Введение

Гипотеза классификации жизни
[[Файл:Филогенетическое дерево жизни 1990 LUCA. svg|thumb|upright=1.75|Филогенетическое дерево, основанное на данных рРНК, подчеркивающее разделение бактерий, архей и эукариот, предложенное Карлом Воозе и др. в 1990 году. Ключевое отличие от более ранних классификаций, таких как система двух империй и классификация пяти царств, заключается в отделении архей (ранее называемых "архебактериями") от бактерий как совершенно различных организмов. Эта концепция была оспорена системой двух доменов, которая разделяет организмы только на бактерии и археи, поскольку эукариоты рассматриваются как клада архей.

Предыстория

Вузе утверждал, что на основе различий в генах 16S рРНК, бактерии, археи и эукариоты возникли независимо друг от друга от предка с недостаточно развитым генетическим аппаратом, часто называемого прогенотом. Чтобы отразить эти основные линии эволюции, он рассматривал каждую из них как домен, разделенный на несколько различных царств. Первоначально он разделил прокариоты на Eubacteria (ныне Bacteria) и Archaebacteria (ныне Archaea). Вузе изначально использовал термин "царство" для обозначения трех основных филогенетических групп, и эта номенклатура широко использовалась до принятия термина "домен" в 1990 году. Не вся критика в его адрес ограничивалась научным уровнем. Десятилетие трудоемкой каталогизации олигонуклеотидов принесло ему репутацию "чудака", и впоследствии Вузе был назван "Израненным революционером микробиологии" в статье, опубликованной в журнале Science в 1997 году. По мере накопления подтверждающих данных, научное сообщество признало археи к середине 1980-х годов. Сегодня лишь немногие ученые придерживаются концепции единого Прокария.

Ниши

Каждый из трех типов клеток склонен выполнять определенные, повторяющиеся функции или играть определенные роли. Бактерии, как правило, наиболее быстро размножаются, по крайней мере, в умеренных условиях. Археи, как правило, быстро адаптируются к экстремальным условиям, таким как высокие температуры, высокая кислотность, высокая концентрация серы и т.д. Это включает в себя адаптацию к использованию широкого спектра источников пищи. Эукариоты наиболее гибки в плане формирования кооперативных колоний, например, в многоклеточных организмах, включая человека. Фактически, структура эукариотической клетки, вероятно, произошла от объединения различных типов клеток, в результате чего образовались органеллы. *Parakaryon myojinensis* (incertae sedis) – одноклеточный организм, известный как уникальный пример. "Этот организм, по-видимому, представляет собой форму жизни, отличную как от прокариотов, так и от эукариотов", сочетающую в себе признаки обоих.