етеді. Латентті инфекция кезінде жасушаның метаболизмі бұзылады. Әдетте, жұқтырған жасушалар жойылғанға дейін немесе иммундық жүйе оларды жояды, бірақ LAT өндірісінің салдары осы қалыпты процестерге кедергі келтіреді. Латенттілік литикалық инфекциядан ерекшеленеді; литикалық инфекцияда көптеген герпес вирусы бөлшектері пайда болады, содан кейін жасуша жарылып немесе лизис болады. Литикалық инфекция кейде "өнімді" инфекция деп те аталады. Латентті жасушалар вирусты ұзақ уақыт бойы сақтайды, содан кейін кейде өнімді инфекцияға айналып, симптомдық герпес симптомдарының қайталануына әкелуі мүмкін. Латенттік кезеңде герпес ДНҚ-сының көп бөлігі белсенді емес, тек LAT ғана инфекцияланған жасушаларда жиналады. LAT-ты кодтайтын HHV ДНҚ аймағы LAT ДНҚ деп аталады. Сплицингтен кейін LAT – 8,3 кб LAT ДНҚ-дан алынған 2,0 кб транскрипт (немесе интрон). LAT ДНҚ-ны қамтитын ДНҚ аймағы латенттілікпен байланысты транскрипт аймағы деп аталады. LAT негізінен екі функцияны атқарады: ол апоптозды тежейді, сондықтан латентті инфекцияланған жасушалар резервуар үшін тірі қалады, және латентті инфекция кезінде литикалық гендердің экспрессиясын тежейді.
HHV Latency Associated Transcript (HHV LAT) is a length of RNA which accumulates in cells hosting long term, or latent, Human Herpes Virus (HHV) infections. The LAT RNA is produced by genetic transcription from a certain region of the viral DNA. LAT regulates the viral genome and interferes with the normal activities of the infected host cell. Herpes virus may establish lifelong infection during which a reservoir virus population survives in host nerve cells for long periods of time. Such long term Herpes infection requires a mode of cellular infection known as latent infection. During the latent infection, the metabolism of the host cell is disrupted. While the infected cell would ordinarily undergo an organized death or be removed by the immune system, the consequences of LAT production interfere with these normal processes. Latency is distinguished from lytic infection; in lytic infection many Herpes virus particles are produced and then burst or lyse the host cell. Lytic infection is sometimes known as "productive" infection. Latent cells harbor the virus for long time periods, then occasionally convert to productive infection which may lead to a recurrence of symptomatic Herpes symptoms. During latency, most of the Herpes DNA is inactive, with the exception of LAT, which accumulates within infected cells. The region of HHV DNA which encodes LAT is known as LAT DNA. After splicing, LAT is a 2.0 kilobase transcript (or intron) produced from the 8.3 kb LAT DNA. The DNA region containing LAT DNA is known as the Latency Associated Transcript Region. The LAT mainly performs two functions: it suppresses apoptosis so that latently infected host cells stay alive for the reservoir, and suppresses the expression of lytic genes during latent infection.
Литиялық генді реттеу
HHV инфекциялық жасуша полипептиді 0 (ICP0) гені литикалық инфекцияның өте басында экспрессияланады, осы себепті ол дереу ерте герпес гені деп аталады. 1991 жылы Фаррелл және әріптестері 2.0 кб LAT интроны ICP0 геніне толықтыратын 750 базалық антисенс РНК-мен 5'-ұшында аяқталады екенін хабарлады.
HHV Infected Cell Polypeptide 0 (ICP0) gene is expressed very early during lytic infection, and for this reason is called an immediate early Herpes gene. In 1991, Farrell and colleagues reported that the 2.0 kb LAT intron terminates at the 5′ end with a 750 base antisense RNA complement for the ICP0 gene.
Хроматин оқшаулағышы
LAT ДНК-сында белсенді LAT ДНК мен белсенді емес литикалық вирустық ДНК арасындағы активация шекарасы бар, ол хроматин оқшаулағышы деп аталады. CCCTC байланыстыру факторы (CTCF) – кейбір адам жасушаларында табиғи түрде кездесетін мырыш саусақты ақуыз. CTCF жасушалардың ядросына орналасады. Зерттеулер көрсеткендей, 2006 жылғы наурызда Флорида университетінің Медицина колледжінде жүргізілген зерттеуде герпес вирусы геномының экспрессиясы CTCF-тің CTCF байланысу мотивтерімен байланысу арқылы реттелуі мүмкін екені анықталды. Зерттеушілер HHV ДНК-ның тізбектік талдауын және сандық геномикалық әдістерін қолданды. Флорида университетінің зерттеуінде LAT аймағында 1,5 кб (базалық жұп) аймағында CTCF байланысу аймағы және "хроматин оқшаулағышына ұқсас элемент" бар екені анықталды.
LAT DNA contains an activation boundary between activated LAT DNA and the inactive lytic viral DNA called a chromatin insulator. CCCTC binding factor (CTCF) is a zinc finger protein which occurs naturally in some human cells. CTCF is localized to the nucleus of cells. CTCF has been shown
A March 2006 University of Florida College of Medicine study showed that expression of the Herpes virus genome may be regulated in part by the binding of CTCF to CTCF binding motifs. The researchers used sequence analysis and quantitative genomics assays on HHV DNA. In the U. Florida study, the LAT region was found to contain a CTCF binding region within a 1.5k bp (base pair) region, and found to contain a "chromatin insulator like element".
Жасушалық жолдардың бұзылуы
HSV 1 LAT-тың бір бөлігі, mir LAT деп аталатын, араласатын микро РНК-дан (miRNA) тұрады деген жорамал болды. Бұл miRNA трансформациялық өсу факторы β1 (TGF β1) және SMAD3-ті төмендететіні көрсетілді. Бұл әсерлер апоптозды, яғни қалыпты бағдарланған жасуша өлімін тоқтатады. Дегенмен, HSV апоптозды төмендеткенімен, бұл нақты miRNA эксперименттік қателік ретінде қарастырылып, мақала кейіннен қайтарылып алынды. Басқа зерттеулер LAT-тың алғашқы 4658 нуклеотидінен түзілген өнімдердің каспаза 8 және каспаза 9 жасушалық өлім факторларын тежегенін көрсетті.
It was alleged that a portion of HSV 1 LAT consists of an interfering micro RNA (miRNA), termed mir LAT. This miRNA is shown to downregulate Transforming Growth Factor β1 (TGF β1) and SMAD3. These effects block apoptosis, or normal programmed cell death. However, although HSV does downregulate apotopsis, the particular miRNA has come to been seen as an experimental artifact, and the paper was consequently retracted. Other research showed that the products from the first 4,658 nucleotides of LAT inhibited caspase 8 and caspase 9 cellular death factors.
Белдік өнімдер
LAT ДНК-ның экзондық бөлімдері 17 аминқышқылынан тұратын екі протеин өнімін жасайды, олар HHV латенттілігімен байланысты ақуыздар немесе LR ORF1 және LR ORF2 деп аталады. Бұл екі ақуыз туралы көп мәлімет белгілі емес (HHV 1 және BHV 1-де), бірақ ORF2-нің жоғалуы сиыр герпес вирусы 1-де (BHV 1) латенттіліктің орналуына кедергі келтіреді. ORF2 ДНК-мен байланысу қабілетіне ие екені көрсетілген. Ол апоптозды тежеуге жауапты болып көрінеді.
The exon parts of LAT DNA produce two protein products with repeats that are 17 amino acids long, termed HHV latency related proteins or LR ORF1 and LR ORF2. Little is known about these two proteins ( and in HHV 1; and in BHV 1), although the loss of ORF2 in bovine herpesvirus 1 (BHV 1) does appear to interfere with the establishment of latency. ORF2 has been shown to possess DNA binding properties. It appears responsible for the inhibition of apotopsis.