Порядок Enterobacterales: Классификация и молекулярные маркеры
Enterobacterales
Энтеробактериальные: описание, классификация и значение грамотрицательных бактерий. Патогенные виды (E. coli, Salmonella) и их роль в медицине и сельском хозяйстве.
Сравнивайте с английским: нажмите на абзац — оригинал откроется в окне. Кнопка EN под абзацем показывает его прямо в тексте.
Введение
Порядок грамотрицательных бактерий
Order of gram negative bacteria
Enterobacterales – это порядок грамотрицательных, не образующих спор, факультативно анаэробных, палочковидных бактерий класса Gammaproteobacteria. Типовым родом этого порядка является Enterobacter. В порядке содержится большая и разнообразная группа видов, занимающих различные экологические ниши и обладающих широким спектром биохимических характеристик. Многие роды в пределах этого порядка оказывают значительное влияние на деятельность человека, включая патогенные виды Escherichia coli, Salmonella enterica и Yersinia pestis, а также на сельское хозяйство, повреждая фитопатогены, такие как представители родов Dickeya, Pectobacterium, Brenneria, Erwinia и Pantoea. Большое количество видов и разнообразие биохимических характеристик затрудняли описание порядка и его подгрупп. Определение и классификация этого порядка в значительной степени основывались на последовательностях генома 16S рРНК, которые, как известно, обладают низкой дискриминационной способностью и дают различные результаты в зависимости от используемого алгоритма и штамма организма. Кроме того, эти анализы показали, что "Enterobacteriales" демонстрируют полифилетическое ветвление, с выделяющимися подгруппами. В 2016 году было предложено переклассифицировать "Enterobacteriales" в Enterobacterales, а типовой род изменить на Enterobacter в соответствии с Международным кодексом номенклатуры прокариотов.
Enterobacterales is an order of Gram negative, non spore forming, facultatively anaerobic, rod shaped bacteria with the class Gammaproteobacteria. The type genus of this order is Enterobacter. The order contained a large, diverse group of species, occupying distinct ecological niches and possessing a variety of biochemical characteristics. Many genera within the order have significant impacts on human activity, such as the pathogenic species Escherichia coli, Salmonella enterica, and Yersinia pestis, as well as agriculture harming phytopathogens such as members of the genera Dickeya, Pectobacterium, Brenneria, Erwinia and Pantoea. The large number of species as well as the range of different biochemical characteristics made describing the order and its subgroups extremely difficult. The assignment and classification of this order was largely based on 16S rRNA genome sequences, which is known to have low discriminatory power and yield different results depending on the algorithm and organism strain used. In addition, these analyses have shown that 'Enterobacteriales' exhibited polyphyletic branching, with distinct subgroups. In 2016, "Enterobacteriales" was proposed to be reclassified as Enterobacterales, and the type genus changed to Enterobacter in accordance with the International Code of Nomenclature of Prokaryotes.
Молекулярные сигнатуры
Анализ последовательностей геномов видов Enterobacterales выявил пять консервативных сигнатурных инделей (CSIs) для этого отряда в белках пептидного ABC-транспортера-пермеазы, белке, подобном удлинительному фактору P YeiP, L-арабинозоизомеразе, пирофосфатазе и гипотетическом белке, которые в большинстве случаев разделяются исключительно всеми или большинством представителей этого отряда. Эти CSIs предоставляют молекулярный инструмент для отделения этого отряда от других гаммапротеобактерий и подтверждают монофилетическую природу отряда Enterobacterales.
Analyses of genome sequences from Enterobacterales species identified five conserved signature indels (CSIs) for this order in the proteins peptide ABC transporter permease, elongation factor P like protein YeiP, L arabinose isomerase, pyrophosphatase, and a hypothetical protein, which in most cases are exclusively shared by either all or most members of this order. These CSIs provide a molecular means of demarcating this order from other Gammaproteobacteria and supports the monophyletic nature of the order Enterobacterales.