Prototypical agent of hantavirus cardiopulmonary syndrome
Ортохантавирус Sin Nombre (SNV) (от испанского, что означает "без имени"), относящийся к роду Orthohantavirus, является прототипическим этиологическим агентом синдрома кардиопульмональной недостаточности, вызванного хантавирусами (HCPS). Он был обнаружен в 1993 году вблизи Каньона де ла Муэрте на территории резервации Навахо и первоначально получил название хантавируса Каньона Муэрто, в соответствии с принятой практикой наименования новых патогенов. Однако в 1994 году представители народа Навахо выразили протест против этого названия. Поскольку вирус был обнаружен также недалеко от точки "Четыре угла" в Соединенных Штатах, вирусологи попытались назвать его "вирусом Четырех углов". Название было изменено после возражений местных жителей. В конце концов, в отчаянии вирусологи переименовали его в Sin Nombre, что по-испански означает "без имени".
Sin Nombre orthohantavirus (SNV) (from Spanish, meaning "without a name"), a member of the genus Orthohantavirus, is the prototypical etiologic agent of hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS). Discovered in 1993 near the Cañon de la Muerte on the Navajo Reservation, it was originally named the Muerto Canyon hantavirus, in keeping with the convention for naming new pathogens. However, the Navajo Nation objected to the name in 1994. It was also near the Four Corners point in the United States, so the virologists then tried naming it the "Four Corners virus". The name was changed after local residents raised objections. In frustration, the virologists changed it to Sin Nombre, meaning "without a name" in Spanish.
История
Впервые вирус был выделен в 1993 году у грызунов, собранных вблизи дома одного из первых пациентов с гантавирусным легочным синдромом (HPS) в регионе Четырех углов на западе Соединенных Штатов. Выделение вируса было достигнуто путем последовательного пассирования в культуре клеток Peromyscus maniculatus (восточная оленья мышь) и последующей адаптации к росту в клетках Vero E6. Дополнительные вирусные штаммы также были выделены из P. maniculatus, связанного с летальным случаем в Калифорнии, и P. leucopus из района предполагаемого заражения в Нью-Йорке. Вирус Black Creek Canal был выделен из S. hispidus, собранного вблизи места жительства пациента в округе Дейд, штат Флорида. Другой этиологический агент HCPS, вирус Байу, был впервые выделен в окрестностях Монро, штат Луизиана.
It was first isolated in 1993 from rodents collected near the home of one of the initial patients with hantavirus pulmonary syndrome (HPS) in the Four Corners region of the western United States. Isolation was achieved through a blind passage in Peromyscus maniculatus (eastern deermouse) and subsequent adaptation to growth in Vero E6 cells. Additional viral strains have also been isolated from P. maniculatus associated with a fatal case in California and P. leucopus from the vicinity of probable infection of a New York case. Black Creek Canal virus was isolated from S. hispidus collected near the residence of a human case in Dade County, Florida. Another etiologic agent of HCPS, Bayou virus, was first isolated from the vicinity of Monroe, Louisiana.
Эпидемиология
SNV встречается везде, где обитает его резервуарный переносчик – олененок Peromyscus maniculatus, что охватывает практически всю населенную территорию Северной Америки, за исключением крайнего юго-востока, от восточного Техаса через Флориду, Аляску и самые северные районы Канады. SNV и ГКПО особенно распространены в западных штатах; наибольшее число случаев ГКПО зарегистрировано в регионах с интенсивным контактом между людьми и мышами (Нью-Мексико, Аризона) и в штатах с очень крупным сельским населением, таких как Калифорния. Случаи заболевания зарегистрированы во всех западных провинциях Канады. Заражение SNV происходит при вдыхании вирус-содержащих выделений олененок. В то время как передача от олененка-переносчика к человеку происходит главным образом при контакте с мочой и фекалиями мыши, внутри популяции переносчиков предполагается передача при прямом контакте, в отличие от известного переносного механизма передачи для других видов рода Orthohantavirus. В США уровень смертности при ГКПО, вызванном SNV, составлял около 66,7% (CDC, 1993). Однако с тех пор этот показатель постепенно снижался по мере выявления более легких случаев. К 2007 году уровень смертности снизился примерно до 35%.
SNV occurs wherever its reservoir rodent carrier, the deer mouse Peromyscus maniculatus, is found, which includes essentially the entire populated area of North America, except for the far southeastern region from eastern Texas through Florida, Alaska, and the far northern reaches of Canada. SNV and HCPS are especially common in western states; peak incidences for HCPS have been reported in regions in which there is a lot of contact between humans and mice (New Mexico, Arizona) and in states with exceptionally large rural populations such as California. All of the western provinces of Canada have also reported cases. SNV can be contracted through the inhalation of virus contaminated deer mouse excreta. While transmission from the deer mouse carrier to humans is understood to occur primarily through contact with mouse urine and feces, transmission within the vector population is believed to occur through direct contact, in contrast to the understood vector transmission for other species in the Orthohantavirus genus. The case fatality ratio of SNV induced HCPS in the USA was reported to be about 66.7% (CDC, 1993). However, since that time the case fatality ratio has steadily declined as more mild cases came to be recognized. By 2007 the CFR had declined to about 35%.
Секвенирование вирусов
Как и другие виды ортофантавирусов, SNV имеет трипартийный одноцепочечный РНК-геном с отрицательной полярностью. Впоследствии полная геномная последовательность SNV была определена с использованием РНК, выделенной из материалов, полученных при аутопсии, а также РНК, выделенной из вируса, адаптированного к культуре клеток. Длина L РНК составляет 6562 нуклеотида (нт); длина M РНК – 3696 нт; а длина S РНК – от 2059 до 2060 нт. При сравнении прототипной последовательности (NMH15) SNV, обнаруженной в тканях пациента с HPS, с последовательностью изолята SNV (NMR11; выделенного в клетках Vero E6 из Peromyscus maniculatus, пойманного в месте жительства того же пациента), было выявлено всего 16 нуклеотидных изменений, и ни одно из них не привело к изменениям в аминокислотных последовательностях вирусных белков. Предполагалось, что в процессе адаптации к культуре клеток произойдет отбор вариантов SNV, оптимально растущих в культуре клеток, и что отобранные варианты будут генетически отличаться от исходного вируса. Хотя NMH10 и NMR11 идентичны по аминокислотной последовательности, нуклеотидные замены в нетранслируемых областях генома могут быть ответственны за измененные вирусные фенотипы, как и изменения в гликозилировании белков или компонентах вирусной мембраны. Разработанный в ходе первоначальной вспышки HCPS метод вложенной ПЦР с обратной транскрипцией (RT-ПЦР) обеспечил быстрый способ генетической характеристики новых хантавирусов, не требующий выделения вирусного изолята. Многочисленные новые хантавирусы были обнаружены с помощью RT-ПЦР в тканях грызунов, но пока не были связаны с заболеваниями человека. К ним относятся вирус El Moro Canyon, ассоциированный с западными полевками-урожайщиками, Reithrodontomys megalotis, вирус Тула, ассоциированный с Microtus arvalis и M. rossiaemeridionalis, вирус Rio Segundo, ассоциированный с мексиканскими полевками-урожайщиками, R. mexicanus, вирус Isla Vista, ассоциированный с калифорнийской полевкой, M. californicus, и вирусы, подобные Prospect Hill, обнаруженные у видов Microtus.
As with other Orthohantavirus species, SNV has a tripartite single stranded negative sense RNA genome. The entire genomic sequence of SNV has subsequently been determined by using RNA extracted from autopsy material as well as RNA extracted from cell culture adapted virus. The L RNA is 6562 nucleotides (nt) in length; the M RNA is 3696 nt long; and the S RNA is 2059 to 2060 nt long. When the prototype sequence (NMH15) of SNV detected in tissues from an HPS case was compared with the sequence of the SNV isolate (NMR11; isolated in Vero E6 cells from Peromyscus maniculatus trapped in the residence of the same case), only 16 nucleotide changes were found, and none of these changes resulted in alterations in amino acid sequences of viral proteins. It had been assumed that in the process of adaptation to cell culture, selection of SNV variants which grow optimally in cell culture would occur, and selected variants would differ genetically from the parental virus. Though NMH10 and NMR11 are identical in protein sequence, nucleotide substitutions in nontranslated regions of the genome could be responsible for altered viral phenotypes, as could changes in protein glycosylation or virus membrane components. The nested RT PCR assay developed during the initial HCPS outbreak provided a rapid method for the genetic characterization of novel hantaviruses that did not require a virus isolate. Numerous new hantaviruses have been detected by RT PCR in rodent tissues but have yet to be associated with human disease. These include El Moro Canyon virus associated with the western harvest mouse, Reithrodontomys megalotis, Tula virus with Microtus arvalis and M. rossiaemeridionalis, Rio Segundo virus with the Mexican harvest mouse, R. mexicanus, Isla Vista virus with the California vole, M. californicus, and Prospect Hill like viruses in Microtus species.
Морфология вириона
В отличие от представителей рода Orthohantavirus, эндемичных за пределами Америки, чьи вирионы преимущественно имеют круглую или плеоморфную форму, вирионы SNV чаще встречаются в трубчатой и неправильной форме. Это указывает на то, что род более разнообразен по морфологии, чем считалось ранее, что может объяснить различия в эпидемиологии между видами. Внутри вида Sin Nombre наблюдается морфологическая изменчивость между штаммами, при этом вирионы удлиненной формы ассоциируются с более высокой вирулентностью. Средний диаметр вирионов Sin Nombre составляет 90 нм для круглых частиц и 85 нм для трубчатых, а средняя длина трубчатых частиц – 180 нм, что делает их несколько меньше, чем у близкородственных представителей рода.
In contrast to members of the Orthohantavirus genus endemic outside of the Americas, whose virions are predominately round or pleomorphic, SNV virions have a greater propensity for tubular and irregular virion morphologies. This finding suggests that the genus is more diverse in terms of morphology than previously assumed, which may help explain differences in epidemiology between species. Within the Sin Nombre species, morphologic variability exists between strains, with virions of an elongated phenotype associated with higher virulence. Sin Nombre virions have an average diameter of 90 nm for round particles and 85 nm for tubular particles, with an average length of 180 nm for tubular particles, making them somewhat smaller than closely related members of the genus.