Аламетицин – Trichoderma viride саңырауқұлағынан алынған пептид антибиотик. Аминқышқылдары құрамында Aib қышқылы бар, жасуша мембраналарында ион каналдарын құрайды.
Ағылшыншамен салыстырыңыз: абзацты басыңыз — түпнұсқа терезеде ашылады. Абзац астындағы EN түймесі оны мәтін ішінде көрсетеді.
Кіріспе
Аламитицин – Trichoderma viride саңырауқұлағы өндіретін канал құрастырушы пептидтік антибиотик. Ол протеиногенді емес Аиб (2-аминоизомасляная кислотасы) аминоқышқылы қалдықтарын қамтитын пептидтер тобына жатады. Бұл қалдық альфа-спиральді құрылымның қалыптасуын күшті түрде ынталандырады. Пептидтік тізбегі:
Alamethicin is a channel forming peptide antibiotic, produced by the fungus Trichoderma viride. It belongs to peptaibol peptides which contain the non proteinogenic amino acid residue Aib (2 aminoisobutyric acid). This residue strongly induces formation of alpha helical structure. The peptide sequence is
Ac Aib Pro Aib Ala Aib Ala Gln Aib Val Aib Gly Leu Aib Pro Val Aib Aib Glu Gln Phl,
Ac Aib Pro Aib Ala Aib Ala Gln Aib Val Aib Gly Leu Aib Pro Val Aib Aib Glu Gln Phl
мұнда Ac = ацетил, Phl = фенилаланинол және Aib = 2-аминоизомасляная кислотасы. Жасуша мембраналарында ол төрттен алты молекуланың жиналуы арқылы кернеуге тәуелді иондық каналдарды құрайды.
where Ac = acetyl, Phl = phenylalaninol, and Aib = 2 Aminoisobutyric acid. In cell membranes, it forms voltage dependent ion channels by aggregation of four to six molecules.
Биосинтез
Аламитицин биосинтезі 1975 жылы алғаш рет оқшауланған рибосомалық емес пептид синтетазасы (NRPS) – аламитицин синтетазасы арқылы катализделеді деп болжанады. Аламитицин пептидінің бірнеше тізбегі белгілі болғанымен, дәлелдер олардың барлығы белгілі бір аминқышқылдарында шағын өзгерістермен жалпы NRPS механизмін ұстанатынын көрсетеді. Ацетил-КоА арқылы АЛМ синтетаза ферментінде алғашқы аминоизобутир қышқылының N-терминалының ацилденуінен бастап, синтетазаның әрбір модульдік бөлігі аминқышқылдарын ретті түрде конденсациялайды. Аминқышқылдары бастапқыда "аденоилдеу" (А) доменімен аденоилденеді, содан кейін пептидил тасымалдаушы ақуызға ұқсас ацил тасымалдаушы ақуызға тиоэстер байланысы арқылы бекітіледі. Өсіп келе жатқан тізбек аминқышқылы бар ПЦП-ға "конденсация" (С) доменімен қосылады, одан кейін келесі модульмен бірдей реакциялардың келесі циклы жүзеге асырылады. Фенилаланинол қосылғаннан кейін тиоэстераз домені толық пептидтік тізбекті бөліп, тиоэстер байланысын үзеді және спирт қалдырады.
Alamethicin biosynthesis is hypothesized to be catalyzed by alamethicin synthase, a Nonribosomal peptide synthase (NRPS) first isolated in 1975. Although there are several sequences of the alamethicin peptide accepted, evidence suggests these all follow the general NRPS mechanism with small variations at select amino acids. Beginning with the acylation of the N terminal of the first aminoisobutiric acid on the ALM synthase enzyme by Acetyl CoA, this is followed by the sequential condensation of amino acids by each modular unit of the synthetase. Amino acids are initially adenylated by an “adenylylation” (A) domain before being attached by a thioester bond to an Acyl Carrier Protein like Peptidyl carrier protein. The growing chain is attached to the amino acid bearing PCP by the "condensation" (C) domain, followed by another round of the same reactions by the next module. Following addition of phenylalaninol the completed peptide chain is cleaved by the thioesterase domain, cleaving the thioester bond and leaving an alcohol.