АИҚС қоздырғышы: Адам ретровирусы

Кіріспе

Адам ретровирусы, ЖҚТБ-ның себебі

вирус

Адамның иммунодефициті вирустары (АИВ) – адамдарды жұқтыратын Лентивирустың (ретровирустардың кіші тобы) екі түрі. Уақыт өте келе олар қысқарған иммунитет синдромын (ЖҚТБ) тудырады. Бұл жағдайда иммундық жүйенің прогрессивті әлсіреуі, өмірге қауіп төндіретін мүмкіндікті инфекциялар мен қатерлі ісіктердің дамуына әкеледі. Емделмеген жағдайда, АИВ жұқтырғаннан кейін өмір сүру ұзақтығы АИВ субтипіне байланысты 9-11 жылға дейін бағаланады. Көп жағдайда АИВ – жыныстық жолмен жұғатын инфекция, ол қанмен, алдын-ала сперма, сперма және кіндік сұйықтығымен байланыс немесе оларды беру арқылы таралады. Дене сұйықтықтарында АИВ еркін вирус бөлшектері түрінде де, жұқтырған иммундық жасушалардың ішінде де кездеседі. Зерттеулер көрсеткендей, егер АИВ жұқтырған серіктестің вирус жүктемесі тұрақты түрде анықталмайтын деңгейде болса, онда презервативсіз жыныстық қатынас арқылы АИВ жұқтыру қаупі жоқ. АИВ инфекциясы бірнеше механизмдер арқылы CD4+ T-жасушаларының деңгейінің төмендеуіне әкеледі, соның ішінде абортталған жұқтырылған T-жасушаларының пироптозы, жұқтырылмаған жасушалардың апоптозы, жұқтырылған жасушалардың тікелей вирус арқылы жойылған және жұқтырылған CD4+ T-жасушаларын танитын CD8+ цитотоксикалық лимфоциттер арқылы жойылған. CD4+ T-жасушаларының саны белгілі бір деңгейден төмен түскен кезде, жасушалық иммунитет жоғалады және организм мүмкіндікті инфекцияларға көбірек сезімтал болады, бұл ЖҚТБ-ның дамуына әкеледі.

Жіктеу

АИТВ – Retroviridae тұқымдасына жататын Lentivirus туысына жатады. Лентивирустардың көптеген морфологиялық ерекшеліктері мен ортақ биологиялық қасиеттері бар. Көптеген түрлер линзивирустармен зарарланады, олар ұзақ инкубациялық кезеңі бар, ұзаққа созылатын ауруларға себеп болады. Лентивирустар бір тізбекті, оң полюстік, қабықшалы РНК вирустары ретінде таралады. Нысаналы жасушаға енгеннен кейін, вирус РНК геномы вируспен кодталған фермент – кері транскриптаза арқылы екі тізбекті ДНК-ға айналады (кері транскрипцияланады), ол вирус геномымен бірге вирус бөлшегінде тасымалданады. Содан кейін пайда болған вирус ДНК жасуша ядросына импортталады және вируспен кодталған фермент – интеграза және жасушаның қосалқы факторлары арқылы жасуша ДНК-сына енгізіледі. Енгізілгеннен кейін вирус жасырын күйге түсіп, иммундық жүйеден вирус пен оның жасушасының белгісіз уақытқа дейін анықталмауына мүмкіндік береді. Вирус алғашқы инфекциядан кейін адам денесінде он жылға дейін белсенсіз күйде қалуы мүмкін; осы кезеңде вирус ешқандай симптомдарды тудырмайды. Балама ретінде, енгізілген вирус ДНК-сы транскрипцияланып, жаңа РНК геномдары мен вирус ақуыздарын жасуша ресурстарын пайдаланып шығаруы мүмкін, олар жаңа вирус бөлшектері ретінде жасушадан жиналып, шығарылады, содан кейін репликация циклы қайта басталады. АИТВ-нің екі түрі сипатталған: АИТВ-1 және АИТВ-2. АИТВ-1 – алғашқыда табылған және лимфаденопатиямен байланысты вирус (LAV) және адам Т-лимфотроптық вирусы 3 (HTLV III) деп аталған вирус. АИТВ-1, АИТВ-2-ге қарағанда күштірек және жұқпалырақ, және ол әлемдегі АИТВ инфекциясының көп бөлігіне себеп болады. АИТВ-2-нің АИТВ-1-ге қарағанда төмен жұқпалылығы, АИТВ-2-ге ұшырағандардың аз бөлігінің зарарланатынын білдіреді. АИТВ-2 вирусының таралу қабілеті нашар болғандықтан, ол негізінен Батыс Африкамен шектеледі.

Ұяшыққа кіру

АИТВ вирусы макрофагтар мен CD4+ Т-клеткаларына оның бетіндегі гликопротеиндердің мақсатты жасушадағы рецепторларға сіңірілуі арқылы, содан кейін вирустық қаптаманың мақсатты жасуша мембранасымен бірігуі және АИТВ капсидінің жасушаға шығуы арқылы еніп кіреді. Жасушаға ену тримерлік қабықша кешенінің (gp160 тікені) АИТВ вирустық қабықшасындағы және мақсатты жасуша бетіндегі CD4 және хемокин қорецепторының (әдетте CCR5 немесе CXCR4, бірақ басқалары да өзара әрекеттеседі) өзара әрекеттесуі арқылы басталады. gp160 тікені CD4 және хемокин рецепторларына байланысатын домендерді қамтиды. Дендриттік жасушалар (ДС) – жыныстық қатынас арқылы жұқтыру кезінде вирустың кездесетін алғашқы жасушаларының бірі. Қазіргі уақытта олар АИТВ-ны дендриттік жасушалар вирусты шырышты қабықшадан ұстаған кезде Т-клеткаларына жұқтыру арқылы маңызды рөл атқарады деп есептеледі. Көптеген басқа ретровирустардың енуі сияқты, АИТВ 1 енуі де ұзақ уақыт бойы тек плазмалық мембранада ғана жүреді деп саналды. Алайда, жақында АИТВ 1-дің pH тәуелсіз, клатрин арқылы жүзеге асырылатын эндоцитозының табысты жұқтыруға себеп болатыны хабарланды және бұл инфекцияның жалғыз тиімді жолы болуы мүмкін деген болжам айтылды.

Көбейту және транскрипция

Вирустық капсид клеткаға енгеннен кейін көп ұзамай кері транскриптаза деп аталатын фермент, вирусқа жалғанған белоктардан оң сезімді бір тізгілі РНК геномын босатып, оны толықтырылған ДНК (кДНК) молекуласына көшіреді. Кері транскрипция процесі өте қатеге бой ұсынады, ал пайда болған мутациялар дәріге қарсы тұруға немесе вирустың организмнің иммундық жүйесінен қашуына мүмкіндік беруі мүмкін. Кері транскриптаза сонымен қатар кДНК синтезі кезінде вирус РНК-сын ыдырататын рибонуклеаза активтілігіне, сондай-ақ антисенс кДНК-дан сезімді ДНК-ны құрайтын ДНК-ға тәуелді ДНК полимераза активтілігіне ие. Бірге кДНК және оның толықтырғышы екі тізгілі вирус ДНК-сын құрайды, содан кейін ол жасуша ядросына тасымалданады. Вирус ДНК-сының жасуша геномына интеграциясы интеграза деп аталатын тағы бір вирус ферментімен жүзеге асырылады. Демек, ВИЧ инфекциясына ең көп ұшыраған, енген және содан кейін өлтірілген жасушалар – инфекциямен белсенді күресіп жатқан жасушалар. Вирус репликациясы кезінде интеграцияланған ДНК провирусы РНК-ға транскрипцияланады. Толық геномдық РНК (gRNA) псевдодиплоидті формада жаңа вирус бөлшектеріне жинақталуы мүмкін. Қаптамадағы таңдаулылық gRNA-ның димерлік конформерінің құрылымдық қасиеттерімен түсіндіріледі. gRNA димері gRNA мономері ішіндегі үш жолды тандемдік түйісумен сипатталады, онда тиісінше тігілу мен аударма үшін жауапты SD және AUG шаштық тізгілері секвестрленеді және DIS (димеризацияны бастау сигналы) шаштық тізгісі ашылады. gRNA димерінің пайда болуы gRNA мономерлерінің DIS шаштық тізгілері арасындағы «сүйкісу» өзара әрекеттесу арқылы жүзеге асырылады. Сонымен қатар, gRNA-дағы кейбір гуанозин қалдықтары нуклеокапсид (NC) ақуызының байланысуына қол жетімді болады, бұл вирион құралына әкеледі. Лабильді gRNA димері NC байланысынан кейін тұрақты конформацияға жетуі де хабарланды, онда gRNA-ның DIS және U5:AUG аймақтары кең таралған негіз жұптастыруға қатысады. РНК-ны жетілген хабаршы РНК-ны (мРНК) өндіру үшін де өңдеуге болады. Көп жағдайда бұл процесте толық геномнан қысқа мРНК өндіру үшін РНК тігілуі қажет. РНК-ның қай бөлігі РНК тігілу кезінде алынып тасталатыны ВИЧ-тің қай протеин кодтайтын тізбектерінің аудармаланатынын анықтайды. Жетілген ВИЧ мРНК ядродан цитоплазмаға экспортталады, онда олар ВИЧ ақуыздарын, соның ішінде Rev өндіру үшін аудармаланады. Жаңадан пайда болған Rev ақуызы пайда болған кезде ол ядроға көшеді, онда ол вирус РНК-сының толық ұзындығындағы, тігілмеген көшірмелеріне байланып, олардың ядродан шығуына мүмкіндік береді. Бұл толық ұзындықтағы РНК-ның кейбіреулері Gag және Env құрылымдық ақуыздарын өндіру үшін аудармаланатын мРНК ретінде жұмыс істейді. Gag ақуыздары вирус РНК геномының көшірмелеріне байланысып, оларды жаңа вирус бөлшектеріне жинақтайды. ВИЧ 1 және ВИЧ 2 РНК-ны әртүрлі жинақтайтын сияқты. ВИЧ 1 кез келген тиісті РНК-ға байланысады. ВИЧ 2 ге гемодиализін Gag ақуызын жасау үшін пайдаланылған мРНК-мен байланысады.

Shortly after the viral capsid enters the cell, an enzyme called reverse transcriptase liberates the positive sense single stranded RNA genome from the attached viral proteins and copies it into a complementary DNA (cDNA) molecule. The process of reverse transcription is extremely error prone, and the resulting mutations may cause drug resistance or allow the virus to evade the body's immune system. The reverse transcriptase also has ribonuclease activity that degrades the viral RNA during the synthesis of cDNA, as well as DNA dependent DNA polymerase activity that creates a sense DNA from the antisense cDNA. Together, the cDNA and its complement form a double stranded viral DNA that is then transported into the cell nucleus. The integration of the viral DNA into the host cell's genome is carried out by another viral enzyme called integrase. This means that those cells most likely to be targeted, entered and subsequently killed by HIV are those actively fighting infection. During viral replication, the integrated DNA provirus is transcribed into RNA. The full length genomic RNAs (gRNA) can be packaged into new viral particles in a pseudodiploid form. The selectivity in the packaging is explained by the structural properties of the dimeric conformer of the gRNA. The gRNA dimer is characterized by a tandem three way junction within the gRNA monomer, in which the SD and AUG hairpins, responsible for splicing and translation respectively, are sequestered and the DIS (dimerization initiation signal) hairpin is exposed. The formation of the gRNA dimer is mediated by a 'kissing' interaction between the DIS hairpin loops of the gRNA monomers. At the same time, certain guanosine residues in the gRNA are made available for binding of the nucleocapsid (NC) protein leading to the subsequent virion assembly. The labile gRNA dimer has been also reported to achieve a more stable conformation following the NC binding, in which both the DIS and the U5:AUG regions of the gRNA participate in extensive base pairing. RNA can also be processed to produce mature messenger RNAs (mRNAs). In most cases, this processing involves RNA splicing to produce mRNAs that are shorter than the full length genome. Which part of the RNA is removed during RNA splicing determines which of the HIV protein coding sequences is translated. Mature HIV mRNAs are exported from the nucleus into the cytoplasm, where they are translated to produce HIV proteins, including Rev. As the newly produced Rev protein is produced it moves to the nucleus, where it binds to full length, unspliced copies of virus RNAs and allows them to leave the nucleus. Some of these full length RNAs function as mRNAs that are translated to produce the structural proteins Gag and Env. Gag proteins bind to copies of the virus RNA genome to package them into new virus particles. HIV 1 and HIV 2 appear to package their RNA differently. HIV 1 will bind to any appropriate RNA. HIV 2 will preferentially bind to the mRNA that was used to create the Gag protein itself.

Қайта үйлестіру

Әрбір ХИВ-1 бөлшегінде екі РНК геномдары қаптамаланған (ХИВ құрылымы мен геномын қараңыз). Жұққан кезде және реверс транскриптаза катализімен жүзеге асырылатын көбейіп өсу кезінде екі геном арасында рекомбинация жүруі мүмкін. Рекомбинация бір тізбекті, оң полюсті РНК геномдары кері транскрипцияланып ДНК құрағанда пайда болады. Кері транскрипция кезінде, жаңа түзілген ДНК вирустық РНК-ның екі көшірмесі арасында бірнеше рет ауысуы мүмкін. Рекомбинацияның осы түрі «көшірме таңдау» деп аталады. Рекомбинация оқиғалары геномның кез келген бөлігінде болуы мүмкін. Әр көбейіп өсу циклында геном бойынша екіден 20-ға дейін рекомбинация оқиғасы болуы мүмкін, және бұл оқиғалар ата-анадан ұрпаққа берілетін генетикалық ақпаратты жылдам араластыра алады. Рекомбинация сонымен қатар иесінің иммундық қорғанысын жеңуге де көмектесуі мүмкін. Дегенмен, генетикалық өзгерістің бейімделу артықшылықтарын пайдалану үшін, жеке жұқтырғыш вирус бөлшектеріне енген екі вирус геномдары әртүрлі генетикалық құрамы бар жеке ата-ана вирустарынан шығуы керек. Мұндай аралас қаптамалардың табиғи жағдайда қаншалықты жиі кездесетіні белгісіз. Бонхоффер және авторлар тобы реверс транскриптазаның матрицаны ауыстыруы бір тізбекті РНК геномдарындағы үзілістерді жоюға бағытталған жөндеу процесі ретінде әрекет етеді деп ұсынды. Сонымен қатар, Ху мен Теминнің айтуынша, ХИВ геномдары тотығу зақымдануына, соның ішінде бір тізбекті РНК-ның үзілуіне ұшырауы мүмкін. ХИВ-қа, сондай-ақ вирустарға қатысты, сәтті жұғу иесінің қорғаныс стратегияларын жеңуге байланысты, олар көбінесе геномға зиян келтіретін реактивті оттегі түрлерін өндіруді қамтиды. Осылайша, Michod және авторлар тобы вирустардың рекомбинациясы геномдық зақымдануды жөндеуге бейімделу болып табылады, ал рекомбинациялық өзгергіштік – жеке пайда әкелуі мүмкін қосалқы өнім деп ұсынды.

Құрастыру және босату

Вирустық циклдің соңғы кезеңі – жаңа ВИЧ-1 вирустарының құрастырылуы – қабылдаушы жасушаның плазмалық мембранасынан басталады. Env полибелогы (gp160) эндоплазмалық тор арқылы өтеді және Гольги аппаратына жеткізіледі, онда ол фуринмен кесіліп, екі ВИЧ қабықша гликопротеиндері, gp41 және gp120 пайда болады. Бұл гликопротеиндер қабылдаушы жасушаның плазмалық мембранасына жеткізіледі, онда gp41 gp120-ны жұқтырған жасушаның мембранасына бекітеді. Gag (p55) және Gag Pol (p160) полипротеиндері де ВИЧ геномдық РНК-мен бірге плазмалық мембрананың ішкі бетіне қосылады, вирус қалыптасып, қабылдаушы жасушадан бүршіктеп шыға бастағанда. Бүртіктелген вирион әлі толық жетілмеген, себебі gag полипротеиндерін нақты матрица, капсид және нуклеокапсид белоктеріне айналдыру қажет. Бұл кесілуді вирусқа енген протеазалар катализдейді және протеаза ингибиторлары класына жататын антиретровирустық препараттармен тежелуі мүмкін. Содан кейін әртүрлі құрылымдық компоненттер бірігіп, толық жетілген ВИЧ вирусын құрайды. Тек толық жетілген вириондар ғана басқа жасушаны жұқтыра алады.

Денеге таралуы

Вирионның жасушаны жұқтыруының классикалық процесін "жасушадан-жасушаға таралу" деп атауға болады, осылайша ол жақында ғана танылған "жасушасыз таралу" процесінен ерекшеленеді. Жасушасыз таралу кезінде (суретті қараңыз), вирус бөлшектері жұқтырған Т-жасушадан бүршіктеп шығып, қанға немесе жасушадан тыс сұйықтыққа өтеді, содан кейін кездейсоқ кездесу нәтижесінде басқа Т-жасушаны жұқтырады. Екіншіден, антиген ұсынатын жасуша (АҰЖ), мысалы макрофаг немесе дендриттік жасуша, ВИЧ-ті Т-жасушаларға жұқтыру процесі арқылы жіберуі мүмкін, бұл макрофагтар үшін өнімді жұқтыруға, ал дендриттік жасушалар үшін вириондарды ұстап алып, транс арқылы беруге алып келеді. Қолданылған жолға қарамастан, жасушадан-жасушаға жұқтыру, жасушасыз вирус таралуына қарағанда әлдеқайда тиімді екені хабарланды. Бұл тиімділіктің артуына бірнеше факторлар әсер етеді, соның ішінде жасушалардың жанасу орнына қарай вирус бөлшектерінің поляризацияланған бүршіктеуі, жасушалардың тығыз жақындасуы (вириондардың сұйық фазада таралуын азайтады) және мақсатты жасушадағы ВИЧ-ке кіру рецепторларының шоғырлануы. АИТВ-ның көптеген таралу механизмдері антиретровирустық терапияға қарамастан вирус көбеюіне себеп болады.

Генетикалық өзгергіштік

АИТВ көптеген вирустардан генетикалық өзгергіштігінің жоғары болуымен ерекшеленеді. Бұл әртүрлілік оның жылдам репликация циклінің нәтижесі, күн сайын шамамен 1010 вирионның пайда болуымен, репликация циклына шамамен 3 x 10−5 нуклеотидтік негізге және кері транскриптазаның рекомбинациялық қасиеттерімен байланысты жоғары мутация жылдамдығымен біріктірілген. Бұл күрделі жағдай бір күн ішінде бір жұқтырған науқаста ВИЧ-тың көптеген түрлерінің пайда болуына әкеледі. Бұл вирус қожайынның қанында жоғары деңгейде болады, бірақ тек әлсіз иммундық жауапты тудырады, маймылдың ЖҚТБ-ін (СПИД-ін) дамытпайды және адамдардағы ВИЧ инфекциясына тән кең ауқымды мутация мен рекомбинацияға ұшырамайды. Керісінше, егер бұл штаммдар SIV-ге бейімделмеген түрлерді жұқтырса ("гетерологты" немесе ұқсас жануарлар, мысалы, rhesus немесе cynomologus макактары), жануарларда ЖҚТБ дамиды және вирус адамдардағы ВИЧ инфекциясында байқалатын сияқты генетикалық әртүрлілікті тудырады. Шимпанзедегі SIV (SIVcpz), ВИЧ-1 вирусының ең жақын туысы, табиғи қожайынында өлім-жітімнің жоғары деңгейіне және ЖҚТБ-ге ұқсас симптомдарға себеп болады. SIVcpz шимпанзелер мен адамдар арасында салыстырмалы түрде жақында тараған болып көрінеді, сондықтан олардың қожайындары вирусқа толық бейімделмеген. ВИЧ-1-дің үш тобы анықталды: М, N және О. М тобы ең көп таралған және географиялық орналасуына байланысты сегіз субтипке (немесе кладтарға) бөлінеді. Ең көп кездесетіндері: В (негізінен Солтүстік Америкада және Еуропада), А және D (негізінен Африкада) және С (негізінен Африка мен Азияда); бұл субтиптер ВИЧ-1 М тобының тегін көрсететін филогенетикалық ағаштағы тармақтарды құрайды. Әртүрлі субтиптермен бір мезгілде жұқтыру циркуляциялық рекомбинантты формалардың (CRF) пайда болуына әкеледі. 2000 жылы, әлемдік субтиптердің таралуын талдау жүргізілген соңғы жыл, бүкіл әлемдегі инфекциялардың 47,2%-ы С субтипіне, 26,7%-ы A/CRF02 AG субтипіне, 12,3%-ы B субтипіне, 5,3%-ы D субтипіне, 3,2%-ы CRF AE субтипіне, ал қалған 5,3%-ы басқа субтиптер мен CRF-тарға тиесілі болды. ВИЧ-1 зерттеулерінің көп бөлігі В субтипіне бағытталған, ал басқа субтиптерге көбінесе аз зертханалар ғана назар аударады. 2009 жылы оқшауланған вирус негізінде төртінші "P" тобының бар екендігі туралы гипотеза жасалды. Бұл штамм, алғаш 2006 жылы батыс жазық жерлердегі гориллалардан оқшауланған SIV (SIVgor) горилласынан шыққан болып көрінеді.

HIV differs from many viruses in that it has very high genetic variability. This diversity is a result of its fast replication cycle, with the generation of about 1010 virions every day, coupled with a high mutation rate of approximately 3 x 10−5 per nucleotide base per cycle of replication and recombinogenic properties of reverse transcriptase. This complex scenario leads to the generation of many variants of HIV in a single infected patient in the course of one day. which is present at high levels in the host's blood, but evokes only a mild immune response, does not cause the development of simian AIDS, and does not undergo the extensive mutation and recombination typical of HIV infection in humans. In contrast, when these strains infect species that have not adapted to SIV ("heterologous" or similar hosts such as rhesus or cynomologus macaques), the animals develop AIDS and the virus generates genetic diversity similar to what is seen in human HIV infection. Chimpanzee SIV (SIVcpz), the closest genetic relative of HIV 1, is associated with increased mortality and AIDS like symptoms in its natural host. SIVcpz appears to have been transmitted relatively recently to chimpanzee and human populations, so their hosts have not yet adapted to the virus. Three groups of HIV 1 have been identified on the basis of differences in the envelope (env) region: M, N, and O. Group M is the most prevalent and is subdivided into eight subtypes (or clades), based on the whole genome, which are geographically distinct. The most prevalent are subtypes B (found mainly in North America and Europe), A and D (found mainly in Africa), and C (found mainly in Africa and Asia); these subtypes form branches in the phylogenetic tree representing the lineage of the M group of HIV 1. Co infection with distinct subtypes gives rise to circulating recombinant forms (CRFs). In 2000, the last year in which an analysis of global subtype prevalence was made, 47.2% of infections worldwide were of subtype C, 26.7% were of subtype A/CRF02 AG, 12.3% were of subtype B, 5.3% were of subtype D, 3.2% were of CRF AE, and the remaining 5.3% were composed of other subtypes and CRFs. Most HIV 1 research is focused on subtype B; few laboratories focus on the other subtypes. The existence of a fourth group, "P", has been hypothesised based on a virus isolated in 2009. The strain is apparently derived from gorilla SIV (SIVgor), first isolated from western lowland gorillas in 2006.

Диагностика

Көптеген ВИЧ-жұқтырған адамдар өздерінің вирусты жұқтырғанын білмейді. Мысалы, 2001 жылы Африкада жыныстық қатынасқа түсетін қалалық халықтың 1%-дан азы тексерілді, ал ауылдық халық арасында бұл көрсеткіш одан да төмен. ВИЧ-1 тестілеуі бастапқыда ВИЧ-1 антиденелерін анықтау үшін ферменттік иммуносорбенттік талдау (ЭЛИСА) арқылы жүргізіледі. Алғашқы ЭЛИСА нәтижесі реакция бермеген үлгілер ВИЧ-теріс деп есептеледі, егер жұқтырған немесе ВИЧ статусы белгісіз серіктеспен жаңадан байланыс болмаса. Реакциялық ЭЛИСА нәтижесі бар үлгілер екі рет қайта тексеріледі. Егер екі сынақтың бірінің нәтижесі реакциялық болса, үлгі қайталап реакциялық деп есептеледі және оны растау үшін арнайы қосымша сынақтан (мысалы, полимераза тізбектік реакциясы (ПТР), батыс блоты немесе сирек жағдайларда иммунофлуоресценциялық талдау (ИФА)) өткізіледі. Тек ЭЛИСА бойынша қайталап реакциялық нәтиже берген және ИФА немесе ПТР бойынша оң нәтиже көрсеткен, немесе батыс блоты бойынша реакциялық үлгілер ғана ВИЧ-позитивті деп саналады және ВИЧ инфекциясын көрсетеді. ЭЛИСА бойынша қайталап реакциялық үлгілер кейде белгісіз батыс блоты нәтижесін береді, бұл жұқтырған адамда ВИЧ-қа толық емес антидене жауабы немесе жұқтырмаған адамда спецификалық емес реакция болуы мүмкін. ИФА осы екіұшты жағдайларда инфекцияны растау үшін қолданылуы мүмкін болса да, бұл әдіс кеңінен қолданылмайды. Әдетте, екінші үлгі бір айдан кейін алынып, белгісіз батыс блоты нәтижесі бар адамдар үшін қайта тексерілуі керек. Көбінесе қолжетімді болмаса да, нуклеин қышқылының тестілеуі (мысалы, вирус РНК немесе провирус ДНК күшейту әдісі) кейбір жағдайларда диагноз қоюға көмектеседі. Стандартты екі кезеңді тестілеу протоколындағы жалған оң нәтиже ықтималдығы аз тәуекел тобында шамамен 250 000-ға 1 дейін бағаланады. Жұқтырудан кейінгі тестілеу дереу, содан кейін алты аптада, үш айда және алты айда ұсынылады. АҚШ Ауруларды бақылау және алдын алу орталықтарының (CDC) соңғы ұсыныстары ВИЧ тестілеуі ВИЧ-1 және ВИЧ-2 антиденелері мен p24 антигеніне иммуноэсселік комбинациялық тестілеуден басталуы керек екенін көрсетеді. Теріс нәтиже ВИЧ жұқтыруын жоққа шығарады, ал оң нәтижеден кейін қай антиденелердің бар екенін анықтау үшін ВИЧ-1/2 антиденесін ажырататын иммуноэссе жүргізілуі тиіс. Бұл төрт мүмкін сценарийге әкеледі:
1. ВИЧ 1 (+) және ВИЧ 2 (−): ВИЧ 1 антиденелері анықталды.
2. ВИЧ 1 (−) және ВИЧ 2 (+): ВИЧ 2 антиденелері анықталды.
3. ВИЧ 1 (+) және ВИЧ 2 (+): ВИЧ 1 және ВИЧ 2 антиденелері анықталды.
4. ВИЧ 1 (−) немесе белгісіз және ВИЧ 2 (−): ВИЧ 1 жедел инфекциясын немесе оның жоқтығын анықтау үшін нуклеин қышқылының тестілеуі жүргізілуі керек.

Many HIV positive people are unaware that they are infected with the virus. For example, in 2001 less than 1% of the sexually active urban population in Africa had been tested, and this proportion is even lower in rural populations. HIV 1 testing is initially done using an enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) to detect antibodies to HIV 1. Specimens with a non reactive result from the initial ELISA are considered HIV negative, unless new exposure to an infected partner or partner of unknown HIV status has occurred. Specimens with a reactive ELISA result are retested in duplicate. If the result of either duplicate test is reactive, the specimen is reported as repeatedly reactive and undergoes confirmatory testing with a more specific supplemental test (e. g., a polymerase chain reaction (PCR), western blot or, less commonly, an immunofluorescence assay (IFA)). Only specimens that are repeatedly reactive by ELISA and positive by IFA or PCR or reactive by western blot are considered HIV positive and indicative of HIV infection. Specimens that are repeatedly ELISA reactive occasionally provide an indeterminate western blot result, which may be either an incomplete antibody response to HIV in an infected person or nonspecific reactions in an uninfected person. Although IFA can be used to confirm infection in these ambiguous cases, this assay is not widely used. In general, a second specimen should be collected more than a month later and retested for persons with indeterminate western blot results. Although much less commonly available, nucleic acid testing (e. g., viral RNA or proviral DNA amplification method) can also help diagnosis in certain situations. The chance of a false positive result in a standard two step testing protocol is estimated to be about 1 in 250,000 in a low risk population. Testing post exposure is recommended immediately and then at six weeks, three months, and six months. The latest recommendations of the US Centers for Disease Control and Prevention (CDC) show that HIV testing must start with an immunoassay combination test for HIV 1 and HIV 2 antibodies and p24 antigen. A negative result rules out HIV exposure, while a positive one must be followed by an HIV 1/2 antibody differentiation immunoassay to detect which antibodies are present. This gives rise to four possible scenarios:
1. HIV 1 (+) & HIV 2 (−): HIV 1 antibodies detected
2. HIV 1 (−) & HIV 2 (+): HIV 2 antibodies detected
3. HIV 1 (+) & HIV 2 (+): both HIV 1 and HIV 2 antibodies detected
4. HIV 1 (−) or indeterminate & HIV 2 (−): Nucleic acid test must be carried out to detect the acute infection of HIV 1 or its absence.

Зерттеу

АИТВ/ЖИТС зерттеулері АИТВ/ЖИТС-тің алдын алуға, емдеуге немесе жазып шығаруға бағытталған барлық медициналық зерттеулерді, сондай-ақ АИТВ-нің жұқпалы агент ретіндегі табиғатын және АИТВ қоздырған ЖИТС ауруын зерттеуді қамтиды. Көптеген үкіметтер мен ғылыми-зерттеу институттары АИТВ/ЖИТС зерттеулеріне қатысады. Бұл зерттеулерге мінез-құлықты өзгерту арқылы денсаулықты жақсарту шаралары, мысалы, жыныстық тәрбиеге қатысты зерттеулер, сондай-ақ жаңа дәрілерді әзірлеу, оның ішінде жыныстық жолмен берілетін инфекцияларға қарсы микробицидтер, АИТВ вакциналары және ретровирустық препараттар кіреді. Медициналық зерттеулердің басқа да салаларына инфекцияға ұқсағанға дейінгі профилактика, инфекциядан кейінгі профилактика, сүндеттеу және қартаю процесінің үдеуі тақырыптары жатады.

Емдеу және жұқтыру

АИТВ/ЖИТС-ті емдеуге әдетте бірнеше антиретровирустық препараттарды қолдану жатады. Әлемнің көптеген елдерінде АИТВ ауруы созылмалы ауруға айналып, оның СПИД-ке айналуы өте сирек кездеседі. АИТВ-нің жасырын күйде болуы және CD4+ Т-клеткаларындағы, дендриттік клеткаларда және макрофагтардағы вирустық резервуар вирусты жоюдың басты кедергісі болып табылады. АИТВ вирусы өте қауіпті болса да, егер АИТВ жұқтырған адамның антиретровирустық емделуіне байланысты вирустық жүктемесі тұрақты түрде анықталмайтын болса (<50 дана/мл), жыныстық қатынас арқылы жұқпайды. Бұл туралы алғаш рет 2008 жылы Швейцарияның АИТВ/СПИД жөніндегі федералды комиссиясы «Швейцария мәлімдемесінде» айтқан болатын, бірақ ол мәлімдеме сол кезде даулы болды. Алайда, бірнеше зерттеулерден кейін, АИТВ-мен жұқтырған адамның вирустық жүктемесі тұрақты түрде анықталмайтын жағдайда, АИТВ жұқтыру ықтималдығы нөлге тең екендігі анық болды; бұл U=U, «Undetectable=Untransmittable», сондай-ақ «оны жұқтыра алмайды» деп аталады. U=U-ды дәлелдейтін зерттеулер: «Қарсылықтар тартымды», PARTNER 1, PARTNER 2 (еркек-еркек жұптары үшін), (гетеросексуалдық жұптар үшін), «АИТВ-мен өмір сүретін серіктестің вирустық жүктемесі ұзақ уақыт бойы басылған» кезде. Осыдан кейін «нөлдік тәуекелді» қолдауды жақтаған U=U консенсустық мәлімдемесіне АҚШ-тың АИТВ-ға қарсы күрес орталығы, Британдық АИТВ қауымдастығы және «The Lancet» медициналық журналы сияқты жүздеген жеке тұлғалар мен ұйымдар қол қойды. PARTNER 2 зерттеуінің соңғы нәтижелерінің маңыздылығын Терренс Хиггинс қорының медициналық директоры «шамадан тыс жоғары бағалауға болмайды» деп сипаттады, ал жетекші авторы Элисон Роджер «талдауға келмейтін вирустық жүктеме АИТВ-ді жұқпалы етеді деген хабарлама АИТВ пандемиясын тоқтатуға көмектеседі, себебі АИТВ жұқтырудың алдын алады» деді. Авторлар өздерінің зерттеулерін «The Lancet» журналында былай қорытындылады: «Біздің нәтижелеріміз геилерде вирустық жүктемені басу және АИТВ жұқтыру қаупі арасындағы дәлелдер деңгейі гетеросексуалдық жұптар үшін бұрыннан белгілісімен салыстыруға болады және геи жұптарында презервативсіз жыныстық қатынас кезінде, егер АИТВ вирустық жүктемесі басылған болса, АИТВ жұқтыру қаупінің нөлдік екенін көрсетеді. Біздің зерттеулеріміз U=U («талдауға келмейтін – жұқпалы емес») науқанының хабарларын және АИТВ-ді ерте тексеру мен емдеудің пайдасын растайды». Жыныстық мүшелердегі герпеспен ауыратын адамдарда Herpes simplex virus 2 (HSV 2) вирусының қайта белсенділуі CCR 5 байытылған CD4+ T клеткаларының, сондай-ақ жараланған жыныс мүшелері терісінің дермасындағы қабыну дендриттік клеткаларының көбеюімен байланысты, ол жараның сауыққаннан кейін де сақталады. АИТВ-ге қарсы CCR 5 оң жасушалардың тропизмі жыныстық герпеспен ауыратын адамдар арасында АИТВ жұқтырудың екі-үш есеге артуын түсіндіреді. Күнделікті антивирустық препараттар (мысалы, ацикловир) қайта белсендірілгеннен кейінгі субклиникалық қабынуды азайта алмайды, сондықтан АИТВ жұқтыру қаупі төмендемейді.

The management of HIV/AIDS normally includes the use of multiple antiretroviral drugs. In many parts of the world, HIV has become a chronic condition in which progression to AIDS is increasingly rare. HIV latency, and the consequent viral reservoir in CD4+ T cells, dendritic cells, as well as macrophages, is the main barrier to eradication of the virus. Although HIV is highly virulent, transmission does not occur through sex when an HIV positive person has a consistently undetectable viral load (<50 copies/ml) due to anti retroviral treatment. This was first argued by the Swiss Federal Commission for AIDS/HIV in 2008 in the Swiss Statement, though the statement was controversial at the time. However, following multiple studies, it became clear that the chance of passing on HIV through sex is effectively zero where the HIV positive person has a consistently undetectable viral load; this is known as U=U, "Undetectable=Untransmittable", also phrased as "can't pass it on". The studies demonstrating U=U are: Opposites Attract, PARTNER 1, PARTNER 2, (for male male couples) (for heterosexual couples) when "the partner living with HIV had a durably suppressed viral load." Following this, the U=U consensus statement advocating the use of "zero risk" was signed by hundreds of individuals and organisations, including the US CDC, British HIV Association and The Lancet medical journal. The importance of the final results of the PARTNER 2 study were described by the medical director of the Terrence Higgins Trust as "impossible to overstate", while lead author Alison Rodger declared that the message that "undetectable viral load makes HIV untransmittable can help end the HIV pandemic by preventing HIV transmission. The authors summarised their findings in The Lancet as follows:
blockquote|text = Our results provide a similar level of evidence on viral suppression and HIV transmission risk for gay men to that previously generated for heterosexual couples and suggest that the risk of HIV transmission in gay couples through condomless sex when HIV viral load is suppressed is effectively zero. Our findings support the message of the U=U (undetectable equals untransmittable) campaign, and the benefits of early testing and treatment for HIV. Herpes simplex virus 2 (HSV 2) reactivation in those affected by genital herpes is associated with an increase in CCR 5 enriched CD4+ T cells as well as inflammatory dendritic cells in the dermis of the ulcerated genital skin that persists after healing of the ulcer. Tropism of HIV for CCR 5 positive cells explains the two to threefold increase in HIV acquisition among persons with genital herpes. Daily antiviral (e. g. acyclovir) medication does not reduce the subclinical post reactivation inflammation and therefore does not confer reduced risk of HIV acquisition.

Ашылу

"Экзотикалық жаңа ауру" туралы алғашқы хабар 1981 жылдың 18 мамырында гомосексуалдарға арналған "New York Native" газетінде жарияланды. СПИД алғаш рет 1981 жылы АҚШ-та клиникалық жағдай ретінде тіркелді. Бастапқы жағдайлар инъекциялық есірткі қолданушылар мен иммунитетінің нашарлау себебі белгісіз гомосексуал еркектердің шоғырланған тобы болды. Олар Пневмоцистис пневмониясының (PCP немесе PJP) белгілерін көрсетті, соңғы терминде аурудың қоздырғышы қазір Pneumocystis jirovecii деп аталады. Бұл өте нашарлаған иммундық жүйесі бар адамдарда кездесетін сирек оппортунистік инфекция еді. Ұзақ өтпей, Нью-Йорк университетінің медицина мектебінің зерттеушілері бұрын сирек кездесетін Капоси саркомасы (КС) деп аталатын тері қатерлі ісігін дамытатын гомосексуал еркектерді зерттеді. ПЖП және КС жағдайларының көбеюі АҚШ Ауруларды бақылау және алдын алу орталықтарын (CDC) ескертті, содан кейін CDC індетті бақылау үшін жұмыс тобы құрылды. СПИД-тің ең ерте ретроспективті сипатталған жағдайы 1966 жылы Норвегияда тіркелген деп саналады. Бастапқыда CDC аурудың ресми атауына ие болмады және оны көбінесе онымен байланысты аурулар арқылы атады, мысалы, лимфаденопатия, ВИЧ-ті ашқандар бастапқыда вирусты атаған ауру. Олар сондай-ақ Капоси саркомасы және оппортунистік инфекциялар терминдерін қолданды, бұл 1981 жылы құрылған жұмыс тобының атауы еді. Баспасөз беттерінде ГРИД термині пайда болды, ол гомосексуалдармен байланысты иммундық тапшылықты білдірді. CDC атау іздеу кезінде және жұқтырған топтарды қарастыра отырып, "4H ауруы" деген атау берді, себебі ол гомосексуалдар, героин қолданушылар, гемофилиямен ауыратын адамдар және гаитиліктерді бөліп көрсетті. Алайда, СПИД тек гомосексуалдар қауымында ғана емес екені анықталғаннан кейін, 1982 жылдың қыркүйегінде CDC СПИД атауын қолдана бастады. 1983 жылы америкалық Роберт Галло және француз зерттеушілері Франсуаза Барре Синоусси мен Люк Монтанье басқаратын екі тәуелсіз зерттеу тобы жаңа ретровирустың СПИД-пен ауыратын науқастарды жұқтыруы мүмкін екенін жариялады және олардың нәтижелерін Science журналының бір санында жариялады. Галлоның сөзіне göre, оның тобының СПИД-пен ауыратын адамнан оқшауланған вирусы басқа адам Т-лимфотроптық вирустарына (ТЛВ) өте ұқсас болды, оны оның тобы бірінші болып оқшаулады. Галло 1987 жылы 1984 жылы ашқан деп мәлімдеген вирустың шын мәнінде Франциядан бір жыл бұрын жіберілген вирус екенін мойындады. Галло тобы жаңа оқшауланған вирусты HTLV III деп атады. Монтанье тобы мойын лимфа түйіндерінің ісінуі және физикалық әлсіздік сияқты бірінші кезектегі ВИЧ инфекциясының екі классикалық белгісі бар науқастан вирус оқшаулады. Галло тобының есебіне қайшы келетін Монтанье және оның әріптестері бұл вирус ақуыздарының HTLV I-ден иммунологиялық тұрғыдан ерекшеленетінін көрсетті. Монтанье тобы оқшауланған вирусты лимфаденопатиямен байланысты вирус (LAV) деп атады. Монтанье мен Галло топтарымен бір уақытта жұмыс істейтін тағы бір топ - Сан-Францискодағы Калифорния университетінің профессоры Джей А. Леви. Ол 1983 жылы СПИД вирусын тәуелсіз түрде ашты және оны СПИД-пен байланысты ретровирус (АРВ) деп атады. Бұл вирус Монтанье мен Галло топтарының вирустарынан ерекшеленді. АРВ штаммдары алғаш рет ВИЧ изоляттарының гетерогендігін көрсетті, олардың кейбіреулері АҚШ-та табылған СПИД вирусының классикалық мысалдары болып табылады.

The first news story on "an exotic new disease" appeared May 18, 1981, in the gay newspaper New York Native. AIDS was first clinically observed in 1981 in the United States. The initial cases were a cluster of injection drug users and gay men with no known cause of impaired immunity who showed symptoms of Pneumocystis pneumonia (PCP or PJP, the latter term recognizing that the causative agent is now called Pneumocystis jirovecii), a rare opportunistic infection that was known to occur in people with very compromised immune systems. Soon thereafter, researchers at the NYU School of Medicine studied gay men developing a previously rare skin cancer called Kaposi's sarcoma (KS). Many more cases of PJP and KS emerged, alerting U. S. Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and a CDC task force was formed to monitor the outbreak. The earliest retrospectively described case of AIDS is believed to have been in Norway beginning in 1966. In the beginning, the CDC did not have an official name for the disease, often referring to it by way of the diseases that were associated with it, for example, lymphadenopathy, the disease after which the discoverers of HIV originally named the virus. They also used Kaposi's Sarcoma and Opportunistic Infections, the name by which a task force had been set up in 1981. In the general press, the term GRID, which stood for gay related immune deficiency, had been coined. The CDC, in search of a name and looking at the infected communities, coined "the 4H disease", as it seemed to single out homosexuals, heroin users, hemophiliacs, and Haitians. However, after determining that AIDS was not isolated to the gay community, By September 1982 the CDC started using the name AIDS. In 1983, two separate research groups led by American Robert Gallo and French investigators Françoise Barré Sinoussi and Luc Montagnier independently declared that a novel retrovirus may have been infecting AIDS patients, and published their findings in the same issue of the journal Science. Gallo claimed that a virus his group had isolated from a person with AIDS was strikingly similar in shape to other human T lymphotropic viruses (HTLVs) his group had been the first to isolate. Gallo admitted in 1987 that the virus he claimed to have discovered in 1984 was in reality a virus sent to him from France the year before. Gallo's group called their newly isolated virus HTLV III. Montagnier's group isolated a virus from a patient presenting with swelling of the lymph nodes of the neck and physical weakness, two classic symptoms of primary HIV infection. Contradicting the report from Gallo's group, Montagnier and his colleagues showed that core proteins of this virus were immunologically different from those of HTLV I. Montagnier's group named their isolated virus lymphadenopathy associated virus (LAV). Another group working contemporaneously with the Montagnier and Gallo groups was that of Jay A. Levy at the University of California, San Francisco. He independently discovered the AIDS virus in 1983 and named it the AIDS associated retrovirus (ARV). This virus was very different from the virus reported by the Montagnier and Gallo groups. The ARV strains indicated, for the first time, the heterogeneity of HIV isolates and several of these remain classic examples of the AIDS virus found in the United States.

Шығу тегі

ВИЧ 1 және ВИЧ 2 вирустары Батыс-Орталық Африкадағы адам емес приматтарда пайда болған деп саналады және 20-ғасырдың басында адамдарға (зооноз деп аталатын процесс) жұққан деп есептеледі. ВИЧ-1 вирусы Камерунның оңтүстігінде SIVcpz, яғни шимпанзелерді жұқтыратын маймыл иммуножеткіліксіздік вирусының (SIV) эволюциясы арқылы пайда болған сияқты (ВИЧ-1 вирусы шимпанзелердің *Pan troglodytes troglodytes* түршесіндегі SIVcpz-ден тараған). ВИЧ-2 вирусының ең жақын туысы – SIVsmm, ол Батыс Африканың жағалауында (Сенегалдың оңтүстігінен Кот-д’Ивуардың батысына дейін) тіршілік ететін Ескі әлем маймылы – саң байы (*Cercocebus atys atys*) вирусы. ВИЧ 1 вирусы түрлер арасындағы тосқауылды кем дегенде үш рет бұзып, вирустың үш тобының пайда болуына себеп болды: М, N және О. Аңшылар немесе аң етін сатушылар ретінде аң етін өндіруге қатысатын адамдарда SIV жиі кездесетіндігі дәлелденген. Алайда SIV – әлсіз вирус, оны адамның иммундық жүйесі жұққаннан кейін бірнеше апта ішінде басып тастайды. Вирустың бір адамнан екінші адамға тез арада бірнеше рет жұғуы оның ВИЧ-ке айналуына жеткілікті уақыт беру үшін қажет деп есептеледі. Сонымен қатар, адамнан адамға жұғу жылдамдығы салыстырмалы түрде төмен болғандықтан, ол тек 20-ғасырдан бұрын Африкада болмаған деп саналатын бір немесе бірнеше жоғары тәуекелді жұқтыру арналары болған кезде ғана бүкіл халыққа таралуы мүмкін. Вирустың адамдарға бейімделіп, бүкіл қоғамға таралуына мүмкіндік беретін жоғары тәуекелді арналар жануардың адамға жұғуының уақытына байланысты ұсынылады. Вирустың генетикалық зерттеулері ХИВ 1 М тобының ең соңғы ортақ ата-бабасы шамамен 1910 жылға дейін соққандығын көрсетеді. Бұл мерзімдемеге сүйенушілер ВИЧ-эпидемиясын колониализмнің пайда болуымен және ірі колониялық африкалық қалалардың өсуімен байланыстырады, бұл әлеуметтік өзгерістерге, соның ішінде жыныстық қатынастың әртүрлі үлгілеріне (әсіресе бірнеше, бір мезгілдегі серіктестіктерге), жезөкшеліктің таралуына және жаңа пайда болған колониялық қалаларда жыныс мүшесінің жараларына (мысалы, сифилис) ұшыраудың жоғары деңгейіне әкелді. Жыныс жолымен жұғу кезінде ВИЧ жұқтыру деңгейі төмен болғанымен, егер серіктестердің бірінде жыныс жолымен жұғатын инфекция болса және жыныс мүшесінде жаралар пайда болса, ол көп есеге артады. 1900-шы жылдардың басындағы колониялық қалалар жезөкшелік пен жыныс мүшесінің жараларының жоғары деңгейімен ерекшеленді, сондықтан 1928 жылға қарай шығыс Леопольдвиллдің (қазіргі Киншаса) әйел тұрғындарының 45%-ы жезөкше болған деп саналды, ал 1933 жылға қарай сол қаланың барлық тұрғындарының шамамен 15%-ы сифилис түрлерінің біріне шалдыққан. Вирус АҚШ-та 1960 жылдардың ортасынан соңына дейін болған болуы мүмкін, өйткені 1966 жылы Роберт Рейфорд есімді он алты жасар жігіт симптомдармен келді және 1969 жылы қайтыс болды. Басқа, ықтимал толықтыратын гипотеза, екінші дүниежүзілік соғыстан кейінгі жылдары Африкадағы қауіпсіз емес медициналық практикалардың кең таралғанын көрсетеді, мысалы, жаппай вакцинация, антибиотиктер және безгекке қарсы емдеу науқандары кезінде бір рет қолданылатын шприцтерді қайта пайдалану. ХИВ-1 М және О топтарының, сондай-ақ ХИВ-2 А және В топтарының ең соңғы ортақ ата-бабасының уақытын зерттеу ХХ ғасырда SIV-тің жұқпалы ВИЧ тұқымдарын тудырғанын көрсетеді. Адамға жұқтырудың әртүрлі уақыты ВИЧ-тің түрлер арасынан жұғуына бір сыртқы фактордың қажет еместігін білдіреді. Бұл байқау ВИЧ-эпидемиясының пайда болуына қатысты екі басым көзқараспен сәйкес келеді, атап айтқанда, жұқтырған приматтарды сойып немесе өңдеу кезінде адамдарға SIV жұқтыру және Сахарадан оңтүстікке қарай Африка қалаларының отарлаушы кеңеюі.

Both HIV 1 and HIV 2 are believed to have originated in non human primates in West central Africa, and are believed to have transferred to humans (a process known as zoonosis) in the early 20th century. HIV 1 appears to have originated in southern Cameroon through the evolution of SIVcpz, a simian immunodeficiency virus (SIV) that infects wild chimpanzees (HIV 1 descends from the SIVcpz endemic in the chimpanzee subspecies Pan troglodytes troglodytes). The closest relative of HIV 2 is SIVsmm, a virus of the sooty mangabey (Cercocebus atys atys), an Old World monkey living in littoral West Africa (from southern Senegal to western Côte d'Ivoire). HIV 1 is thought to have jumped the species barrier on at least three separate occasions, giving rise to the three groups of the virus, M, N, and O. There is evidence that humans who participate in bushmeat activities, either as hunters or as bushmeat vendors, commonly acquire SIV. However, SIV is a weak virus, and it is typically suppressed by the human immune system within weeks of infection. It is thought that several transmissions of the virus from individual to individual in quick succession are necessary to allow it enough time to mutate into HIV. Furthermore, due to its relatively low person to person transmission rate, it can only spread throughout the population in the presence of one or more high risk transmission channels, which are thought to have been absent in Africa prior to the 20th century. Specific proposed high risk transmission channels, allowing the virus to adapt to humans and spread throughout the society, depend on the proposed timing of the animal to human crossing. Genetic studies of the virus suggest that the most recent common ancestor of the HIV 1 M group dates back to c. 1910. Proponents of this dating link the HIV epidemic with the emergence of colonialism and growth of large colonial African cities, leading to social changes, including different patterns of sexual contact (especially multiple, concurrent partnerships), the spread of prostitution, and the concomitant high frequency of genital ulcer diseases (such as syphilis) in nascent colonial cities. While transmission rates of HIV during vaginal intercourse are typically low, they are increased manyfold if one of the partners has a sexually transmitted infection resulting in genital ulcers. Early 1900s colonial cities were notable for their high prevalence of prostitution and genital ulcers to the degree that as of 1928 as many as 45% of female residents of eastern Leopoldville (currently Kinshasa) were thought to have been prostitutes and as of 1933 around 15% of all residents of the same city were infected by one of the forms of syphilis. The virus may have been present in the United States as early as the mid to late 1960s, as a sixteen year old male named Robert Rayford presented with symptoms in 1966 and died in 1969. An alternative and likely complementary hypothesis points to the widespread use of unsafe medical practices in Africa during years following World War II, such as unsterile reuse of single use syringes during mass vaccination, antibiotic, and anti malaria treatment campaigns. Research on the timing of most recent common ancestor for HIV 1 groups M and O, as well as on HIV 2 groups A and B, indicates that SIV has given rise to transmissible HIV lineages throughout the twentieth century. The dispersed timing of these transmissions to humans implies that no single external factor is needed to explain the cross species transmission of HIV. This observation is consistent with both of the two prevailing views of the origin of the HIV epidemics, namely SIV transmission to humans during the slaughter or butchering of infected primates, and the colonial expansion of sub Saharan African cities.